广州市番禺区大龙街傍江东村股份合作经济社、广州番禺交通水电安装工程有限公司、广州番禺兆业商业发展有限公司与广州市规划和自然资源局土地行政管理（土地）一案行政二审判决书

广州铁路运输中级法院

行 政 判 决 书

（2019）粤71行终4278号

上诉人（原审原告）：广州市番禺区*******股份合作经济社，住所地广州市番禺区*************。

法定代表人：古某某，主任。

委托代理人：张某某，广东敏锐律师事务所律师。

委托代理人：林某某，广东敏锐律师事务所实习律师。

上诉人（原审第三人）：广州番禺交通水电安装工程有限公司，住所地广州市番禺区**************。

法定代表人：岑某某，总经理。

上诉人（原审第三人）：广州番禺兆业商业发展有限公司，住所地广州市番禺区*********。

法定代表人：甘某。

以上两上诉人共同委托代理人：林某锋,广东品济律师事务所律师

以上两上诉人共同委托代理人：陈某斯,广东品济律师事务所实习律师。

原审被告：广州市规划和自然资源局，住所地广州市越秀区******。

法定代表人：彭某某，局长。

委托代理人：李某某，该局工作人员。

委托代理人：梁某，广东华誉品智律师事务所律师。

上诉人广州市番禺区*******股份合作经济社(以下简称**东村经济社)、广州番禺交通水电安装工程有限公司（以下简称水电公司）、广州番禺兆业商业发展有限公司（以下简称兆业公司）与原审被告广州市规划和自然资源局合同履行纠纷一案，均不服广州铁路运输法院（2019）粤7101行初1049号行政判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，对本案进行了审理。现已审理终结。

原审法院经审理查明,2001年10月20日，广州市番禺区*******经济合作社（甲方）与第三人水电公司（乙方，下称水电公司）签订《使用土地补偿协议》，协议使用甲方位于番禺区**镇傍江东村傍雁路旁之西，面积为42781.96平方米的土地（下称涉案土地）。该协议载明：“……二、用地补偿费的计算和支付……5.支付方式：……（3）甲方所要求的土地管理费应取得该用地的《建设用地批准书》两年后开始交纳，每年分两次支付，即分别在年中和年末各支付半年的费用……”

2001年11月20日，广州市番禺区*******经济合作社（甲方）与第三人水电公司（乙方）签订《征用土地协议》，协议征用甲方位于番禺区**镇傍江东村傍雁路旁之西（土名：大田心），面积为40000平方米的土地。该协议载明：“……二、征地补偿费的计算和支付1.上述用地的征用，应当按国家的法律法规的规定实施补偿，补偿标准按双方如下约定执行；2.乙方按该用地每平方米人民币280元的标准补偿给甲方及原用地人；3.上述补偿费已包括：土地补偿费、安置补偿费、青苗补偿费、附着物补偿费、公粮基金、口粮差价基金等到国家法律法规规定的征地费用以及按照该土地所在地方规定的应在征地中交纳的一切规费、甲方完成该用地土地平整所需的全部费用。上述用地在办理《建设用地批准书》时涉及的道路两旁预留地部分（不含道路及高压线走廊控制不准建筑范围），乙方自行承担在使用及办理登记的费用（含征地费及填土费），不再对甲方另作补偿；4.甲方要求的土地管理费按该用地面积每年每平方米5元计算，每10年递增一次，递增率在上一期基础按10%计算。5.支付方式：……（3）甲方所要求的土地管理费应取得该用地的《建设用地批准书》两年后开始交纳，每年分两次支付，即分别在年中和年末各支付半年的费用……”

2003年10月27日，根据粤地政函〔1998〕10、46、109号、粤地政函〔1999〕42号、粤国土资（地产）函〔2000〕227、245号、粤国土资（利用）函〔2001〕145号文的补办历史用地手续的批复，为完善历史用地遗留的征地补偿问题，就第三人水电公司宗地的征地补偿遗留问题，原广州市番禺区国土资源和房屋管理局（甲方、征地机关）与广州市番禺区*******经济合作社（乙方、被征地单位）、第三人水电公司（丙方、使用土地单位）签订《征用土地协议》，协议所补办征用土地位于番禺区**镇傍江东村傍雁路西，面积为29816平方米，折合2.9816公顷，其中水田为29816平方米。第四点约定：本项目用地指标由区有偿安排使用，并扣减番禺区**房地产开发公司番国土地补字〔1998〕1776文的指标。同日，原广州市番禺区国土资源和房屋管理局（甲方、征地机关）与广州市番禺区*******经济合作社（乙方、被征地单位）、第三人水电公司（丙方、使用土地单位）签订另一份《征用土地协议》，协议所补办征用土地位于番禺区**镇傍江东村傍雁路西，面积为12966平方米，折合1.2966公顷，其中水田为12966平方米。第四点约定：本项目用地指标由区有偿安排使用，并扣减番禺区**镇人民政府番国土地补字〔1998〕976文的指标。上述两份《征用土地协议》，第二点补办征地的各项补偿和支付方式均约定：“补办征地应给予乙方支付的土地补偿费、安置补偿费、青苗及附着物补偿费等，由丙方直接支付给乙方，甲方同意乙方与丙方所签订的《历史用地补偿协议》，如乙方在未定额收取补偿费又同意丙方申请用地时，乙方应加具同意的意见。丙方未能依期定额支付用地补偿费，按双方协定的《历史用地补偿协议》条款执行。补办征地应向当地镇人民政府缴交的土地补偿款由丙方直接向镇人民政府缴交。”

2003年12月31日，原广州市番禺区国土资源和房屋管理局作出番国土地转字〔2003〕第234号《关于广州市番禺区石基房地产开发公司申请土地置换给广州市番禺交通水电安装工程有限公司作仓储用地的批复》，同意把广州市番禺区石基房地产开发公司位于番禺区石碁镇傍江东村、傍江西村经番国土地补字〔1998〕第1776号批准使用的29816平方米土地置换出让29816平方米给第三人水电公司位于石基镇傍江东村傍雁路以西作仓储建设用地，并指出所置换土地所有权属国家，使用权属第三人水电公司，被置换的29816平方米土地，必须维持农用地性质，未经批准，不得擅自改作其它建设用地。同日，原广州市番禺区国土资源和房屋管理局作出番国土地转字〔2003〕第239号《关于广州市番禺区石基镇人民政府申请土地置换给广州市番禺交通水电安装工程有限公司作仓储用地的批复》，同意把广州市番禺区石基镇人民政府位于番禺区石基镇长坦村长坦路以西经番国土地补字〔1998〕第976号批准使用的12966平方米土地置换出让12966平方米给第三人水电公司位于石基镇傍江东村傍雁路以西作仓储建设用地，并指出所置换土地所有权属国家，使用权属第三人水电公司，被置换的12966平方米土地，必须维持农用地性质，未经批准，不得擅自改作其它建设用地。

同日，原广州市番禺区国土资源和房屋管理局（甲方）与第三人水电公司（乙方）签订两份《国有土地使用权出让合同》，约定甲方以协议方式分别出让位于番禺区石碁镇傍江东村29816平方米、12966平方米的土地给乙方。2003年12月31日，上述两块土地分别被核发番国土地转字〔2003〕第0234、0239号《建设用地批准书》，两份批准书的有效期均为2003年12月—2005年12月，并于2004年11月4日分别被核发国有土地使用权证，土地证号分别为G08-001551、G08-0015**，使用权面积分别为29816平方米、12966平方米。根据2019年2月14日上述两块土地的《广州市不动产登记查册表》备注栏中均显示：使用权已经转移；本案没有他项权利内容；产权已经被番禺区人民法院裁定过户，过户人：番禺兆业贸易商业发展有限公司和番禺交通水电安装工程有限公司（分割情况详见民事调解书）；根据法院出具的《民事判决书》（2012）穗中法民五终字第2612号、（2011）穗番法民三初字第33号广州番禺兆业贸易商业发展有限公司和广州番禺交通水电安装工程有限公司对本宗地各自享有50%的土地使用权份额；本宗土地已认定为闲置土地。

2004年12月16日，广州市番禺区*******经济合作社（甲方）与第三人水电公司（乙方）签订《土地移交使用证明》，称“甲方向乙方出让位于石基镇傍江东村傍雁路西侧的工业用地一块，面积为42782平方米，现甲方已将土地平整完毕、及用地批准书已办理，现正式交付乙方使用（交付使用日期2004年12月16日开始）。”

2014年11月28日，第三人水电公司被广州市人民政府核发国有土地使用权证（土地证号为G08-0018**），使用权类型为出让，使用权面积为23518.67平方米。记事部分载明：1、已签订《国有建设用地使用权出让合同变更协议》（穗国地出合0826-0028、0826-0029号变更协议之一号）。2、本宗地已缴清国有建设用地使用权出让金，规划用途为商业等。同日，第三人兆业公司被广州市人民政府核发国有土地使用权证（土地证号为G08-0018**），使用权类型为出让，使用权面积为19251.14平方米。

2016年1月6日，第三人水电公司向原告作出《通知》，称“位于广州市番禺区**************侧面积为42782平方米土地，就土地管理费相关事宜告知贵方……土地使用权证上的土地面积比之前与贵方约定的交费面积少了12.19平方米，为了确保贵方集体权益不受损失，该差额12.19平方米土地的管理费我司愿意承担一半。由于该土地我司与兆业公司现已各自发展，因此土地的相关土地管理费理应由我司与兆业公司按各自取得《国有土地使用权证》的面积和差额一半各自缴交。由于土地面积及权属已变更，我司重申，只同意交纳属于我司名下部分土地面积对应的土地管理费，并与贵方重新签订相关的补充协议。”

2018年3月22日，原告向第三人水电公司出具《广东增值税普通发票》显示：第三人水电公司向原告已缴纳2014年土地管理费33.21元，2015年至2017年土地管理费均为129386.21元。

另查，第三人水电公司因与第三人兆业公司共有物分割纠纷，向广州市番禺区人民法院提起民事诉讼。第三人水电公司（该案原告）诉称：“2001年8月20日，被告广州市番禺兆业贸易商业发展有限公司、原告广州番禺交通水电安装有限公司与广州市番禺区******经济合作社签订了《征用土地协议》，其中协议约定，原、被告征用经济合作社位于广州市番禺区**********旁之西（土名：大田心）的土地；征用土地的面积为43343m2；征用地的使用性质为商业用地，以规划部门核定为准并以土地管理部门核定的使用年限为准。同日，原、被告出具《调整项目用地手续申请报告》向广州市城市规划局番禺区分局提出土地规划手续的申请，要求上述面积43343.3m2的土地用作商业及配套设施用地。2001年11月19日，甘君业代表被告（合同乙方）与原告（合同甲方）签订了《合作协议》，其中协议约定，涉案土地是原、被告共同投资征用并共享使用权的财产，双方确认在办理涉案土地手续时所使用的“广州番禺交通水电安装工程有限公司”名义实为代表甲、乙双方，即使双方或任一方在公司未进行注资或享有产权，并不影响甲乙双方或其中一方对该土地享有使用、收益和处分的权利；双方确认对涉案土地自征用时起的一切合理费用（须经双方共同同意确认）均由双方平均分担；一方或以“公司”的名义取得该土地收益的，应当真实进行记载并及时通知另一方；涉案土地权利，应当由双方共同协商一致后方为有效，乙方未经另一方同意行使对该土地部分或全部权利的，除另一方追认外应当认定无效。2002年12月9日，广州市城市规划局番禺区分局核发《建设用地规划许可证》〔穗规番地证字(2002)第01182号〕，核准涉案土地用地单位为广州番禺交通水电安装工程有限公司、广州市番禺兆业贸易商业发展有限公司，用地项目名称仓储用地W1(A)，用地面积为43343.3平方米。2002年12月27日，广州市番禺区发展计划局向原、被告发出《关于番禺交通水电安装工程有限公司、番禺兆业贸易商业发展有限公司兴建工业仓库区工程项目立项的批复》，表示同意原、被告兴建工业仓库区工程项目的立项。2003年10月13日，原、被告向广州市城市规划局番禺分局提交了《关于用地名称更改的申请》，表示由于番禺区国土资源和房屋管理局的意见，为日后产权及用途清楚（面积改变），原、被告提出申请把原穗规番地证号〔2002〕第01182号文，用地单位：广州番禺交通水电安装工程有限公司、广州市兆业贸易商业有限公司，更改为广州番禺交通水电安装工程有限公司重新办理建设用地规划许可证。2003年12月31日，广州市番禺区人民政府向广州番禺交通水电安装工程有限公司核发了两份《建设用地批准书》〔编号分别为：番国土建用字(2003)第0463号、番国土建用字(2003)第0464号〕，记载用地单位均为原告，建设项目名称均为仓储建设用地，有效期均为2003年12月至2005年12月，批准用地面积分别为29816m2和12966m2。2004年2月，广州市城市规划局番禺区分局向被告核发了涉案土地的《建设用地规划许可证》〔穗规番地许字(2004)第00014号〕，明确用地单位为原告，用地项目为商业用地C21(B)，用地面积42782m2。2004年11月4日，广州市人民政府向被告核发了《土地使用权证》(土地证号分别为：G08-001550、G08-001551)，记载土地使用权人为原告，土地使用权类型为出让，地类（用途）为工业，使用权面积为12966m2和29816m2……2010年1月7日，原、被告签订了《合作开发商业地产项目框架协议》，其中协议约定，原、被告共同拥有的傍江东村C21地块，面积为42782平方米，该地块虽登记在原告的名下，但实为双方共享权益（各占50%）；上述土地以及以租赁方式取得一定使用年限的傍江西村的地块和物业，均拟用于商业经营；该土地和物业的开发建设、利用和经营管理以及建设完成后的物业经营（自营、分组、发包、物业管理或其他形式的经营）均由原、被告双方按照共同投资、共同经营管理（或引入笫三方）、共担风险、共享收益的原则进行开发建设；上述地块无法合作开发时，双方可以决定以内部协商或竞价（无法协商时）方式部分或全部转让给第三方或者合作对方（指甲乙任何一方），价高者得。同日，原、被告签订了《补充协议》，其中协议明确，双方在2001年11月19日已就合作征用、开发石基镇傍江东村傍雁路土地签订过《合作协议》（当时原告由甘君业代表），此前也以双方名义与被征地单位（傍江东村经济合作社）签订《征用土地协议》，双方确认该批协议仍为双方合作期间的有效协议并已实际履行；涉案土地为原、被告双方共同出资以有偿方式从石基镇傍江东村经济合作社受让取得的土地，面积为42782m2（原《规划许可证》为43343.3m2），原用途为工业（仓储用地），《建设用地规划许可证》登记在原、被告双方名下；为适应当时政策（该地块属工业用地，被告作为商业公司不便于挂名登记），后来在用地权益文件（含土地使用权出让合同、土地使用权证、建设用地规划许可证等）上只登记了原告的名称。现涉案土地已经具备转变为商业用地的条件。原告与被告代表甘君业（为被告的股东）于2001年11月19日的《合作协议》明确约定了双方在合作征地、共同投资、共担风险方面的合作关系，原被告双方各占50%的权益，双方遵循该协议完成的涉案土地的征地、土地使用权登记、规划许可及其他手续，该协议已得到实际履行且至今仍然有效……”2014年5月22日，广州市番禺区人民法院作出（2011）穗番法民三初字第1585号《民事调解书》，确认第三人水电公司因与第三人兆业公司达成如下协议：“一、原告广州番禺交通水电安装工程有限公司与被告广州市番禺兆业贸易商业发展有限公司于2001年11月19日签订的《合作协议》，以及2010年1月7日签订的《合作开发商业地产项目框架协议》、《补充协议》解除；二、原告广州番禺交通水电安装工程有限公司与被告广州市番禺兆业贸易商业发展有限公司确认自2001年至2004年5月7日止，双方因取得位于广州市番禺区*******用地面积为12966平方米的土地（土地证号：G08-0015**），及面积为29816平方米的土地（土地证号：G08-0015**）使用权及使用上述土地所产生的全部税、费及其他费用，原、被告各承担50%，双方已全部支付完毕……”

2019年1月11日，原告向广州市番禺区人民法院提起民事诉讼，要求第三人水电公司按照《征用土地协议》的约定支付拖欠的土地管理费562650.16元及利息（利息以562650.16元为本金，按银行同期同类贷款利率从起诉日起计算至实际付清日止等。2019年1月17日，广州市番禺区人民法院认为该案属于行政纠纷为由，作出（2019）粤0113民初1532号民事裁定，裁定不予受理原告的起诉。

再查，2010年1月22日，广州市番禺区人民政府作出番府〔2010〕15号《关于调整石碁镇行政区域划分设立大龙街道的通告》，称大龙街道办事处管辖傍江东村民委员会等。根据2012年1月1日，广州市番禺区人民政府核发的粤农集字第011377000007号《广东省农村集体经济组织证明书》显示：经审核，广州市番禺区*******股份合作经济社符合条件，准予颁发证明书。该证由原《广州市番禺区*******合作经济合作社证明书》换发。

2002年12月6日，原广州市国土资源和房屋管理局作出穗国房函〔2002〕749号《关于番禺、花都撤市设区过渡期内国土资源和房屋管理有关工作衔接的意见》，称“一、……番禺、花都的土地资源和房屋管理保留原来的管理权限。对法律法规规定有市（县）国土资源和房屋管理部门审批，但区级国土资源和房屋管理没有审批权的事项，暂按原来县级市的办理方式进行业务衔接……四、过渡期的时间暂定为2003年12月31日止……”因机构改革，原广州市番禺区国土资源和房屋管理局的职责，由被告承接。

诉讼中，原告陈述其诉讼请求中提及的《征用土地协议》为广州市番禺区*******经济合作社与第三人水电公司于2001年11月20日签订的《征用土地协议》。

原审法院认为，关于受案范围的问题。原告与第三人水电公司于2001年10月20日签订《使用土地补偿协议》，约定第三人水电公司使用原告的涉案土地，后双方于2001年11月20日签订《征用土地协议》，约定第三人水电公司征用涉案土地。该两份协议约定的其他内容包括土地管理费在内大致一致，故实际上该份《征用土地协议》是对《使用土地补偿协议》的变更，应以《征用土地协议》的内容为主。由于原番禺市撤市建区，番禺的土地资源和房屋管理部门在过渡期内仍保留原来的管理权限，同时为了完善历史用地遗留的征地补偿问题，原广州市番禺区国土资源和房屋管理局将涉案土地分为两地块，于2003年10月27日与原告、第三人水电公司分别签订两份《征用土地协议》。该两份《征用土地协议》第二点均约定，原广州市番禺区国土资源和房屋管理局同意原告与第三人水电公司所签订的《历史用地补偿协议》，但根据被告的陈述可知，被告档案中并无《历史用地补偿协议》，只有上述《使用土地补偿协议》，且被告并未举证证明有名为《历史用地补偿协议》的存在。由此，《历史用地补偿协议》实为2001年11月20日签订的《征用土地协议》，为2003年10月27日签订的两份《征用土地协议》的组成部分，故本案实际为履行行政协议纠纷，对被告认为本案不属于行政诉讼的意见，原审法院不予采纳。

关于土地管理费支付主体的问题。2001年11月20日签订的《征用土地协议》与2003年10月27日签订的两份《征用土地协议》是基于合同各方真实意思的表示，未违反法律法规的强制性规定，故该协议合法有效，是各方行使权利，履行义务的基础。本案中，被告与原告、第三人水电公司于2003年10月27日签订的两份《征用土地协议》是为了完善历史用地遗留的征地补偿问题，补办历史用地手续，且上述两份协议均约定，补办征地应给予原告支付的土地补偿费、安置补偿费、青苗及附着物补偿费等，由第三人水电公司直接支付给原告，第三人水电公司未能依期定额支付用地补偿费，按双方协定的《历史用地补偿协议》条款执行。由此，被告不负有给付土地管理费等费用的义务。根据2001年11月20日签订的《征用土地协议》的约定，除了向原告支付土地补偿费以外，还要支付土地管理费，由于该协议未约定原告的管理义务，因此土地管理费实质为取得涉案土地使用权的对价。又根据第三人水电公司在（2011）穗番法民三初字第1585号民事诉讼中，且陈述涉案土地实际为第三人水电公司与第三人兆业公司一起合作开发，涉案土地两地块的国有土地使用权，目前分别登记在第三人水电公司与第三人兆业公司名下，而涉案《民事调解书》并未对2014年5月7日后产生的土地管理费进行约定，故第三人水电公司与第三人兆业公司均为支付土地管理费的义务主体。对第三人水电公司陈述未拿到涉案土地的《建设用地批准书》，故不应支付该费用的意见，由于第三人水电公司有缴纳部分土地管理费，且该项意见并非不支付土地管理费用的抗辩理由，对第三人水电公司提出的该项意见，原审法院不予采纳。

关于原告主张的土地管理费是否超过诉讼时效的问题。《中华人民共和国民法总则》第一百九十五条规定：“有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：（一）权利人向义务人提出履行请求；（二）义务人同意履行义务；（三）权利人提起诉讼或者申请仲裁；（四）与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形。”《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法总则〉诉讼时效制度若干问题的解释》第二条规定：“民法总则施行之日，诉讼时效期间尚未满民法通则规定的二年或者一年，当事人主张适用民法总则关于三年诉讼时效期间规定的，人民法院应予支持。”本案中，由于两第三人为支付土地管理费的共同主体，故第三人水电公司于2016年1月6日向原告作出《通知》，表示同意缴纳属于第三人水电公司名下部分土地面积对应的土地管理费，以及原告于2019年1月11日向广州市番禺区人民法院提起民事诉讼，要求第三人水电公司按照《征用土地协议》的约定支付拖欠的土地管理费，均构成了对诉讼时效的中断。由于原告自认第三人水电公司已支付2013年及2013年之前的土地管理费，故原告实际主张的土地管理费为2013年12月31日至2019年6月30日期间的土地管理费，而原告陈述2001年11月20日签订的《征用土地协议》中约定的“年中”、“年末”分别为6月、12月，第三人水电公司则陈述分别为6月底、12月底，故根据上述规定，原告主张2014年至2015年的土地管理费，因超过诉讼时效，不予支持。原告可主张2015年12月31日至2018年12月31日的土地管理费，支付时间分别为2016年至2018年的6月、12月，而原告于2019年1月22日提起本案诉讼，故原告要求履行2018年12月31日至2019年6月30日土地管理费的诉讼请求，因履行期限未到，原审法院不予支持。

关于支付土地管理费的具体金额问题。涉案土地两地块的面积分别为29816平方米、12966平方米，共42782平方米。由于涉案土地的《建设用地批准书》于2003年12月31日被核发，有效期均为2003年12月—2005年12月，根据2001年11月20日签订的《征用土地协议》中约定“4.甲方要求的土地管理费按该用地面积每年每平方米5元计算，每10年递增一次，递增率在上一期基础按10%计算。5.支付方式：……（3）甲方所要求的土地管理费应取得该用地的《建设用地批准书》两年后开始交纳，每年分两次支付，即分别在年中和年末各支付半年的费用……”的内容，第三人水电公司应于取得该用地的《建设用地批准书》两年后，即2005年12月31日开始交纳土地管理费，每年每平方米5元计算。从2015年12月31日起，每年每平方米5.5元计算。再者，根据《广东增值税普通发票》及原告的陈述可知，第三人水电公司已向原告缴纳2016年、2017年土地管理费每年129386.21元，且两第三人并未提交其他材料证明已支付完土地管理费，应承担举证不能的法律后果，故两第三人应向原告共同支付5.5×42782×3-129386.21×2=447130.58元。

综上所述，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十三条之规定，判决：一、第三人广州番禺交通水电安装工程有限公司、广州番禺兆业商业发展有限公司于本判决生效之日起十日内，共同向原告广州市番禺区*******股份合作经济社支付土地管理费447130.58元及逾期付款利息，逾期付款利息从2019年1月22日起至付清之日止，按中国人民银行公布的同期同类人民币贷款利率计算；二、驳回原告广州市番禺区*******股份合作经济社的其他诉讼请求。

上诉人傍江东村经济社不服原审判决，上诉称：一、上诉人2014年至2015年的土地管理费未超过诉讼时效。上诉人与水电公司的合同纠纷在2018年12月10日就向番禺区人民法院申请网上立案，上诉人诉讼请求中680300.66元的具体欠款分别为：2014年拖欠9638元，2015年至2018年每年拖欠235301元、2019年上半年拖欠117650.5元，合计1068459.29元，经催讨后水电公司于2018年3月7日支付388191.84元，尚欠680300.66元，该欠款是水电公司还款后的欠款余额，因未足额支付上诉人才诉至法院，原审法院在审查诉讼时效时忽略了水电公司2018年3月7日的还款行为对诉讼时效的中断，重新计算的诉讼时效应至2021年3月6日，且本案系同一合同项下的同一性质的债权，诉讼时效应从最后一笔债务履行期限届满之日起算，上诉人并未超过诉讼时效。二、原审未对被上诉人拖欠的2019年上半年的土地管理费一并处理，直到原审判决作出前，2019年的土地管理费期限已经届满，为节约审判资源，应一并处理。综上，请求二审撤销原审判决的第二项，变更原审判决的第一项土地管理费金额为680300.66元及利息，本案诉讼费由水电公司、兆业公司承担。

上诉人水电公司不服原审判决，上诉称：一、根据合法有效的《征用土地协议》，该公司已履行完毕协议约定的支付义务，无需支付土地管理费，原审法院认定《历史用地补偿协议》系2001年11月20日所签订的《征用土地协议》，并认定该《征用土地协议》中关于土地管理费的约定有效，依据不足；二、即便该公司为支付土地管理费的义务主体，该公司名下土地面积为23518.67平方米，承担的差额面积6.095平方米，按约定的5.5元/平方米计算，该公司一年土地管理费数额为129386.208元，根据傍江东村经济社开的发票，该公司也已足额支付其名下土地2017年及之前的土地管理费，对于兆业公司名下的土地管理费，交通公司不应当承担支付责任，该公司与兆业公司对各自名下的土地享有相关权利并承担相应义务；三、涉案土地在2017年11月14日已被纳入政府储备用地，依法不能办理报建手续，不能动工建设，无法对土地开发利用，该日之后的土地管理费不应再支付。综上，请求撤销原审判决，驳回傍江东村经济社的全部诉讼请求。

上诉人兆业公司不服原审判决，上诉称：一、根据合法有效的《征用土地协议》，水电公司已履行完毕协议约定的支付义务，无需支付土地管理费，原审法院认定《历史用地补偿协议》系2001年11月20日所签订的《征用土地协议》，并认定该《征用土地协议》中关于土地管理费的约定有效，依据不足；二、兆业公司并非征地协议签订主体，从未向傍江东村经济社做出过同意支付土地管理费的意思表示，亦未对2001年11月20日所签订的《征用土地协议》中关于土地管理费的约定做出追认，双方之间并无关于支付土地管理费的合同，该公司不应承担支付义务；三、涉案土地在2017年11月14日已被纳入政府储备用地，依法不能办理报建手续，不能动工建设，无法对土地开发利用，该日之后的土地管理费不应再支付；四、傍江东村对兆业公司的起诉已经超过诉讼时效，兆业公司有权拒绝支付。综上，请求撤销原审判决，驳回傍江东村经济社的全部诉讼请求。

原审被告广州市规划和自然资源局二审陈述称，为完善历史用地遗留的征地补偿问题，原番禺区国土资源和房屋管理局与傍江东村经济社、水电公司在2003年10月27日签订了两份《征用土地协议》，相关征地补偿安置已全部履行完毕，至于傍江东村经济社与水电安装公司在2001年10月20日签订的《使用土地补偿协议》中，双方约定的土地管理费为双方自行约定的费用，与征收补偿费用无关，因该用支付问题发生的纠纷属于民事纠纷。广州市规划和自然资源局既非涉案协议签订主体也非支付主体，被告主体不适格，应裁定驳回傍江东村经济社的起诉。

经二审审理查明，对原审判决查明除傍江东村经济社2019年1月11日向广州市番禺区人民法院提起民事诉讼的事实不予确认外，其他的事实清楚并有相应证据证实，本院二审予以确认。

另查明，傍江东村经济社因与水电公司欠缴涉案土地管理费合同纠纷，于2018年12月10日向广州市番禺区人民法院申请办理网上立案。

原审法院在2019年7月10日组织各方当事人进行第二次开庭审理时，将原诉讼请求变更为广州市规划和自然资源局、水电公司、兆业公司依照涉案《征用土地协议》约定向其支付拖欠的土地管理费680300.66元及利息，该笔拖欠的土地管理费的构成如下：2014年拖欠9638元，2015年至2018年各拖欠235301元，2019年上半年拖欠117650.5元，扣减水电公司在2018年3月7日转账支付的388191.84元，尚欠680300.66元。

涉案土地在《广州市番禺综合发展功能片区土地利用总体规划(2013-2020年)调整完善方案》中为耕地和自然保留地，根据现行控制性详细规划，涉案土地规划控制为商业设施用地兼容商务设施用地。根据《关于出具番禺客运站周边综合开发地块选址意见的复函》(穗国土规划业务函［2017］5982号)，涉案土地位于该储备选址范围内，广州市土地开发中心反映涉案土地尚未开展实物储备工作。

2003年因机构改革，原广州市番禺区国土资源和房屋管理局的职责，由原广州市国土资源和房屋管理承接。2016年，因广州市政府机构改革，原广州市国土资源和房屋管理局组织实施土地使用权征收、划拨、出让、回收等工作的职权由广州市国土资源和规划委员会承接。2019年1月9日，因广州市政府机构改革调整，广州市国土资源和规划委员会的职能由新组建的广州市规划和自然资源局承继。

以上事实有《变更诉讼请求申请书》、网上立案截图信息、《广州市规划和自然资源局关于广州番禺交通水电安装工程公司、广州番禺兆业商业发展有限公司地块储备情况的函》及各方当事人当庭陈述等证据证明。

本院认为,行政协议是行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，与行政相对人协商一致签订具有行政法上权利义务内容的协议。根据《中华人民共和国土地管理法》的有关规定，征收耕地的补偿费用包括土地遇、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费，征收集体土地的补偿费按照补偿标准确定具体的补偿数额后，应一次性给付。本案是傍江东村经济社主张水电公司未按照双方在2001年10月20日签订涉案《征用土地协议》中约定每年定期交纳土地管理费而引发纷争。2003年10月27日，为完善历史用地遗留的征地补偿问题，原广州市番禺区国土资源和房屋管理局与傍江东村经济社、水电公司就涉案土地的征地补偿问题签订两份《征用土地协议》，均不涉及傍江东村经济社每年向水电公司收取土地管理费的事项。故涉案《征用土地协议》是傍江东村经济社、水电公司双方平等主体之间的自行约定，不涉及行政管理事务，因该协议履行引发的争议，属于民事诉讼管辖。参照2020年1月1日施行《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第八条“公民、法人或者其他组织向人民法院提起民事诉讼，生效法律文书以涉案协议属于行政协议为由裁定不予立案或者驳回起诉，当事人提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理”的规定，鉴于广州市番禺区人民法院已作出相关生效民事裁定书，以该案属于行政纠纷为由不予受理傍江东村经济社的起诉，从司法为民、实质化解争议、减少当事人诉累出发，原审法院依法予以受理并作出判决，并无不当。

本案争议焦点为以下二个方面：一是傍江东村经济社主张的债权范围和诉讼时效确定；二是水电公司拖欠傍江东村经济支付土地管理费的具体数额。

关于第一个争议焦点。《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条第一款规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，法律另有规定的，依照其规定”。第一百九十二条第一款规定：“诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩”。第一百九十五条规定的规定：“有下列情形之一的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算：(一)权利人向义务人提出履行请求；(二)义务人同意履行义务；(三)权利人提起诉讼或者申请仲裁；(四)与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形”。本案中，傍江东村经济社与水电公司2001年10月20日、11月20日分别签订的《使用土地补偿协议》《征用土地协议》中约定，水电公司在取得原为傍江东村经济社集体所有的42782平方米即涉案土地的《建设用地批准书》两年后，自愿向傍江东村经济社交纳土地管理费，按每年每平方米5元计算，每10年递增一次，递增率在上一期基础按10%计算，每年在年中和年末，各支付半年的费用。该协议内容系双方自愿签订，未违反法律禁止性规定，合法有效。此后，水电公司依法取得涉案土地的国有土地使用权证，按照协议约定，每年应在年中、年末向傍江东村经济社支付相应土地管理费。从2014年至2018年水电公司未按协议约定足额缴纳土地管理费，该债务是在涉案《征用土地协议》履行过程中每年的年中、年末不断产生，因而各期债务履行期限届满后，均为独立债务，而不是同一债务的分期履行，应分别计算诉讼时效。据傍江东村经济社主张，水电公司在2014年、2015年均拖欠土地管理费，由于双方约定土地管理费半年一缴，故2015年可分为年中、年末拖欠管理费，2016年1月6日水电公司向傍江东村经济社发出《通知》，表明其只同意按现使用的涉案土地部分面积23518.67平方米及与约定交付土地面积差额12.19平方米的一半来承担相应土地管理费，而不是对涉案土地全部承担土地管理费，结合2018年3月22日水电公司向傍江东村经济社缴纳2015年土地管理费为129386.21元事实，可推断该款是对应其所使用部分涉案土地的管理费，即2015年年中和年末分别为64693.105元。故水电公司在2016年发出的《通知》和2018年的付款行为均对2014年至2018年超出涉案土地23518.67平方米面积之外土地管理费产生的债务不产生诉讼时效中断的法律效果，傍江东村经济社未提交证据证明曾向水电公司提出相关催缴请求或水电公司同意履行全部土地管理费的补缴义务。根据《最高人民法院关于适用

关于第二个争议焦点。《中华人民共和国合同法》第七十七条第一款规定：“双方当事人协商一致，可以变更合同内容”。第一百零七条规定“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补偿措施或者赔偿损失等违约责任。”合同变更通常应为当事人协商一致，在合同有效且未依法变更前，相对人应按合同约定履行义务。本案中，在合同履行期间，2016年水电公司曾以《通知》形式发函傍江东村经济社，告知涉案土地已分别登记在水电公司和兆业公司名下，主张变更土地管理费的数额，但未经合同相对人傍江东村经济社的同意，水电公司与兆业公司之间的约定不能对傍江东村经济社产生约束力，涉案《征用土地协议》未发生变更效力，水电公司应按该协议约定涉案土地面积42782平方米及相应标准交纳土地管理费。根据该协议，涉案土地的土地管理费每10年递增一次，在取得涉案土地的《建设用地批准书》两年后开始交纳。水电公司在2005年12月31日取得《建设用地批准书》，涉案《征用土地协议》同时结合水电公司在2018年3月22日缴纳的土地管理费数额及自此后水电公司再没有支付管理费的情况可确认以下事实，从2015年1月1日起，土地管理费交纳标准按按每年每平方米5.5元计算，即从2015年7月1日至2019年6月30日就涉案土地42782平方米水电公司应向傍江东村经济社缴交土地管理费数额应为：2015年末117650.5元，2016年至2018年每年235301元，2019年年中117650.5元，水电公司已缴交2015年年末64693.105元，2016年至2017年各缴交129386.21元，故2015年中欠缴52957.395元，2016年、2017分别欠缴105914.79元，2018年欠缴235301元，2019年欠缴117650.5元，合计水电公司向傍江东村经济社拖欠土地管理费的总额为617738.475元，其行为已构成违约，应承担违约责任。傍江东村经济社的上诉部分理由成立，本院予以支持。

兆业公司与水电公司就涉案土地的征收和-使用双方曾存在密切合作关系，早2001年11月签定涉案《征用土地协议》时，双方已内部约定共同投资征用并共享涉案土地使用权，2014年已生效的民事调解书中确认兆业公司取得部分涉案土地19251.14平方米，水电公司和兆业公司承诺对使用涉案土地所产生的全部税、费及其他费用各承担50%，故兆业公司就涉案土地每年需向傍江东村经济社缴交土地管理费事实清楚，且亦明知对其实际使用管理的部分涉案土地需向傍江东村经济社承担相应土地管理费，基于公平原则，为实质化解争议，减少当事人诉累，水电公司和兆业公司应共同向傍江东村经济社承担支付2015年7月1日至2019年6月30日拖欠的土地管理费617738.475元。至于水电公司、兆业公司主张涉案土地已被纳入政府储备用地，不应再支付土地管理费的理由。因涉案土地现分别登记在水电公司、兆业公司名下，纳入政府储备用地的事实是否对涉案《征用土地协议》履行产生情势变更，不属于本案审查范围，水电公司、兆业公司可通过其他法律途径予以解决，水电公司、兆业公司的上诉理由不能成立，本院不予采信。

综上所述，原审判决认定的事实基本清楚，适用法律错误，本院依法予以纠正。上诉人傍江东村经济社上诉理由部分成立，本院予以支持。水电公司、兆业公司的上诉理由缺乏事实及法律依据，本院不予支持。依据《中华人民共和国行政诉讼法》第一百零一条、《最高人民法院关于审理行政协议若干问题的规定》第二十七条、《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条第一款、第一百九十二条、《中华人民共和国合同法》第六条、第六十条、第一百零七条、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（二）项、第一百七十五条之规定，判决如下：

一、撤销广州铁路运输法院(2019)粤7101行初1049号行政判决。

二、上诉人广州番禺交通水电安装工程有限公司、广州番禺兆业商业发展有限公司于本判决发生法律效力之日起三十日内向上诉人广州市番禺区大龙街傍江东村股份合作经济社支付土地管理费617738.475元及逾期付款利息(利息分为五段按照中国人民银行同期贷款利率的标准计算，第一段：以所欠土地管理费52957.395元为基数，自2016年1月1日至2016年12月31日；第二段：以所欠土地管理费158872.185元为基数，自2017年1月1日至2017年12月31日；第三段：以所欠土地管理费264786.975元为基数，自2018年1月1日至2018年12月31日；第四段：以所欠土地管理费500087.975元为基数，自2019年1月1日至2019年6月30日；第五段：以所欠土地管理费617738.475元为基数，自2019年7月1日起算至实际清偿之日止)。

三、驳回上诉人广州市番禺区大龙街傍江东村股份合作经济社的其他诉讼请求。

四、驳回上诉人广州番禺交通水电安装工程有限公司、广州番禺兆业商业发展有限公司的上诉请求。

如果未按本判决指定的期间履行金钱给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

一、二审受理费各50元，由上诉人广州番禺交通水电安装工程有限公司、广州番禺兆业商业发展有限公司共同负担。

本判决为终审判决。

审 判 长　杨立志

审 判 员　杨　芳

审 判 员　石晓利

二〇二〇年五月二十九日

法官助理　汪姝丽

书 记 员　陈土飞