四会市碧海湾实业有限公司与四会市城区西防洪堤水利会、四会市水务局合同纠纷一审民事判决书

广东省四会市人民法院

民 事 判 决 书

（2018）粤1284民初84号

原告：四会市碧海湾实业有限公司。住所地：广东省四会市贞山街道碧海大道**号（*层）***室。统一社会信用代码：914412847480431908。

法定代表人：周伟源。

委托诉讼代理人：马晓阳，广东国政（四会）律师事务所律师。

被告：四会市城区西防洪堤水利会。住所地：广东省四会市贞山街道旧独岗村委会侧。统一社会信用代码：124412847330968989。

法定代表人：徐焕容。

被告：四会市水务局。住所地：广东省四会市东城街道广场北路行政服务中心*楼。统一社会信用代码：114412840071561398。

负责人：蒋志生。

被告：四会市马房水利枢纽库区工程管理处。住所地：广东省四会市东城街道玉器街*座*号。统一社会信用代码：12441284787906585J。

法定代表人：谢文飞。

三被告共同委托诉讼代理人：肖咏静，广东西江律师事务所律师。

第三人：广东省四会市建筑安装工程公司。住所地：广东省四会市城中街道水闸路*号。统一社会信用代码：91441284195520355A。

法定代表人：梁栋文。

委托诉讼代理人：骆伟雄，系该公司副经理。

第三人：四会市国土资源局。住所地：广东省四会市行政中心北侧。统一社会信用代码：11441284007156059L。

法定代表人：徐响。

委托诉讼代理人：欧庆华，广东兴会律师事务所律师。

原告四会市碧海湾实业有限公司（以下简称“碧海湾公司”）与被告四会市城区西防洪堤水利会（以下简称“水利会”）、四会市水务局（以下简称“水务局”）、四会市马房水利枢纽库区工程管理处（以下简称“水利枢纽管理处”）、第三人广东省四会市建筑安装工程公司（以下简称“建安公司”）、四会市国土资源局（以下简称“国土局”）合同纠纷一案，本院于2018年1月2日立案。本案原适用简易程序，在审理过程中发现有不宜适用简易程序的情形，裁定转为普通程序，并公开开庭进行了审理。原告碧海湾公司的委托诉讼代理人马晓阳，被告水利会、水务局、水利枢纽管理处的共同委托诉讼代理人肖咏静，第三人建安公司的委托诉讼代理人骆伟雄、国土局的委托诉讼代理人欧庆华到庭参加诉讼。现本案已审理终结。

原告碧海湾公司向本院提出诉讼请求：1.判令被告水利会、水务局、水利枢纽管理处立即偿还原告垫付的295.8445万元；2.由被告水利会、水务局、水利枢纽管理处承担本案的诉讼费用。事实与理由：2003年3月31日，四会市雅风装潢有限公司变更为四会市雅风实业有限公司，2012年8月20日，四会市雅风实业有限公司变更为原告碧海湾公司（在以下陈述中将四会市雅风装潢有限公司及四会市雅风实业有限公司统称原告）。被告水利会为被告水务局的下属事业单位。2001年11月25日，原告以2730万元竞得四会市城区西洪防堤加固工程用地（编号为SJ2001-06地块）的国有土地使用权。2003年2月18日，被告水利会与原告签订协议书，约定水利会应缴国土部门的有关费用共295.8445万元由原告代交，在地价款中扣除……事后，原告为被告水利会代缴了国土部门的有关费用共295.8445万元，并以工程款充抵地价款的形式支付了上述地块的土地款2130万元。该笔土地款与原告拍卖前支付的600万元保证金相加，合计2730万元。自此，原告自行足额支付了竞拍上述地块的土地款共2730万元，而且还为被告水利会代缴了295.8445万元，该笔款项并未在原告应支付的地价款中予以扣除。相关收款收据、进账单及被告水利会的转账凭证等证据足以证实上述事实。2017年7月17日，被告水利会向水务局呈报的《关于解决城区西防洪堤加固工程商住地办证费用的请求》再次确认了该事实。根据《关于印发的通知》（四府办【2008】88号），被告水利会的相关职能由被告水利枢纽管理处承继。现经原告向被告水利会多次催讨，被告水利会仍未支付上述代付款。

被告水利会辩称：涉案土地拍卖文件的拍卖须知第六点明确载明，土地综合开发的有关手续及所有费用均由竞得人负责，因此，本案中即使真实存在295.8445万元土地办证费用，亦应由原告作为竞得人缴纳，不存在原告为被告水利会垫付或代缴费用的问题。撇开原告提供的证据4的真实性来说，原告已经支付295.8445万元的凭据真实，也不能证实系协议书当中约定的应由被告水利会缴交的相关费用，依据谁主张谁举证的原则，原告应承担举证不利的后果，原告诉请被告水利会偿还原告垫付的295.8445万元费用显然是缺乏依据的，请法院不予支持，驳回原告的诉请。

被告水务局、水利枢纽管理处辩称：四会市水务局、四会市马房水利枢纽库区工程管理处并不是本案的适格被告，原告将被告四会市水务局、四会市马房水利枢纽库区工程管理处列为本案共同被告，显属是错列诉讼主体，请求驳回原告对四会市水务局、四会市马房水利枢纽库区工程管理处的诉讼请求。从原告提交的涉案土地使用权拍卖文件中反映出，被告水务局、水利枢纽管理处既不是拍卖人也不是拍卖委托人，而且即使撇开原告提交的证据4的真实性来说，与原告签订协议的是被告水利会，不是被告水务局、水利枢纽管理处，被告水务局、水利枢纽管理处不是原告签订合同的相对人，与本案无直接利害关系。被告水利会是依法成立的、能够独立承担民事责任的事业单位法人，本案与被告水务局、水利枢纽管理处没有任何关系。本案中，被告水利会仍依法存在，退一步讲，即使依原告指称被告水利枢纽管理处承继了被告水利会的相关职能，但本案中无论是依据事实还是相关证据材料，均未能证明被告水利枢纽管理处有承继被告水利会的财产包括债权债务，而依据民法总则第60条规定，本案中原告称被告水利会为被告水务局的下属事业单位以及被告水利枢纽管理处承继了被告水利会的相关职能为由将被告水务局、水利枢纽管理处列为本案被告，并诉请被告水务局、水利枢纽管理处承担责任，显然是没有事实及法律依据的，何况本案当中，原告提供的证据材料不能证实被告水利会的职能已由被告水利枢纽管理处承继，故请求驳回原告对被告水务局、水利枢纽管理处的全部诉请。

第三人建安公司述称：2001年至2007年间，原四会市雅风装潢有限公司（现四会市碧海湾实业有限公司）挂靠我公司承建了四会市柑乡大桥主桥工程、四会市城区防洪堤安全达标加固工程、四会市柑乡大桥桥面亭台工程中的部分工程。工程施工期间，四会市财政局将相应的工程款支付给我公司，我公司按照四会市碧海湾实业有限公司的要求将其中的10笔款项合计2130万元直接转支付给四会市财政局基金收费专户充抵四会市碧海湾实业有限公司应支付的四会市城区西防洪堤加固工程用地（编号：SJ2001-06地块）的土地款。

第三人国土局述称：一、国土局不应该作为本案的第三人参加诉讼。理由：1、根据合同相对性原则，国土局不是原告据以起诉的协议书上的一方当事人，原告当庭承认对国土局没有任何诉讼请求；2、根据《最高人民法院关于在经济审判工作中严格执行的若干规定》，国土局不应被作为第三人参加本案诉讼。二、根据原告的起诉材料，原告的诉求过了诉讼时效。三、原告的诉讼请求缺乏事实理由，原告是以原告与被告签订书面的协议主张自己的权利，该协议书约定向国土局缴纳的费用等属于行政费用，参与土地交易的各方只能依法缴纳，原、被告双方的协议是变更法律规定的缴纳方式，并未经过相关的政府职能部门同意或者批准，原、被告的约定不具有法律效力，根据原告提供的拍卖须知，明确提示拍卖土地的综合开发所有费用均由竞得人原告负责。原告曾多次参与我市的土地拍卖及政府工程建设，这其中均有涉及用工程款抵扣或者代支付相关规费的情况，原告的举证未能确凿充分得出涉案的工程款就是涉案的拍卖土地应缴纳的地价款。

原告碧海湾公司提交了如下证据：

1.原告《营业执照》及《企业机读档案变更登记资料》、被告水务局和水利会的《全国统一社会信用代码信息核查系统》，证明原、被告的诉讼主体资格；

2.拍卖文件（拍卖公告、拍卖须知、拍卖成交确认书），证明原告以2730万元竞得四会市城区西防洪堤加固工程用地（编号SJ2001-06地块）的国有土地使用权，原告支付600万元竞拍保证金的事实；

3.《收据》一份，证明原告支付的600万元保证金转为土地使用权拍卖款的事实；

4.《协议书》一份，证明2003年2月18日，被告水利会与原告签订协议书，约定被告水利会应缴国土部门的有关费用共295.8445万元由原告代交，在地价款中扣除的事实；

5.《转账凭证》、《收款专用收据》，证明原告为被告水利会代缴了向国土部门缴纳的有关费用共295.8445万元的事实；

6.《关于解决城区西防洪堤加固工程商住地办证费用的请示》，证明被告水利会自认拖欠原告土地办证费295.8445万元的事实；

7.《关于城区西防洪堤加固工程商住用地地价款缴交情况说明》、柑乡大桥工程地价款明细表、支票存根、进账单、统一收据、西堤工程地价款明细表，证明原告以工程款充抵地价款的形式支付了案涉地块的土地款2130万元的事实；

8.《机读资料》一份、《关于印发的通知》（四府办【2008】88号），证明水利枢纽管理处为适格主体，系四会市城区防洪堤水利会相关职能的承继人；

9.四会市土地开发中心开具的《收款专用收据》三份（编号分别为1146751、1146752、1146753）及转账凭证，证明征地费用合计295.8445万元的事实；

10.《土地使用权证》四份（编号分别为：四国用（2003）第002426、四国用（2003）第002427、四国用（2003）第002428、四国用（2003）第002429），证明原告碧海湾公司竞拍取得的土地使用权的面积是14.6万平方米的事实；

11.第三人建安公司《企业信用信息查询》、《社会信用代码公示查询》，证明第三人建安公司主体适格，建安公司系全民所有制企业；

12.《全国组织机构统一社会信用代码公示查询》，证明第三人国土局的诉讼主体资格；

13.复函、收款专用收据第一联、市地产公司（国土综合楼）工程款及利息确认书、四会市国土综合楼工程款支付明细表、利息计算表、历年利率变动情况汇总表，证明四会市国土资源局确认原告（原四会市雅风实业有限公司）承建了四会市国土资源局综合大楼。在工程款结算过程中，原告用该大楼的工程款295.8445万元抵扣了西堤综合用地土地部分办证费用。四会市土地开发中心出具了编号为1146751、1146752、1146753的三张收款专用收据的事实；

14.《征地出让划拨土地缴款通知书》，证明原告为被告水利会垫付的费用项目为有偿使用费、耕地开发垦费共计295.8445万元的事实；

15.被告水利会开具的《证明》一份，证明编号为1146751、1146752、1146753的三张收款专用收据是四会市雅风实业有限公司以国土综合楼工程款抵扣的方式为四会市城区西防洪堤水利会垫付295.8445万元的事实；

16.《关于的复函》，证明编号为1146751、1146752、1146753的三张收款专用收据与《四会市国土综合楼工程支付明细表》中国土局2002年11月7日需支付的工程款295.8445万元相符的事实。

被告水利会对原告碧海湾公司提供的证据提出了质证意见：对证据1无异议，认为被告水务局、水利枢纽管理处并不是本案的适格主体。对证据2拍卖文件的拍卖公告、拍卖须知、拍卖成交确认书真实性没有意见，对证据拍卖成交确认书当中列明的用地编号SJ2001-06地块实际面积与拍卖须知及拍卖公告土地面积是有差异的，拍卖须知及拍卖公告土地面积为14.6万平方米，但是拍卖成交确认书当中列明的用地编号SJ2001-06地块土地面积实际是16.2万平方米。对证据3无意见。对证据4的《协议书》，原告虽然提交了原件，经与被告水利会的法人了解，因为时间久远，不能确认是否有签订该协议书，对该协议书我们无法确认，而且原告提交的代垫付的凭证，不能证实是与协议书当中由甲方支付的款项是同一性质的款项，撇开协议书的真实性来说，根据协议书的内容，如果真的有存在295.8445万元的费用也应该在地价款中扣除，我们认为原告主张295.8445万元依据明显不足。对证据5，因为无原件，所以对该组证据的真实性不予确认，而且该组证据亦不能证实原告有代被告水利会垫付了295.8445万元的款项。对证据6的真实性、合法性无意见，对证明的内容有意见，该证据不能证明原告拟待证的事实，本案土地拍卖实际发生在原告与第三人国土局之间，所以相关情况国土局较了解，因此我们的质证意见与国土局的质证意见一致。对证据7，对缴交情况的说明三性均不予确认，对于柑乡大桥工程地价款明细表、支票存根、进账单、统一收据、西堤工程地价款明细表，原告没有提供证据原件，被告无法核实真实性，而且相关的土地拍卖款项也不是由被告收取的，故被告无法确认原告支付了2130万元土地款的事实。对证据8的机读资料的真实性无意见，但该证据显示被告水利会与被告水利枢纽管理处是两个独立的民事主体，被告水利枢纽管理处并不是本案适格的主体；对于证据《关于印发的通知》（四府办【2008】88号），因为原告无提供原件，对文件的真实性请求法院核实，而且本案的事实是被告水利会依然合法存在，而且依据相关法律规定，被告水利会作为事业单位法人，能够独立承担独立民事责任。对证据9的真实性不予确认，而且该组证据亦不能证实原告有代被告水利会垫付了295.8445万元的款项，具体挂账的原因不清楚，但是当时是挂账在被告水利会的名下，据证据显示后来作了取消挂账的处理，取消具体的原因就不清楚，因为时间久远。对证据10，对三份有盖章的土地证没有意见，没有盖章的土地证由法院核实，但是四份土地证均无法确认与本案有关联性，因为原告说这四份土地证已经分证。对证据11-12的三性均无异议。对证据13的《收款专用收据》第一联的质证意见与之前的质证意见一致，对其他证据我们不清楚情况，这是原告跟国土局之间发生的往来。对证据14的真实性无意见，合法性有意见，复函当中提及的款项是否应由被告水利会缴纳，请法院依法查实，关于涉案款项，我们坚持之前的庭审意见。对证据15的真实性没有异议，对其合法性有异议，对该证据中提及的《协议书》、三张收款专用收据是否是原告垫付款的问题，坚持以庭审意见为准，对于《证明》中涉及的问题是历史遗留问题，不是仅凭一张《证明》就可以证实的，对于本案定案事实，请法院慎重查明。对证据16的真实性请法院查明，国土局仅在复函中陈述其下属事业单位四会市土地开发中心向水利会出具的三张收款专用收据所列明的总金额和日期，与《四会市国土综合楼工程支付明细表》中国土局于2002年11月7日需支付给原告的工程款2958445元相符，显然，该证据不能证明原告所拟待证的内容，即不能证明该三张收款专用收据中的款项是由原告碧海湾公司垫付的。

被告水务局、水利枢纽管理处对原告碧海湾公司提供的证据提出了质证意见：对证据1无异议。对证据2，与被告水务局、水利枢纽管理处无关，被告水务局、水利枢纽管理处既不是涉案土地的拍卖人也不是拍卖委托人。对证据3、4、5、7与被告水务局、水利枢纽管理处无关，对证据7中的《情况说明》的三性均不予确认。对证据6因无原件，故对其三性均不予确认。对证据8的机读资料无意见，但是被告水利枢纽管理处并不是本案适格被告；对于证据《关于印发的通知》（四府办【2008】88号）因为原告无提供原件，对文件的真实性请求法院核实，被告水利会、水利枢纽管理处是独立的民事主体，均为事业单位法人，各自能够独立承担民事责任，原告诉请被告水利会承担责任，并诉请被告水务局、水利枢纽管理处承担责任，显然是与法不符的。对证据9的真实性没有意见，对其关联性，因被告水务局、水利枢纽管理处不是本案适格的主体，故不清楚相关的情况。对证据10的质证意见与被告水利会的质证意见相同。对证据11-14的质证意见与被告水利会的质证意见相同。对证据15-16，对证据15的真实性没有异议，对其合法性有异议，证据16的证据请法院核实，对复函和证明中提及的事实不清楚，被告水务局、水利枢纽管理处既不是涉案土地拍卖人或拍卖委托人，也不是《协议书》的相对人，本案争议内容与水务局、水利枢纽管理处无关，且被告水务局、水利枢纽管理处与被告水利会均是独立的民事主体，原告将水务局、水利枢纽管理处列为本案被告，并要求水务局、水利枢纽管理处承担责任显然缺乏事实和法律依据。

第三人建安公司对原告碧海湾公司提供的证据提出了质证意见：对证据1-14质证意见与第三人国土局的质证意见一致。对证据15-16的三性均无异议。

第三人国土局对原告碧海湾公司提供的证据提出了质证意见：对证据1没有意见。对证据2的真实性、合法性无异议，关联性有异议，不认可原告所想要证明的事项。对证据3的真实性由法院核实。对证据4的协议书，如果证据是真实的，合法性和关联性有异议，协议书与拍卖的面积不一致，协议书的标的与拍卖须知的标的是否一致有待考究，这是协议的双方私下变更有关行政缴费的事项，是否合法请法院查清。对证据5，该项证据的单据均是“交缴费人联”，所以该项证据的原件不在国土局留存，如果原告没有原件，我方对该证据的真实性不认可。对证据6与国土局没有关系，我方不清楚不了解该项事实，至于是否构成诉讼时效的中断由法院进行确认。该请示是建立在相关协议书的基础上作出的，请示提及的相关协议是否有效仍有待印证，仅凭单方请示是否构成法律支持的债权债务请法院考虑。对证据7如果有原件，与原件核对一致，对真实性没有异议，该证据涉及很多案外人，不认可原告证明的内容，而且上面的进账单有部分是四会市财政局的收款，所以我方不认可原告的证明内容。对证据8的三性均没有意见。对证据9的三性有异议，因为原告没原件，收据上面的记载的交款人的姓名是西堤综合用地并不是原告，谁持有收据的原件谁就是缴款人。对证据10-12的三性均没有异议。对证据13的真实性由法院核定，对合法性没有异议，但对关联性有异议。国土局的复函仅承认需支付给原告的工程款与西堤综合用地土地部分办证费用对冲。但不能依此确认对冲的办证费用该由谁支付，根据原告提供的土地拍卖文件，应是谁用地谁出办证费用。对证据14真实性、合法性没有异议，但不认可原告对此证据的证明事项。该通知书的是通知“西堤综合用地”需要缴纳的费用，而至于这些费用该由谁来缴纳则无法证明。涉案土地由原告开发建设，原告在拍卖土地时明确知道全部费用由中标者承担，在此情况下，原告依据什么认为涉案费用其无需缴纳呢？所以，我方认为原告的证据不足以证明其主张。对证据15的真实性由法院依法与原件核对后确认，对该证据的合法性、关联性有异议：首先，此证明是在案件经过多次开庭审理后才提交的，已经过了法律规定的提交证据期限，原告提供此证明不符合法律规定；其次，水利会作为本案被告，其对案件事实的自认由原告来举证不符合常理，这其中是否存在串通、虚假情形，请法院认真审核；再者，法院已经对涉案款项是通过工程款垫付方式兑付这一事实进行了调查之后，水利会再出具证明，这没有意义，水利会没有资格对此事实予以证明；最后，既然案件原、被告都承认原告起诉的事实，那么被告直接偿还涉案款项就可以了，何必如此费尽心机地反复举证、质证，请法院对原告的行为予以谨慎审查确认，此证明其实是本案被告对案件事实的陈述，该陈述与当事人在开庭时的陈述是否存在矛盾之处，请合议庭进行审查。对证据16的真实性由法院进行核对后确认，对合法性及关联性没有异议。

被告水利会、水务局、水利枢纽管理处提交的证据有：

1.《事业单位法人证书》二份、《统一社会信用代码证书》一份，证明三被告是独立的民事主体；

2.《国有土地使用权拍卖公告》、《拍卖须知》、《拍卖成交确认书》，证明被告水务局既不是拍卖人，也不是拍卖委托人，案涉土地使用权拍卖与被告水务局无关，且拍卖须知中已明确载明土地综合开发的有关手续和所有费用均由竞得人负责。

原告碧海湾公司对被告水利会、水务局、水利枢纽管理处提供的证据提出了质证意见：对证据1的真实性我方认可，对证明内容不予认可，被告水务局为政府机关，被告水利会、水利枢纽管理处是事业单位法人，根据我方提供的追加被告当中提供的证据1，被告水利会、水利枢纽管理处是被告水务局的直属管理机构，被告水利会、水利枢纽管理处是被告水务局的下级部门，应当承担相应的连带责任，不认为被告水利会、水利枢纽管理处有独立的民事主体资格。对证据2真实性认可，对证明内容不认可，四会市水务局虽然不是拍卖人亦不是拍卖委托人，但是被告水利会的直属管理部门，经费是由被告水务局处理，拍卖须知中仅是明确土地开发手续及相关费用由竞得人负责，并未明确向国土部门缴交的相关费用也由竞得人负责。

第三人建安公司、国土局对被告水利会、水务局、水利枢纽管理处提供的证据提出了质证意见：对证据1、2的三性均无异议，同意被告水利会、水务局、水利枢纽管理处对证据作出的证明内容。

第三人建安公司、国土局没有提交证据。

审理期间，本院依职权向四会市国土资源局调取了土地证号为：四国用（2002）字第005368号、四国用（2002）字第005368号的《土地登记卡》和《国有土地使用权出让合同》（宗地编号为ST2001-**），证明拍卖的土地为14.60万平方米，土地出让方是第三人国土局。原告碧海湾公司、被告水利会、水利枢纽管理处、水务局、第三人建安公司、国土局均对本院依职权调取的证据无异议。

对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。

根据当事人的陈述和经审查确认的证据，本院认定事实如下：2003年3月31日，四会市雅风装潢有限公司变更为四会市雅风实业有限公司，2012年8月20日，四会市雅风实业有限公司变更为四会市碧海湾实业有限公司。

2001年11月25日，原告碧海湾公司以2730万元竞得四会市城区西防洪堤加固工程工地（编号为SJ2001-06地块），即四会市独岗桥至姚沙南渡头抗旱站的国有土地使用权。2003年2月18日，被告水利会与原告碧海湾公司签订协议书，约定被告水利会应缴国土部门的有关费用为295.8445万元由原告碧海湾公司代交，在地价款中扣除。事后，原告为被告水利会代缴了各级国土部门的有关费用共295.8445万元，2002年11月7日，四会市土地开发中心分别出具了编号为1146751、1146752、1146753的《收款专用收据》，确认其分别收取原告碧海湾公司交付的990000元、990000元、978445元征地费用的事实。原告碧海湾公司又以工程款充抵地价款的形式支付了上述地块的土地款2130万元。该笔土地款与原告拍卖前支付的600万元保证金相加，合计2730万元。自此，原告自行足额支付了竞拍上述地块的土地款共2730万元，而且还为被告水利会代缴了295.8445万元，该笔款项并未在原告应支付的地价款中予以扣除。

2018年5月30日，被告水利会出具了《证明》：兹证明2003年2月28日四会市城区西防洪堤水利会与四会市雅风装潢有限公司签订的《协议书》第一条中约定的“缴国土部门的有关费用”就是四会市国土资源局土地开发中心向四会市城区西防洪堤水利会出具的1146751、1146752、1146753号三张收款专用收据所明确的款项。上述款项由四会市雅风实业有限公司以国土综合楼工程款抵扣的方式为四会市城区西防洪堤水利会垫付。

2018年6月5日，第三人国土局出具了《关于的复函》：根据我局于2008年11月11日与贵公司签订的《市地产公司（国土综合楼）工程款及利息确认书》及四会市城区西防洪堤水利会《证明》内容显示，我局下属事业单位四会市土地开发中心向四会市城区西防洪堤水利会出具的1146751、1146752、1146753号三张收款专用收据所列明的总金额和日期，与《四会市国土综合楼工程支付明细表》中我局2002年11月7日需支付贵公司的工程价款2958445.00元相符。

另查明，2017年7月17日，被告水利会以《关于解决城区西防洪堤加固工程商住地办证费用的请示》向被告水务局催促过该款项。该《请示》中，被告水利会承认由原告碧海湾公司已按双方协议代缴了办证费295.8445万元，并且全额缴纳地价款的事实，但由于政府有关规定及要求，土地办证费用不允许在地价款中扣除，故被告水利会特请示水务局如何解决碧海湾实业有限公司代缴的土地办证费用问题。

本院认为：本案为合同纠纷。第三人国土局认为本案原告的起诉已超过诉讼时效，但原告一直向被告水利会主张权利，被告水利会也有向被告水务局申请拨款用以清偿原告的债务，原告最后一次在2017年7月17日向被告水利会主张权利，从2017年7月17日至原告向本院起诉的2018年1月2日，没有超过诉讼时效期间，且原告对第三人国土局没有诉求，故其所辩没有事实和法律依据，本院不予采纳。

2003年2月18日，原告碧海湾公司与被告水利会签订《协议书》，约定由原告代被告水利会向国土部门交纳相关费用295.8445万元，该笔款项在原告的地价款中扣除。该《协议书》是双方当事人的真实意思表示，其内容不违反我国法律、行政法规的强制性规定，被告水利会作为合同的相对人，是依法成立的事业单位法人，能够独立承担民事责任，故该《协议书》是合法有效的，双方当事人应严格履行合同义务。被告水务局、水利枢纽管理处不是合同的相对人，在本案中无需承担民事责任。原告碧海湾公司以工程款抵扣的形式向国土部门缴纳了295.8445万元。本案中，被告水利会自认295.8445万元是原告以国土综合楼工程款抵扣的方式为其垫付的，且原告提供的由四会市国土资源局下属单位四会市土地开发中心开具的《收款专用收据》三份加盖有四会市国土资源局的公章，即四会市国土局也对该款项进行了确认，原告碧海湾公司已足额缴清295.8445万元。但被告水利会并没有提供证据证实已将295.8445万元归还给原告，被告应承担不利的法律后果，故原告要求被告水利会偿还295.8445万元的事实清楚、理据充分，本院对原告碧海湾公司的诉求予以支持。

综上所述，为保护当事人的合法权益，依照《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条，《中华人民共和国民法通则》第三十六条、三十七条，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条第二款的规定，判决如下：

一、被告四会市城区西防洪堤水利会应于本判决生效之日起十日内，向原告四会市碧海湾实业有限公司清偿295.8445万元；

二、驳回原告的其他诉讼请求。

如被告未按本判决指定的期间履行金钱义务，应当按照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条的规定加倍支付迟延履行期间的债务利息。

案件受理费30468元（原告已预交），由被告四会市城区西防洪堤水利会负担。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于广东省肇庆市中级人民法院。

审　判　长　　曹铭毅

审　判　员　　梁小强

人民陪审员　　陈金莲

二〇一八年六月二十三日

书　记　员　　吴静文