广州市南沙区环保水务局、吉林省水利水电工程局建设工程施工合同纠纷二审民事判决书

广东省广州市中级人民法院

民 事 判 决 书

（2019）粤01民终1799号

上诉人（原审被告、反诉原告）：广州市南沙区环保水务局，住所地广东省广州市南沙区黄阁镇凤凰大道1号行政中心D栋4楼。

法定代表人：陈建余，该局局长。

委托诉讼代理人：苏祖耀，广东经纶律师事务所律师。

委托诉讼代理人：冉茜，广东经纶律师事务所律师。

被上诉人（原审原告、反诉被告）：吉林省水利水电工程局，住所地吉林省长春市朝阳区宽平大路1346号。

法定代表人：傅铭，该局局长。

委托诉讼代理人：郑楚娟，广东穗江律师事务所律师。

原审第三人：广州利源工程咨询有限公司，住所地广东省广州市白云区景云路5号二层自编202室。

法定代表人：郑泽龙，该公司总经理。

原审第三人：广州市水务规划勘测设计研究院，住所地广东省广州市天河区瘦狗岭路*******号广之旅大厦*****楼。

法定代表人：黄红。

原审第三人：河北省水利水电第二勘测设计研究院，住所地河北省石家庄市平安南大街***号。

法定代表人：乔裕民，该院院长。

上诉人广州市南沙区环保水务局（以下简称南沙环保水务局）因与被上诉人吉林省水利水电工程局（以下简称吉林水利工程局）及原审第三人广州利源工程咨询有限公司（以下简称利源公司）、广州市水务规划勘测设计研究院（以下简称广州水务研究院）、河北省水利水电第二勘测设计研究院（以下简称河北水利第二研究院）建设工程施工合同纠纷一案，不服广东省广州市南沙区人民法院（2017）粤0115民初5803号民事判决，向本院提起上诉。本院于2019年1月28日立案后，依法组成合议庭审理了本案。本案现已审理终结。

南沙环保水务局上诉请求：1、撤销一审判决第一项、第三项；2、改判驳回吉林水利工程局的诉讼请求，支持南沙环保水务局反诉请求，吉林水利工程局向南沙环保水务局支付延期完工违约金969688元。事实和理由：一、一审法院对《3号报告单》的内涌围堰工程是否属于新增工程问题做出错误认定。1、涉案招标文件、投标文件及《施工合同》均约定临时工程项目由投标人根据工程需要和自身实际情况自行考虑方案设计和进行投标报价，费用包干处理，如未单独列出，则投标总价及分项单价已包含该费用，不另行计取。根据招标文件要求，项目的全部临时工程均由投标人自行设计，本案争议是由于吉林水利工程局自行设计的临时工程没有考虑内涌围堰而导致，完全是吉林水利工程局对临时工程设计缺陷原因造成。新建水闸位置既有内涌也有外江，修筑内涌围堰临时工程是必须的临时工程项目。吉林水利工程局提供的施工方案中有提到内涌围堰临时工程,证明吉林水利工程局投标时已明知项目涉及内涌围堰工程。吉林水利工程局对施工现场也有充分了解。《招标文件》也明确要求投标人作为成熟的施工经验丰富的施工承包商，在报价前应当认真考察施工现场。《施工合同》对临时工程费用也明确约定在合同实施时不得以任何原因增加该部分费用。因此，涉案内涌围堰临时工程的工程款不属于可以增加的费用。吉林水利工程局选择将旧水闸封闭处理是其对临时工程自行选择的设计方案，并非南沙环保水务局提供的方案，如果因此存在缺陷无法实施，应由吉林水利工程局承担相关风险责任及费用。2、涉案工程施工设计图标注有旧水闸及新建水闸位置，故涉案工程并非将旧水闸拆除在原址上重建水闸。一审法院关于涉案工程是在旧水闸的基础上进行重建而非完全新建一水闸的认定错误。吉林水利工程局作为有经验承包商，理应清楚之所以不拆除原旧水闸就是要实现新水闸建好替代旧水闸之前，旧水闸仍要继续发挥其功能，只有等新水闸建好建成后，才用新水闸取代旧水闸。这既是万顷沙十一涌东水闸重建工程的本意，也是涉案施工合同在招投标时的要求。一审法院关于吉林水利工程局的设计方案和报价符合重建水闸工程的一般做法和《施工招标文件》的认定没有事实依据。招投标文件及《施工合同》均明确规定吉林水利工程局设计的临时施工方案无须南沙环保水务局审核。因新建水闸周围既有内涌也有外江，旧水闸仍需继续使用，否则必然会对周边居民及村民的生产、生活带来影响，因此临时工程必然会涉及内涌围堰施工，也就是说新建水闸无论是在原设计位置，还是向外江侧再平移110米，均应当涉及内涌围堰临时工程建设（都必须要做）。因此，内涌围堰工程与水闸向外江侧平移不具有关联性。吉林水利工程局实际施工时将旧水闸封闭，截断旧水闸处的水流，故而省去内涌围堰这项临时工程，显然是错误的施工方案，应当由吉林水利工程局承担责任。3、吉林水利工程局错误的施工方案导致村民阻扰，后经与村民协商，将新建水闸位置再向外江侧平移110米。对于因平移增加或减少工程，在《1、2、4报告单》中确认了工程量（还未经过财政评审审核）。但南沙环保水务局对《1、2、4号报告单》工程量的确认行为，并不能推定得出南沙环保水务局对《3号报告单》涉及工程量的确认。事实上，《3号报告单》一直没有得到南沙环保水务局认可，南沙环保水务局一直认为《3号报告单》内涌围堰临时工程与建设水闸向外江侧平移110米无关联性。二、一审法院关于《3号报告单》工程价款应当如何计算的问题的相关事实认定错误。本案工程造价鉴定程序违法，结论错误，不能作为定案依据。1、做出《造价鉴定报告》的鉴定人不是报告上盖章的注册造价工程师，鉴定机构无论出庭人员还是经办人员，均是不具鉴定资格的人员，鉴定程序及诉讼程序明显违法。2、诚业咨询公司错误理解《施工合同》第一部分协议书第十四条约定内容，将造价鉴定结论错误分成两部分意见，鉴定结论明显依据不足。该条款第1项约定的含意是变更项目未引起施工组织设计和进度计划发生实质性变更，不另行计取变更项目工程价款，也即是说符合该条约定的变更项目所涉及价款包含在合同包干总价范围内，不另行计取费用。该条约定的变更项目由于不涉及增加工程款，故不予调整该项目的单价。因此，该项约定的不予调整变更项目价款之义，并非诚业咨询公司理解的在另行计价时采用原定投标单价之含义。诚业咨询公司按照吉林水利工程局的投标单价计取费用错误。按诚业咨询公司的理解，变更项目未引起施工组织设计和进度计划发生实质性变动的所谓计价标准，计算得出的工程款3768011.22元，反而高于变更项目引起施工组织设计和进度计划发生实质性变动的工程款2536333.05元或后面调整的3232239.45元，明显不符合基本逻辑。对此，一审法院也认为南沙环保水务局将不予调整该项目的单价理解为合同约定的工程总承包价更符合逻辑。3、退一步说，即便认定涉案工程属于引起施工组织设计和进度计划发生实质性变更而计取工程款的，也应按照《施工合同》约定的计价方法。诚业咨询公司对《施工合同》第十四条第2项、第3项也出现错误理解。《3号报告单》所列内涌围堰和3号窦口处增加HDPE双壁波纹管导流项目涉及的每一项工程单价，诚业咨询公司未按照该二项约定的计价原则，详细列明该项目投标单价（合同价）与2006年《广东省水利水电工程预算定额》定额单价进行比对，从而得出哪些项目应采用合同单价计取，哪些项目应采用2006年定额单价计取，而是采取有合同价（投标价）的就按合同价（投标价）计费，无项目无合同价的则按重新组价方式计费（按2006年定额计价），明显违背该第2项约定的计价方法。《复函》附件二《临时工程结算表（重新组价）》中“模袋充填砂”和“砂包转堰填筑”按2006年定额重新组价分别是每立方52.11元和52.12元，而按合同价（投标价）分别是每立方98.83元和98.7元，合同价（投标价）高出定额价将近两倍，均超出2006年定额单价的30%，按约定应按照2006年定额单价下浮10%计取。诚业咨询公司在《复函》中将上述两项“模袋充填砂”和“砂包围堰填筑”列在“重新组价”列表中，而在2018年11月23日《调整说明》中，却又将上述两项列在“以合同价计取”的列表中，如此反差巨大的调整，既无价格比对及说明，且违背上述第2项约定。《复函》的《临时工程单价表》对“模袋充填砂”和“砂包围堰填筑”列明有直接费用（人工费、材料费、机械费）和其他费用构成，均包含有材料费，《调整说明》所述增加主材砂、砂土材料没有事实依据。施工合同约定须通过财政评审程序对工程造价进行审核，而《1、2、4报告单》的计价方法未经过财政评审的确认，有可能存在错误而被财政评审修正（事实上确实存在计价错误），故不能以南沙环保水务局对《1、2、4报告单》的确认而推定出可以该报告单所确认的计价方法计价。若如此，等于直接采用《3号报告单》。一审法院一方面认为应进行工程造价司法鉴定，另一方面却又认为应当遵循诚实信用原则进行解释，对《3号报告单》的造价应当与《1、2、4报告单》遵循同一原则确定，错误适用法律进行解释。三、办理工程结算时一并就工期延误违约责任进行处理，既是南沙环保水务局办理工程结算的通行惯例，也是施工结算惯例，而双方还未进行工程结算。在多次会议中，南沙环保水务局反复要求吉林水利工程局提供并完善关于施工工期的签证资料，吉林水利工程局也提供了所谓工期顺延的相关证据，可见双方对于是否应承担工期延误违约责任还在提交资料及审核中，不能说南沙环保水务局未主张追究承包人延期违约责任。一审法院以超过诉讼时效为由不支持南沙环保水务局违约金的反诉是错误的。

二审期间，南沙环保水务局补充上诉意见：一、对于《施工合同》第一部分协议书第十四条第一款的理解，一审法院没有按照合同法规定审理。1、一审法院没有按照合同所使用的词句、合同有关条款以及应结合上下文之间的关系进行审查认定。该条款所述不予调整该项目单价应是指与变更项目有关的分部分项工程价款不予调整，那么这部分费用当然属于包干总价范围费用，不另行计价。并非一审法院所称南沙环保水务局将单价即认为是合同约定的工程总承包价。2、一审法院没有按照合同目的进行审查认定。《施工合同》计价方式是包干总价，若对变更项目另行计取费用，合同控制是十分严格的，需要符合约定条件，这是包干总价合同的目的。3、一审法院没有按照交易习惯审理。涉案合同是包干总价计价方式，投标人报价时存在不平衡报价，对变更项目若完全按投标单价为依据，则会出现与实际发生费用不相符的情形。通常而言，施工合同对某种情形只会约定一种计价方式。鉴定机构以变更项目是否引起施工组织设计和进度计划发生实质性变动作为选择投标单价还是定额价的区分，实为错误理解合同约定。4、退一步说，即便按鉴定机构的处理方式，因一审法院已确认争议的内涌围堰属于变更项目引起施工组织设计和进度计划发生实质性变动的临时工程，故理应采用该情形下的鉴定造价结论（3232239.45元，其中有争议造价195108.39元），但一审法院却又不采用，以所谓诚信原则采用变更项目未引起施工组织设计和进度计划发生实质性变动情形下的鉴定造价结论。二、涉案施工合同对于什么时候应主张违约金及承担违约责任，并没有明确约定。建设单位与施工单位之间通常是在最终结算时才考虑违约责任及违约金相关事宜的。一审法院以竣工验收之时认定南沙环保水务局应当知道权利受到损害，既无合同依据，也与通行惯例不符。吉林水利工程局拖延工期三年，临时工程施工期限并未计算在内，已经将与周边村民发生争议导致工程拖延期限不计入施工期限，但吉林水利工程局仍有如此严重的超期。吉林水利工程局除几张监理通知单外，没有提供《施工合同》所要求的工期拖延的情况说明、造成工程拖延的相关凭证、进行赶工及重新调整工期计划及进度等。《施工合同》对于工程拖延后如何申请工程顺延有约定，但吉林水利工程局没有按照约定履行，一审法院也无视该约定。一审法院以超过诉讼时效为由，驳回南沙环保水务局关于违约金的主张，事实认定及适用法律错误。

吉林水利工程局辩称，一、一审法院认定《3号报告单》中涉及的工程属于新增工程正确。《3号报告单》的申报程序和内容与其他3份报告单相一致，监理单位、设计单位、项目管理单位均确认《3号报告单》载明的变更后增加工程价款属于合同外范围的表述，同样的表述出现于其余3份报告单，南沙环保水务局已予确认。《2号报告单》和《3号报告单》均涉及最终会被拆除的临时工程，而且《2号报告单》中的导流明渠与《3号报告单》中的内涌围堰被画在了同一张图纸上，逻辑上必须一致，南沙环保水务局在承认《2号报告单》的同时，就等于承认了《3号报告单》中的内容。《建设工程施工合同》中的“临时工程”以《施工招标文件》所述“临时工程不提供施工图纸，设计方案由施工队自行解决”为前提。而《3号报告单》中涉及的内涌围堰、HDPE双臂波纹导管两项工程均源于南沙环保水务局提供图纸，从反对解释的角度，有图纸作为施工依据的，不属于《建设工程施工合同》中无需另行计费的“临时工程”范畴。二、一审法院认定《3号报告单》的工程造价为3199364.74元的事实有误，应当改判为3768011.22元。吉林水利工程局的工作人员在填写《3号报告单》中的《工程变更项目造价申请表》时，对淤泥开挖项目的总价核算错误，最终导致核算出错误的金额，故《3号报告单》中的工程款金额就应当以《鉴定报告》中的鉴定造价3768011.22为准。因南沙环保水务局对《3号报告单》中涉及的工程存在异议，故吉林水利工程局申请由鉴定机构进行鉴定。在鉴定机构出具的《工程造价鉴定报告》、《复函》、《调整说明》中的鉴定造价金额3768011.22元高于《3号报告单》中的申报金额3389974.32元的情况下，南沙环保水务局就同意淤泥开挖（运距5km）项目的合价按照吉林水利工程局填写错误的金额进行确定，从而否认了鉴定造价，无疑否认了此次鉴定的意义。三、一审法院认定《3号报告单》工程价款的利息计算方式有误，应改判从2013年9月5日起计算。2013年3月29日取得《工程验收鉴定书》，根据《建设工程施工合同》的约定，2013年9月4日应为付款最后一天，从2013年9月5日起计算迟延付款的利息，不包括5%的质保金。质保金进入本金部分进行核算的时间是2015年4月19日，依据《建设工程施工合同》关于5%的工程保留金在取得工程缺陷责任期满证书后一个月内付清的约定，南沙环保水务局在《质量保修责任终止证书》最后签字日期是2015年3月19日。四、根据南沙环保水务局反诉状中的论述和逻辑，其起诉工期延误违约金应从实际完工时间2013年1月6日起算，已经超过诉讼时效。在双方长达数年的交涉过程中，南沙环保水务局也从未向吉林水利工程局提出过工期延误违约金，该诉请的诉讼时效不存在中断、中止和延长的情形。工程延期并非吉林水利工程局自身原因造成，并且已经按照《建设工程施工合同》约定形成了书面材料，有监理单位盖章确认，南沙环保水务局对此认可并明知。本案争议的根本起因在于南沙环保水务局在兴建项目之初，就项目可能对周围村民造成的影响和村民的抵触情绪评估不足，造成后续施工过程中，不断地与周边村民发生冲突，工期一再延误，并且还为平息周边村民的不满情绪，未经施工方同意，单方面要求增加额外工程，造成工程造价激增，而施工期间因南沙环保水务局领导层屡次变动，导致政策一变再变，才造成了今日的局面，南沙环保水务局对此是明知的，“工期延误”的责任应当由南沙环保水务局背负。《工程验收鉴定书》中已经明确说明延期并非吉林水利工程局原因造成，南沙环保水务局已经签字确认，现南沙环保水务局将延期原因归结为吉林水利工程局的原因，违反诚实信用原则。

利源公司、广州水务研究院、河北水利第二研究院未作陈述，亦未到庭。

吉林水利工程局向一审法院起诉请求：1、南沙环保水务局向吉林水利工程局支付剩余工程款6023569.70元；2、南沙环保水务局向吉林水利工程局支付逾期支付工程款利息至实际清偿剩余工程款之日止（按中国人民银行规定的同期贷款最高利率计算，暂计至2018年3月7日为2088477.56元）。一审诉讼中，吉林水利工程局变更诉讼请求：南沙环保水务局向吉林水利工程局支付《承包[2009]报告003号报告单》的工程款3742616.18元及利息（利息计算方式为：1、以3555485.37元为本金，按照中国人民银行公布的三至五年期同期同类贷款基准利率标准，从2013年9月5日起计算至实际清付之日止；2、以187130.81元为本金，按照中国人民银行公布的三至五年期同期同类贷款基准利率标准，从2015年4月19日起计算至实际清付之日止。利息暂计至2018年11月8日为1019099.06元）。

南沙环保水务局向一审法院反诉请求：吉林水利工程局支付延期完工的违约金969688元（按照合同总价款的5%计算）。

一审法院认定事实如下：

一、关于当事人的情况：

广州市南沙万顷沙十一涌东水闸重建工程（以下简称涉案工程）的建设单位（发包人）为南沙环保水务局（原名称为广州市南沙区水务和环境保护局）、代建单位（项目管理单位）为河北水利第二研究院、设计单位为广州水务研究院（原名称为广州市水利水电勘测设计研究院）、监理单位为利源公司（原名称为广州市安达水利工程建设监理有限公司、后变更名称为广州安达工程监理有限公司）、施工单位（承包人）为吉林水利工程局。

二、关于涉案工程的招投标情况：

2008年3月，南沙环保水务局就涉案工程对外发布招标公告，其中《施工招标文件》约定：“10.3.1本次招标的工程实行总造价包干方式承包。10.8投标人在报价前应认真考察施工现场情况，投标人作为一个施工经验丰富的承包商在报价时要充分考虑施工现场平整、鱼（虾）塘处理、清淤换填、排水等情况，并设一定的预算包干费用，在合同实施时，不得以任何原因向业主追加该部分费用。”吉林水利工程局提交了投标文件（技术标、经济标），经济标的总投标价为19393763.32元，其中临时工程部分的报价为3272636元，临时工程包括施工导流工程[即围堰工程（外江）2966701.49元]、临时房屋建筑工程（300378元）和其它临时工程（5556.51元）。

三、关于涉案工程的合同签订情况：

2008年5月6日，吉林水利工程局经评标后中标涉案工程。其后，南沙环保水务局（甲方、发包人）与吉林水利工程局（乙方、承包人）订立《施工合同》。《施工合同》由协议书、通用条款、专用条款和廉政合同四部分组成。第一部分“协议书”约定：“……四、工程承包范围：按施工图和招投标文件的规定。五、合同工期：开工日期：现场总监理工程师签发的开工日期为准；合同工期：180日历天。……七、工程造价：承包人工程总承包价（含税金）为19393763.32元。工程总承包价除不可抗力的重大自然灾害、战争或施工图纸发生重大变更设计的原因外，投标单位的中标价（合同承包价）不能因施工工期内人工、材料、物价等发生变化而调整。该合同金额为完成合同规定的全部工作需要支付的以及税金和利润，并考虑了合同期内可能发生的应承担的各种风险。……十二、本协议对合同《专用条款》32.1款，作如下规定：……本合同对招标文件中合同《专用条款》第33.4支付时间作如下规定：每月进度款支付应付款的70%。另30%分三部分，第一部分20%作为预付备料款扣回，第二部分5%，待工程完工经竣工验收合格，并办理完一切手续后付款，第三部分5%作为工程保留金，待‘缺陷维修责任期’期满（一年），认为无质量遗留问题并取得工程缺陷责任期终止证书后一个月内付清。十三、本协议对合同《专用条款》36款，修改如下：增加‘全部工程竣工验收合格并取得《工程竣工验收鉴定书》后，承包人在二个月内按国家有关规定办理竣工结算，发包人接到竣工结算报告后三个月内审定完毕，双方对竣工结算确认后七天内应进行退补结算。’本工程统一按原施工图设计图纸进行结算，最终结算价以南沙财局审定的金额为准。工程结算总造价，除设计变更引起工程量递增并经监理人和建设单位确认外，不得以任何理由超过本合同规定的施工总承包金额。十四、变更处理：1.合同外的所有变更必须按照《关于印发南沙区水利工程设计方案审查和设计变更审批等有关规定的通知》（穗南区水[2007]39号）进行。变更项目未引起施工组织设计和进度计划发生实质性变动和不影响其原定的单价时，不予调整该项目单价。因承包人违约必须作出的变更，因而增加的费用和工期延误，责任由承包人承担。2.发生设计变更时，若某项投标单价超出或低于2006年《广东省水利水电工程预算定额》的±30%，变更部分按照2006年《广东省水利水电工程预算定额》下浮10%，材料价格按照当期季度价格进行结算。3.若投标书中没有的项目，则按照2006年《广东省水利水电工程预算定额》下浮10%进行结算，材料价格按照当期季度价格进行结算。4.承包人在投标时已充分考察了施工现场情况，报价中已包括了施工范围的场地平整、鱼（虾）塘处理、清淤、排水及所有临时工程等费用，在合同实施时，不得以任何原因增加该部分费用。……”第二部分“通用条款”约定：“……7.1监理人的职责和权力（1）监理人应履行本合同规定的职责。（2）监理人可以行使合同规定的和合同中隐含的权力，但若发包人要求监理人在行使某种权力之前必须得到发包人批准，则应在专用合同条款中予以规定，否则监理人行使这种权力应视为已得到发包人的事先批准。（3）除合同中另有规定外，监理人无权免除或变更合同中规定的承包人或发包人的义务、责任和权利。7.2总监理工程师（以下简称总监）是监理人驻工地履行监理人职责的全权负责人。……7.3监理人员：总监可以指派监理人员负责实施监理中的某项工作，总监将这些监理人员的姓名、职责和授权范围通知承包人。他们出于上述目的而发出的指示均视为已得到总监的同意。7.4监理人的指示……（2）承包人收到监理人的指示后应立即遵照执行。……9.1招标图纸和投标图纸（1）列入合同的招标图纸仅作为承包人投标报价和在履行合同过程中衡量变更的依据，不能直接用于施工。（2）列入合同的投标图纸仅作为发包人选择中标人和在履行合同过程中检验承包人是否按其投标内容进行施工的依据，亦不能直接用于施工。……19.2属于下列任何一种情况引起的暂停施工，均为发包人的责任，由此造成的工期延误，应按第20.2款的规定办理：（1）由于发包人违约引起的暂停施工。（2）由于不可抗力的自然或社会因素引起的暂停施工。（3）其他由于发包人原因引起的暂停施工。19.3监理人的暂停施工指示（1）监理人认为有必要时，可向承包人发布暂停工程或部分工程施工的指示，承包人应按指示的要求立即暂停施工。不论由于何种原因引起的暂停施工，承包人应在暂停施工期间负责妥善保护工程和提供安全保障。（2）由于发包人的责任发生暂停施工的情况时，若监理人未及时下达暂停施工指示，承包人可向其提出暂停施工的书面请求，监理人应在接到请求后的48小时内予以答复，若不按期答复，可视为承包人请求已获同意。19.4工程暂停施工后，监理人应与发包人和承包人协商采取有效措施积极消除停工因素的影响。当工程具备复工条件时，监理人应立即向承包人发出复工通知，承包人收到复工通知后，应在监理人指定的期限内复工。……20.1在施工过程中，发生下列情况之一使关键项目的施工进度计划拖后而造成工期延误时，承包人可要求发包人延长合同规定的工期：（1）增加合同中任何一项的工作内容。（2）增加合同中关键项目的工程量超过专用合同条款第39.1款规定的百分比。（3）增加额外的工程项目。……（5）本合同中涉及的由发包人责任引起的工期延误。（6）异常恶劣的气候条件。（7）非承包人原因造成的任何干扰或阻碍……20.2承包人要求延长工期的处理（1）若发生第20.1款所列的事件时，承包人应立即通知发包人和监理人，并在发出该通知后的28天内，向监理人提交一份细节报告，详细说明发生该时间的情节和对工期的影响程度，并按第17.2款的规定修订进度和编制赶工措施报告报送监理人审批。……（2）若事件的持续时间较长或事件影响工期较长，当承包人采取了赶工措施而无法实现工程按期完工时，除应按上述第（1）项规定的程序办理外，承包人应在事件结束后的14天内，提交一份补充细节报告，详细说明要求延长工期的理由，并修订进度计划。……42.1在履行合同过程中，发包人发生下述行为之一者属发包人违约。（1）发包人未能按照合同规定的内容和时间提供施工用地、测量基准和应由发包人负责的部分准备工程等承包人施工所需的条件。……42.2承包人有权暂停施工（1）若发生第42.1款（1）、（2）项的违约时，承包人应及时向发包人和监理人发出通知，要求发包人采取有效措施提供上述条件和图纸，并有权要求延长工期和补偿额外费用。……”第三部分“专用条款”约定：“……7.1监理人的职责和权利。本款（2）项目补充：监理人在行使下列权力前，必须得到发包人的批准（注：发包人可根据具体情况规定需经批准的权力范围）。……2）按第20条规定，确定延长完工期限……。20.3由承包人责任造成工期延误除自行承担采取赶工措施所增加的费用外，还应支付逾期完工违约金，每延误工期一天，支付违约金1000元，但最终累计总金额不超过合同价格的5%。33.4支付时间，本款中‘专用合同条款中规定的逾期付款违约金’为按中国人民银行规定的同期同类贷款最高利率计算的逾期付款金额的利息。……39.2变更处理原则，增加如下规定：1、投标文件工程量清单的价格若出现不平衡报价，某项单价超出或低于2006年《广东省水利水电工程预算定额》±30，在签订施工合同时，发包人有权利在保持其中标总价不变的情况下调整单价，使之平衡。……”

一审庭审中，吉林水利工程局、南沙环保水务局对《施工合同》第一部分协议书第十四条约定在理解上产生分歧。吉林水利工程局认为，该约定应理解为即便设计图纸发生变更，只要不影响原定的单价，就不予调整单价，而是直接采用投标书的单价；南沙环保水务局则认为，该约定应理解为当变更工程影响了组织设计和进度计划，且投标价超出或低于2006年《广东省水利水电工程预算定位》的±30%，就视为对原定单价有实质性影响。

四、关于涉案工程的开工、合同履行、完工、验收、结算情况：

因存在“在施工准备期间，万顷沙镇沙尾二村村委及耕户阻扰施工和上访，因工程施工期较长，按设计方案进行施工截断了十一涌东涌内涌与外江潮水进出的通道，严重影响了内涌的水质（如含盐量）的变化，直接影响到河涌两岸大量的农田及鱼塘的农作物生产和养殖业的发展，且中断了渔船通航，影响了农作物及养殖的运输”的情形，南沙环保水务局（区剑雄）、吉林水利工程局（郑柏祥、郑志彬）与万顷沙镇沙尾二村村委（郭锐荣）及村民代表于2008年12月18日举行协调会议并达成协议，对原施工设计方案做出调整。

2008年12月27日，利源公司向吉林水利工程局送达进场通知，要求其尽快完善组织机构并上报开工资料，以及对导流渠进行试挖和编制施工方案。2009年1月7日，利源公司要求吉林水利工程局根据2009年1月5日南沙环保水务局、设计单位等确定的导流明渠开挖方案，加快导流明渠的开挖进度。2009年4月10日，利源公司向吉林水利工程局送达尽快完成导流明渠施工通流的通知。2009年4月19日，利源公司向吉林水利工程局送达监理通知，要求其根据协调会议纪要和业主指示，对水闸右岸两处排涝站新增4套设备和做好外接排水管管道施工工作。2009年5月17日，利源公司向吉林水利工程局送达“外江围堰施工，右岸排涝站向外伸长管道要配套施工的通知”。

2009年9月1日，吉林水利工程局申请开工，利源公司于同日出具同意开工的意见，并发出《合同项目开工令》。2009年9月5日，广州水务研究院（冯艳玲、林彬、梁家贤签名）出具了《设计/修改通知单》，将原13份施工设计图纸进行修改并另行增加了2份施工设计图纸。

变更部分施工完成后，吉林水利工程局于2009年10月18日出具了《1、2、3、4号报告单》，利源公司、广州水务研究院、河北水利第二研究院在4张报告单中签署“变更情况属实”、“同意变更”等意见并加盖公章。南沙环保水务局在《1、2、4号报告单》上加注“同意项目管理单位意见，同意变更，变更造价最终以财政评审为准”的意见并加盖公章。同时，《1、2、3、4号报告单》均附有河北水利第二研究院的意见以及工程量计价表等材料，其中河北水利第二研究院的附后意见中均包括“1.报告所述情况属实，同意变更。单价已按照施工合同第十三条、第十四条规定下浮10%，最终结算价以南沙财政评审所评审价格为准。2.根据穗南区水〔2010〕17号文件规定，单项变更超过50.0万元须由业主组织专题讨论会确定”等内容；《工程量计价表》中“工程变更项目造价申请表”分为施工单位申报（分“变更项目名称、工程量、单价、合价”等栏，均为打印）、监理审核（分“工程量、合价”两栏，均为手写）以及备注三大部分，备注部分注明为“投标单价”或“单价分析下浮10%”，由吉林水利工程局、利源公司签名盖章确认。2017年6月30日，南沙环保水务局与吉林水利工程局就《1、2、4号报告单》另行签订了《施工合同补充协议（一）》。

涉案工程于2013年1月6日完工，于2013年3月29日经竣工验收合格并交付使用，并签署了《单位工程验收鉴定书》和《移交书》。其中，《单位工程验收鉴定书》在“单位开工、完工情况”栏中载明有“涉案工程于2009年09月01日开工，合同工期180天，计划完工日期为2010年2月28日，建设期间因工程变更、村民阻碍施工、亚运期间停工及恶劣天气等因素影响，工程实际完工日期为2013年01月06日”等内容，单位工程验收工作组成员签字表中有南沙环保水务局、河北水利第二研究院、广州市南沙区水利工程管理所、广州水务研究院、利源公司、吉林水利工程局人员的签名。2014年7月8日，涉案工程质量保修期满并取得了《质量保修责任终止证书》。

涉案工程一直没有进行结算，当事人对于没有结算的原因各执一词。吉林水利工程局陈述其已经提交了结算申请和相关结算资料，但南沙环保水务局不出具收件回执，并以材料不全等原因拖延结算；南沙环保水务局则称因吉林水利工程局迟迟不提交结算资料而导致双方没有最终结算。

五、关于当事人的争议事项：

（一）当事人对于《3号报告单》的工程造价以及是否应当另行计价存在争议，具体情况如下：

吉林水利工程局提交的《3号报告单》中将河北水利第二研究院《关于3号报告单的意见》、《广州市南沙万顷沙十一涌东水闸重建工程（内涌围堰、施工导流变更部分）工程量计价表》（以下简称为《工程量计价表》）、十一涌东水闸工作协调会、设计/修改通知单等材料作为附件。其中，《3号报告单》记载的变更工程和变更方案是“增加内涌围堰和3号窦口处增加HDPE双壁波纹管导流”，变更原因是“本工程原设计闸址紧靠旧闸外江侧布置，利用内涌侧的旧闸进行封堵后作为施工内涌围堰，河涌两侧农田的灌溉和鱼塘养殖的换水利用十一涌西涌水闸进行控制，本工程未设计导流工程。在施工准备期间，万顷沙镇沙尾二村村委及耕户阻挠施工和上访，因本工程施工工期较长，按设计方案进行施工截断了十一涌东涌内涌与外江潮水进出的通道，严重影响了内涌的水质（如含盐量）的变化，直接影响到河涌两案大量的农田及鱼塘的农作物生长和养殖业的发展，且中断了渔船通航，影响了农作物及养殖的运输。为了确保工程顺利进行，经南沙区水务局（建设单位）、吉林水利水电局（施工单位）与万顷沙镇汕尾二村村委及村民代表，于2008年12月18日在村委会召开本工程工作协调会议达成协议，为了不影响河涌两岸大量的农田及鱼塘的农作物生产和养殖业的发展，农作物及养殖的运输，对水闸闸址向外江侧平移110米，3号窦口在内涌新建围堰处侧，只能从外江进行灌排，为了确保工程安全顺利施工，保证3号窦口片区农田换水、补水需求，对工程进行施工方案调整”，变更造价是：“A增加内涌围堰增加工程造价2812253.26元、B3号窦口处增加HDPE双壁波纹管导流增加工程造价577721.06元。该项变更后增加工程造价3389974.32元，依据合同条款第39条，变更价款属于合同外范围，请予审批。”利源公司签署“施工单位报告变更情况属实，同意变更，同意变更单位提出变更方案，经审核，变更价款增加3389974.30元周德树”的意见并盖章，广州水务研究院签署“设计变更情况属实，相关工程量按实际计算”的意见并盖章，河北水利第二研究院签署“情况属实，同意变更，意见附后”的意见并盖章。《3号报告单》附有《工程量计价表》，在“工程变更项目造价申请表”中（需核实），记载的变更项目及工程量情况如下：“1.淤泥开挖（运距5km）12105m3；2.基础换填中粗砂（水下）5840m3；3.模袋充填砂14590m3；4.弃渣10513m3；5.砂包围堰填筑891m3；6.防渗土工膜2228m3；7.砂包围堰拆运891m3；8.拆浆砌旧堤871m3；9.拆除砼梁11m3；10.弃渣11m3；11.HDPE双壁波纹管（管径1200mm）110m；12.HDPE双壁波纹管（管径1200mm）中粗砂垫层211.2m3；13.双壁波纹管（管径1200mm）基础C25砼157.8m3；14.双壁波纹管（管径1200mm）检查井基础C25砼厚400mm3.30m3;15.检查井砌砖（M10水泥砂浆）7.63m3；16.双壁波纹管（管径1200mm）内、外墙面M10水泥砂浆抹灰41.31㎡；17.HDPE双壁波纹管（管径800mm）110m;18.管径800mm中粗砂垫层281.60m3;19.管径800mm基础C25砼164.70m3；20.管径800mm检查井基础C25砼厚400mm3.30m3；21.检查井砌砖（M10水泥砂浆）5.72m3；22.检查井内、外墙面M10水泥砂浆抹灰30.98㎡。”其中，第11、15、16、21、22项为“单价分析下浮10%”，其他17个项目为“投标单价”，其中“1.淤泥开挖（运距5km）”项目中，工程量为12105m3，单价58.52元（投标单价），合价为139738.12元，该表由吉林水利工程局申报、由利源公司审核，并由吉林水利工程局、利源公司签名盖章。“已完工工程量汇总表”由吉林水利工程局于2009年5月11日出具，利源公司于5月13日签名并盖章，河北水利第二研究院签署“经复核，按设计图纸工程量属实”的意见并盖章。“围堰平面布置图”、“内涌围堰剖面图”、“内涌围堰底清淤平面布置图”、“内涌围堰底清淤断面图”的出具时间为2009年3月31日，上述图纸由利源公司、河北水利第二研究院签名盖章。

南沙环保水务局没有在《3号报告单》中签署意见和加盖公章。其认为该工程内容属于《施工合同》中的“临时工程”范围不应另行计价，并就此提交了穗南区环水会纪〔2017〕59号《会议纪要》予以证明。其中，《会议纪要》第三点载明：“根据工程招标文件中‘临时工程项目由投标人根据工程的需要和自身的实际情况自行考虑方案设计和进行投标报价，并做费用包干使用，如未单独列出，则认为投标总价及分项单价已包含上述项目费用’规定，会议认为内围堰工程属于合同临时工程范围，该项目投标文件工程量清单中虽有‘围堰工程（外江）’项目，却没有列明内涌围堰及其附属项目，故费用应包干处理，内围堰方案的调整与否与本项目其他变更没有直接因果关系，属施工组织设计缺陷，按照招标文件属于施工单位应承担的相应风险，不应再变更增加内围堰。”吉林水利工程局没有出席该会议，对此亦不予认可。

在一审诉讼过程中，吉林水利工程局主张《3号报告单》新增工程款3389974.32元，因南沙环保水务局不认可而向一审法院申请对《3号报告单》的工程造价进行鉴定。一审法院经审查后予以准许，并于2018年8月2日委托广州市诚业工程造价咨询有限公司（以下简称诚业公司）进行鉴定，吉林水利工程局预缴了鉴定费68956元。同月28日，一审法院组织当事人、诚业公司对涉案工程现场进行了勘验。

2018年10月23日，诚业公司出具穗诚业〔2018〕1089号《工程造价鉴定报告》，其中载明：“四、鉴定情况说明：1.根据工程施工合同协议书第十四条2约定，本工程结算中变更价款确定：发生设计变更时，若某项投标单价超出或低于2006年《广东省水利水电工程预算定额》的±30%，变更部分按照2006年《广东省水利水电工程预算定额》下浮10%，材料价格按照当期季度价格进行结算。2.依据工程施工合同协议书第十四条3约定，若投标书中没有的项目，则按照2006年《广东省水利水电工程预算定额》下浮10%进行结算，材料价格按照当期季度价格进行结算。3.变更部分中的新增分项的人工价格，根据广东省水利水电工程次要材料价格信息文件（2009）计取。4.淤泥开挖、拆除砼梁、基础C25、HDPE双壁波纹管（管径1200mm）、HDPE双壁波纹管（管径800mm）、检查井砌砖（M10水泥砂浆）、检查井内、外墙面M10水泥砂浆抹灰均按照2006年《广东省水利水电工程预算定额》，参考2009年第三季度材料价格重新组价，并按合同规定下浮10%进行计算。5.HDPE双壁波纹管（管径800mm）工程量鉴定说明：由于逗口排水管结构图图纸和报告单的HDPE双壁波纹管（管径800mm）工程量不一致。本次鉴定按照逗口排水管结构图图纸计算HDPE双壁波纹管（管径800mm）工程量。五、鉴定争议事项说明：1.报告单（承包[2009]报告003号）中的淤泥开挖在变更图纸等资料里，未明确是否外运5公里，工程变更项目造价申请表中仅有施工单位、监理单位签字，由于无建设单位盖章确认，计价后列入争议金额内，供法院参考。六、鉴定结论：经造价评估鉴定，广州市南沙区万顷沙镇十一涌东水闸重建工程的内涌围堰工程中申请人的工程量价值鉴定造价合计为3742616.18元，其中无争议项目鉴定造价为3154349.49元，有争议项目鉴定造价为588266.69元。”其中，《临时工程结算表（以合同价计取）》中工程项目的单价均按照投标价计取，其中记载的工程项目共10个，具体情况如下：1.基础换填中粗砂（水下）561574.4元（工程量5840m3、单价96.16元）；2.模袋充填砂1441929.7元（工程量14590m3、单价98.83元）；3.弃渣415908.48元（工程量10524m3、单价39.52元）；4.砂包围堰填筑30338.41元（工程量307.38m3、单价98.7元）；5.防渗土工膜561574.4元（工程量2228m3、单价23.25元）；6.砂包围堰拆运13017.54元（工程量307.38m3、单价42.35元）；7.拆浆砌旧堤72153.64元（工程量871m3、单价82.84元）；8.HDPE双壁波纹管（管径1200mm）中粗砂垫层20450.5元（工程量211.2m3、单价96.83元）；9.管径800中粗砂垫层17803.09元（工程量183.859m3、单价96.83元）；10.淤泥开挖708384.6元（工程量12105m3、单价58.52元），合计3333361.35元。《临时工程结算表（重新组价）》中工程项目的单价均按照定额下浮10%计取，其工程项目共6个，具体情况如下：1.拆除砼梁1590.9元（工程量11m3、单价144.63元）；2.基础C25砼129023.01（工程量331.886m3、单价388.76元）；3.HDPE双壁波纹管（管径1200mm）188486.54元（工程量110m、单价1713.51元）；4.HDPE双壁波纹管（管径800mm）85979.65元（工程量95.76m、单价897.87元）;5.检查井砌砖（M10水泥砂浆）3653.88元（工程量13.35m3、单价273.70元）；6.检查井内、外墙面M10水泥砂浆抹灰520.85元（工程量72.29m3、单价7.21元），合计409254.83元。

2018年11月7日，诚业公司就上述鉴定报告派员出庭接受质询。诚业公司陈述，其公司按照设计图纸、《3号报告单》来计算工程造价，因《3号报告单》没有建设单位签名，无法确认是否存在外运的事实，故将“淤泥开挖”中的外运费用588266.69元列入有争议部分；当事人材料完整的列入无争议部分。对此，吉林水利工程局认为其存在淤泥外运的事实，不同意将工程造价区分为无争议部分和有争议部分，并认为《工程变更项目造价申请表》中“淤泥开挖”项目的工程造价为139738.12元，属于工作人员计算错误。南沙环保水务局确认鉴定报告中的工程量，认为“内涌围堰工程”属于合同内的工程，且应当按合同约定价格下浮10%；认可3号窦口HDPE双壁波纹管属于新增工程，同意支付该部分的工程价款，但应当按照合同约定下浮10%。同时，南沙环保水务局主张不存在淤泥外运的事实，该部分的鉴定造价588266.69元不应列入工程造价中。

2018年11月14日，诚业公司依据上述庭审情况出具《复函》，其中载明：“二、关于‘挖掘机淤泥开挖’和‘挖掘机挖装淤泥，自卸汽车运输5km’单价的问题，回复：1.‘挖掘机淤泥开挖’项目属于合同外新增项目单价，按施工合同协议书第十四款2条规定计价，单价为3.07元/m3。2.‘挖掘机挖装淤泥，自卸汽车运输5km’单价：1）根据工程施工合同协议书第十四款1条，变更项目未引起施工组织设计和进度计划实质性变动和不影响其原定的单价时，不予调整该项目的单价。此时淤泥开挖（工作内容：挖掘机挖装淤泥、自卸汽车运输5km）单价按投标清单中的淤泥开挖单价58.52元/m3计算；2）根据工程施工合同协议书第十四款2条：发生设计变更时，若某项投标单价超出或低于2006年《广东省水利水电工程预算定额》的±30%，变更部分按照2006年《广东省水利水电工程预算定额》下浮10%，材料价格按照当期季度价格进行结算。现根据2006年《广东省水利水电工程预算定额》和《广州地区建设工程材料指导价格》（2009年第2季度）计价，淤泥开挖（工作内容：挖掘机挖装淤泥、自卸汽车运输5km）单价为19.19元/m3。三、关于“采用第二季度信息价”的问题，回复：新增项目单价中的材料价格按《广州地区建设工程材料指导价格》（2009年第2季度）计价。四、关于‘吉林水利工程局2018年10月12日质证意见（HDPE双壁波纹管（管径800mm）’的工程量及管径不一致的问题，回复：按签证单计量计价。五、其他，经复核本项目设计变更工程无法判断是否引起施工组织设计和进度计划实质性变动和不影响其原定的单价。如果不影响，有投标单价的按投标单价计价；如果影响，则按工程施工合同协议书第十四款2条计价。1.根据工程施工合同协议书第十四款1条，变更项目未引起施工组织设计和进度计划实质性变动和不影响其原定的单价时，不予调整该项目的单价。此时设计变更中模袋充填砂单价为98.83元/m3、砂包围堰填筑单价为98.7元/m3、拆浆砌旧堤单价为82.84元/m3。2.工程施工合同协议书第十四款2条，本工程结算中变更价款确定：发生设计变更时，若某项投标单价超出或低于2006年《广东省水利水电工程预算定额》的±30%，变更部分按照2003年《广东省水利水电工程预算定额》下浮10%，材料价格按照当期季度价格进行结算。此时设计变更中模袋充填砂单价为52.11元/m3、砂包围堰填筑单价为52.12元/m3、拆浆砌旧堤单价为14.33元/m3。综上所述，本报告经复核后作出调整：1.如果设计变更未引起施工组织设计和进度计划实质性变动和不影响其原定的单价时，报告总报价调整为3768011.22元，其中有争议部分造价671222.25元（淤泥外运自卸汽车运输5km）（见附件一）;2、如果设计变更项目引起施工组织设计和进度计划实质性变动和影响其原定的单价时，报告总报价调整为2536333.05元，其中有争议部分造价195108.39元（淤泥外运自卸汽车运输5km）（见附件二）。”

经比较，《复函》与《工程造价鉴定报告》存在以下变动：其一，《复函》附件一《临时工程结算表（以合同价计取）》中的工程项目为9项，缺少“10.淤泥开挖”，9个项目的工程量、单价和价款均与《工程造价鉴定报告》中相应项目一致，合计2624976.75元。其二，《复函》附件一《临时工程结算表（重新组价）》中的工程项目共7项，增加了“7.淤泥开挖”，除HDPE双壁波纹管（管径800mm）的工程量变更为110m3（增加14.24m）,其他5个项目的工程量与《工程造价鉴定报告》的相应项目的工程量一致。各项工程的单价、价款均调高，分别为：1.拆除砼梁2892.57元（单价262.96元）；2.基础C25砼139310.14（单价419.75元）；3.HDPE双壁波纹管（管径1200mm）188703.13元（单价1715.48元）；4.HDPE双壁波纹管（管径800mm）99001.32元（单价900.01元）;5.检查井砌砖（M10水泥砂浆）4087.86元（单价306.21元）；6.检查井内、外墙面M10水泥砂浆抹灰631.96元（单价8.74元）；7.淤泥开挖37198.67元（单价3.07元），合计471812.22元。其三，《复函》附件二的《临时工程结算表（以合同价计取）》共6个项目，其工程量、单价、价款均与《工程造价鉴定报告》中第1、3、5、6、8、9项的相应项目一致。其四，《复函》附件二《临时工程结算表（重新组价）》的项目为10项，其中第1-6项与附件一的内容一致，另外4个项目的情况如下：“7.模袋充填砂760343.26元（工程量14590m3、单价52.11元）；8.砂包围堰填筑16020.03元（工程量307.38立方米、单价52.12元）；9.拆浆砌旧堤12482.3元（工程量871m3、单价14.33元）；10.淤泥开挖37198.67元（工程量12105m3、单价3.07元）”，合计1260669.65元。同时，附件二中模袋充填砂、砂包围堰填筑的临时工程单价表中“材料费”部分均为“编织袋2640元、其他材料费26.4元”。

一审法院组织当事人对《复函》进行质证，诚业公司派员出庭接受质询。吉林水利工程局的质证意见为：一是应当按照附件一的鉴定金额3768011.22元作为《3号报告单》的工程造价；二是模袋充填砂、砂包围堰填筑、拆浆砌旧堤和淤泥开挖的单价应当按照投标单价计算，因为双方在《1、2、4号报告单》中均是采用了投标单价，是双方对计算变更工程款的惯例，《3号报告单》应当遵守该惯例；三是附件二中的临时工程单价表（重新组价）的模袋充填砂、砂包围堰填筑单价应当增加砂、砂土的材料价格。南沙环保水务局的质证意见为：一是围堰工程属于合同约定的临时工程，不应当以《复函》确定的工程造价作为增加工程款的依据；二是即便该工程属于合同外的工程，也应当按照《施工合同》第一部分协议书第14.2条的约定计算工程价款，因为该变更工程属于对施工组织设计和进度计划发生实质性变动的情形，而第14.1条的约定本意在于不影响施工组织计划和进度计划的微小项目；而《1、2、4号报告单》还需要财政审核，不能以此作为认定《3号报告单》的依据；三是淤泥开挖（运距5km）项目中的淤泥工程量12105立方米不符合常理和实际，其确定的工程价款139738.12元符合实际，对于该项目同意按照139738.12元计算。

2018年11月23日，诚业公司再次出具《调整说明》，其中载明：“一、关于附件二‘模袋充填砂’和‘砂包围堰填筑’项目单价的问题，回复：‘模袋充填砂’和‘砂包围堰填筑’项目增加主材砂、砂土材料价后，根据2006年《广东省水利水电工程预算定额》和材料价按《广州地区建设工程材料指导价格》（2009年第2季度）计算，‘模袋充填砂’单价为96.10元/m3；‘砂包围堰填筑’单价为96.10元/m3。‘模袋充填砂’投保单价为98.83元/m3；‘砂包围堰填筑’投保单价为98.7元/m3。根据工程施工合同协议书第十四款，‘模袋充填砂’和‘砂包围堰填筑’项目按合同单价进行计价。综上所述，本报告经复核后做出调整：1.如果设计变更未引起施工组织设计和进度计划实质性变动和不影响其原定的单价时，报告总报价调整为3768011.22元，其中有争议部分造价671222.25元（淤泥外运自卸汽车运输5km）（见附件一）;2.如果设计变更项目引起施工组织设计和进度计划实质性变动和影响其原定的单价时，报告总报价调整为3232239.45元，其中有争议部分造价195108.39元（淤泥外运自卸汽车运输5km）（见附件二）。”

经比较，《调整说明》仅对《复函》附件二的部分内容进行了调整，表现在：其一，《临时工程结算表（以合同价计取）》中将原6个项目调整为8个项目，增加了“7.模袋冲填砂、8.砂包围堰填筑”，具体情况如下：“7.模袋冲填砂1441929.7元（工程量14590m3、单价98.83元），8.砂包围堰填筑30338.41元（工程量307.38m3、单价98.7元）”，该部分工程价合计2552823.11元；其二，《临时工程结算表（重新组价）》中将原项目由10项变更为8项，减少了“模袋冲填砂、砂包围堰填筑”，其他8个项目的工程数量、单价及价款与之前的一致。

对于《调整说明》，吉林水利工程局的意见与之前相同，认为应当以3768011.22元作为《3号报告单》新增工程的工程造价。南沙环保水务局除坚持之前的意见外，还认为：1.诚业公司错误理解《施工合同》第一部分协议书第十四条的约定，其作出的两种工程造价是错误的。第十四条第1款的意思是在变更项目未引起施工组织设计和进度计划发生实质性变更和不影响合同原定单价时，变更项目价属于合同包干总价范围，不再另行计算，而非按照投标单价计算；第十四条第2款、第3款的意思是，对于变更项目，有投标单价的，则比较投标单价与2006年《广东省水利水电工程预算定额》定额单价，存在超出或低于30%时，按照2006年定额单价下浮10%；没有投标单价的，则直接按照2006年定额单价计取。因此，诚业公司应当将每一项工程的投标单价与2006年定额单价进行对比后，才能确定单价。2.“模袋充填砂”、“砂包围堰填筑”在《复函》的“临时工程单价表”中列明有直接费用（人工费、材料费、机械费）和其他费用构成，该两项单价构成中均包含有材料费，故将该两项列入“以合同价计取”是错误的；《调整说明》增加主材砂、砂土材料没有依据。3.《调整说明》中没有沿袭之前的做法，应当区分“内涌围堰”和“3号窦口处增加HDPE双壁波纹管导流”。

吉林水利工程局于2018年11月29日出具确认书，表示认可诚业公司在《复函》、《调整说明》中对工程造价由3742616.18元调整为3768011.22元，但基于对整个案件的诉讼进度考虑，对于其第一项诉讼请求的金额不再变更。

（二）当事人对于涉案工程是否存在迟延完工的情况存在争议，具体情况如下：

吉林水利工程局主张因南沙环保水务局未处理好涉案工程周边村民的关系导致工程暂停，在扣除暂停工期1043天后，涉案工程不存在工期迟延的问题，且工期迟延违约金的诉求已经超过了诉讼时效。为此，吉林水利工程局向一审法院提交了《延长工期申请表》1份、《关于延长工期的申请报告》1份、《复工申请报审表》8份、《暂停施工报审表》8份予以证实。其中，《延长工期申请表》是对《复工申请报审表》和《暂停施工报审表》中暂停施工工期的汇总，上述材料均有加盖利源公司南沙项目监理部公章以及总监理工程师牛江陵的签名。《关于延长工期的申请报告》作为附件，其内容与《复工申请报审表》和《暂停施工报审表》中记载的一致。监理工程师周德树在《延长工期申报表》中签署了“经审查，本报告情况属实，我方拟同意本工程延长工期1043天，请代建、业主审核”的意见。监理单位在8份《暂停施工报审表》中均签署了“情况属实，同意暂停施工”的意见；监理单位在8份《复工申请报审表》中均签署了“同意复工”的意见。停工期限和暂停施工原因分别如下：1.停工时间：2009年9月15日至2010年6月2日共260天，暂停施工原因：2009年9月15日受台风袭击，受淹农户（李满棠、何培棠、梁善棠、陈桂荣、梁金英、陈锡泉、麦锦棠等）以新建水闸导致农田受台风影响被淹为由阻碍施工现场；2.停工时间：2010年7月30日至2010年9月11日共43天，暂停施工原因：2010年7月30日3号田受淹农户（樊柏荣、樊松柏、樊锡泉、陈少锋等）重新起诉各有关参建单位并阻碍施工现场；3.停工时间：2010年9月18日至2010年11月11日共54天，暂停施工原因：2010年9月18日3号田受淹农户（樊柏荣、樊松柏、樊锡泉、陈少锋等）以法院未判决为由阻碍现场施工；4.停工时间：2010年11月13日至11月19日共7天，暂停施工原因：2010年11月12日收到监理通知（监理[2010]通知010号），要求本工程于2010年11月13日起暂停施工；5.停工时间：2010年11月21日至2011年3月19日共118天，暂停施工原因：2010年11月21日3号田受淹农户（樊柏荣、樊松柏、樊锡泉、陈少锋等）以赔偿未落实为由阻碍现场施工；6.停工时间：2011年4月10日至2011年8月10日共122天，暂停施工原因：2011年4月10日受淹农户（樊柏荣、樊松柏、樊锡泉、陈少锋、李满棠、何培棠、梁善棠、陈桂荣、梁金英、陈锡泉、麦锦棠等）仍以赔偿未落实为由阻碍现场施工；7.停工时间：2011年8月25日至2012年8月17日停工358天，暂停施工原因：2011年8月25日受淹农户（樊柏荣、樊松柏、樊锡泉、陈少锋、李满棠、何培棠、梁善棠、陈桂荣、梁金英、陈锡泉、麦锦棠等）以赔偿金额过少为由阻碍现场施工；8.停工时间：2012年10月3日至2012年12月23日共81天，暂停施工原因：2012年10月3日，万顷沙镇沙尾二村三位老人仍以赔偿金过少为由阻碍现场施工。

南沙环保水务局对上述证据的真实性均不予确认，认为《延长工期申请表》没有得到其确认，而《暂停施工报审表》中的情形在2010年12月14日已经处理完毕，且实际上吉林水利工程局在上述主张的停工期间内仍然有在施工；至于诉讼时效问题，因涉案工程尚未进行结算，在此情况下，主张延期完工的违约责任不存在超过诉讼时效的问题。南沙环保水务局就其反诉主张，提交了《监理通知》、《回复单》、《整改措施》、《结案证明书》等予以证实。吉林水利工程局认可《监理通知》、《结案证明书》和加盖其公章的《回复单》的真实性，对其他证据均不予认可，且不予确认南沙环保水务局的证明内容，陈述其在上述期间只是偶尔做一些零星工程。一审法院认为，对于吉林水利工程局认可真实性的证据应予采信作为本案的证据使用；对吉林水利工程局不予认可的证据，虽南沙环保水务局称来源于利源公司，但利源公司未出庭说明情况，且亦无其他证据予以佐证其真实性，故一审法院不予采信作为本案的证据使用。据此，一审法院确认如下事实：1.《结案证明书》2份由一审法院出具，内容是：关于申请执行人李满棠、梁金英、陈桂荣、梁善棠、何培棠、陈淦荣、陈锡泉、麦锦荣、黄九、梁汝康与被执行人樊柏荣、樊柏松、樊锡泉、陈少锋、广州市南沙区水务局、吉林水利工程局、吉林省水利水电工程局广州分公司财产损害赔偿执行案已在2010年12月15日结案。2.南沙环保水务局提交的利源公司发出的《监理通知》中，除2010年6月24日（事由：关于加快施工进度，加强安全生产的通知）、2010年7月10日（事由：关于加快施工进度，加强安全生产的通知）、2010年7月16日（事由：关于加快施工进度的通知）、2010年8月26日（事由：关于加快施工进度的通知）、2010年9月16日（事由：关于加快施工进度的通知）与施工进度有关外，其他均与施工进度无关。其中，吉林水利工程局仅对上述2010年8月26日发出的《监理通知》进行回复，该《监理通知》记载“根据现场查看，你部钢筋班组人员太少，速度太慢，影响其他班组的施工，导致工期滞后12天”等内容，吉林水利工程局的《回复单》内容为“1.我部将增加人员，增加工作时间，加快各工序的进度；2.安排好各工序的交叉作业，将滞后的工期赶上来。”

一审法院认为，吉林水利工程局与南沙环保水务局签订的《施工合同》是按照有关招投标的法律规定程序，经过公开招投标程序而订立，是当事人真实意思表示，其内容没有违反法律、行政法规的效力性强制性规定，应为合法有效，当事人应当切实履行。

根据当事人的诉辩意见和证据交换情况，归纳本案的争议焦点为：一、《3号报告单》的“内涌围堰工程”是否属于新增工程；二、《3号报告单》的工程价款应当如何计算；三、《3号报告单》的工程价款利息应当如何计算；四、南沙环保水务局诉请的迟延完工违约金应否支持。根据本案审理查明的事实和相关法律规定，分析评判如下：

一、关于《3号报告单》的“内涌围堰工程”是否属于新增工程的问题。南沙环保水务局在一审庭审中确认《3号报告单》中的“3号窦口处增加HDPE双壁波纹管导流”工程属于新增工程，故一审法院予以确认。当事人对于“内涌围堰”工程是否属于新增工程各执一词：吉林水利工程局主张该工程属于新增工程，其理由如《3号报告单》所记载的事由，即原设计是利用内涌侧的旧水闸作为施工的内涌围堰，但因施工过程中发生村民阻扰导致设计变更，而增加了内涌围堰工程；而南沙环保水务局主张该工程属于应当包括在合同范围内的临时工程而非新增工程，其理由是穗南区环水会纪〔2017〕59号《会议纪要》第三点记载的事由，即吉林水利工程局在投标时因其设计缺陷而没有将内涌围堰工程列入临时工程范围，依据招投标文件不得另行主张该部分费用，且该工程的增加与施工过程中变更的《1、2、4号报告单》之间不存在直接因果关系。一审法院认为：1.《3号报告单》中记载的事由已经由利源公司、广州水务研究院、河北水利第二研究院签名确认，故对于上述事实直接予以采信。2.吉林水利工程局并未参加上述会议并就穗南区环水会纪〔2017〕59号《会议纪要》作出确认的意思表示，故尽管存在相关专家参与评审以及上级主管部门审查的事实，《会议纪要》均对吉林水利工程局不具有法律约束力，南沙环保水务局不能以此作为其无需承担责任的依据。3.对于《会议纪要》中载明的“设计缺陷”的问题。如南沙环保水务局所言，《施工招标文件》第10.2.1条、第10.8条确实有约定，投标人在报价时应当充分考虑施工现场的相关情况并设一定的预算包干费用。但从本案的情况来看，涉案工程是在旧水闸的基础上进行重建而非完全新建一水闸，此时的施工现场相关情况就应当包括原有旧水闸。根据吉林水利工程局的《投标文件》（经济标）和《3号报告单》的记载，吉林水利工程局亦是在原有旧水闸的基础上确定设计方案和进行报价，该做法既符合重建水闸工程的一般做法，亦符合《施工招标文件》的“充分考虑施工现场的相关情况”，且此举也有利于节省政府对涉案工程的财政支出，南沙环保水务局以此为由主张存在设计缺陷与事实不符，一审法院不予采纳。4.如《3号报告单》所记载的事由，涉案工程在施工过程中因村民阻扰等原因导致原施工方案发生变更，该变更包括在《1、2、4号报告单》中，南沙环保水务局对此予以确认。因存在上述施工方案变更，由此导致吉林水利工程局无法再行利用原旧水闸作为内涌围堰，而内涌围堰工程是为完成涉案工程而必须采取的措施。故南沙环保水务局主张二者之间不存在直接因果关系显然与事实不符。综上，内涌围堰工程得到了利源公司、广州水务研究院、河北水利第二研究院的确认，其符合招投标文件和《施工合同》关于设计变更的约定，广州水务研究院亦另行出具了《设计/修改通知单》，故一审法院认定内涌围堰工程属于新增工程，即《3号报告单》记载的工程均为新增工程。

二、关于《3号报告单》的工程价款应当如何计算的问题。1.涉案工程于2013年1月6日完工，于2013年3月29日经竣工验收合格并交付使用，于2014年7月8日工程质量保修期满。但双方一直未能就涉案工程进行结算，而对于南沙环保水务局签名确认的《1、2、4号报告单》，直至2017年6月30日才签署《施工合同补充协议（一）》且未完成财政评审。而对于《3号报告单》，南沙环保水务局一直不予认可，故双方显然无法依约进行结算，故在此情况下，由吉林水务局申请工程造价鉴定来确定工程价款，该做法符合法律规定。诚业公司是由一审法院依法确定的具备相应资质的专业鉴定机构，故其作出的鉴定意见可以作为本案的证据使用，作为一审法院认定《3号报告单》工程造价的依据。2.关于诚业公司出具的鉴定意见如何采信的问题。诚业公司出具了《工程造价鉴定报告》，后根据庭审情况又先后出具了《复函》及《调整说明》。对此，一审法院认为：1.对于诚业公司就相关项目进行调整的问题。诚业公司在《复函》中仅对“HDPE双壁波纹管（管径800mm）”项目的工程量进行了调整，而该调整与工程变更项目造价申请表一致；《复函》根据庭审情况，对《工程造价鉴定报告》中新增项目单价的材料由2009年第3季度调整为工程完工时间的2009年第2季度；因《复函》附件二中“模袋充填砂”、“砂包围堰填筑”的“临时工程单价表”中并未显示有砂、砂土材料的价款，故诚业公司对此进行调整，并因增加砂、砂土材料价款，与投标报价相比后，列入《临时工程结算表（以合同价计取）》中。上述三次调整均符合本案实际，且诚业公司对此均作出相应的说明，一审法院予以采纳。南沙环保水务局提出的《复函》附件二中“模袋充填砂”、“砂包围堰填筑”已经包括了材料费与事实不符，一审法院不予采纳。2.诚业公司在《工程造价鉴定报告》、《复函》、《调整说明》上均对工程造价区分为无争议和有争议两个部分，其中有争议部分即淤泥开挖（运距5km）项目。根据吉林水利工程局提供的《工程变更项目造价申请表》显示，上述争议项目列明的工程量为12105立方米、单价为58.52元、合价为139738.12元，吉林水利工程局对此表示，工程量及单价无误，但因计算错误导致合价错误。南沙环保水务局则表示该项目单价包含了淤泥开挖和外运的费用，但实际上吉林水利工程局并无进行淤泥外运，并没有发生外运的费用，因此该项目只同意按照合价的金额139738.12元确定。一审法院认为，《工程变更项目造价申请表》明确记载了各项工程变更项目的工程量、单价以及合价，该表由吉林水利工程局申报，并经监理审核，对于争议项目所列的工程量、单价与合价不符的情况，吉林水利工程局简单的以计算错误来解释，显然不符合常理。而且该申请表的合计总价是按照该项合价与其他各项合价相加所得，吉林水利工程局此前也是以合计总价作为《3号报告单》的增加工程造价向法院主张权利，只是在鉴定报告将该项目列为争议项目后，才作出相应调整。结合诚业公司在《复函》中指出的，淤泥开挖项目的工作内容包括了挖掘机挖装淤泥和自卸汽车运输5km，故在吉林水利工程局未能举证证实其有淤泥外运5公里的情况下，一审法院不予采纳其要求按照单价58.52元计算该项目工程价款的主张，该项目的工程价款应按照139738.12元确定。3.诚业公司在《复函》及《调整说明》中以《施工合同》第一部分协议书第十四条第一款的理解存在两种情形为由，将工程造价区分为两种情况来列明。因此，本案涉及到对《施工合同》第一部分协议书第十四条第一款的理解问题，而吉林水利工程局与南沙环保水务局对该条的理解亦存在差别。《中华人民共和国合同法》第一百二十五条第一款规定：“当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定该条款的真实意思。”依据上述规定，一审法院认为，对于合同条款的解释在于探求当事人的真实意思，故首先应当从合同所使用的文字语句含义进行解释，并结合合同上下文有关条款进行解释，在依然不能解释的情况下，可以从合同目的、交易习惯以及诚实信用原则来进行解释。就本案而言，因《3号报告单》中的变更项目引起了施工组织设计和进度计划发生实质性变动是明显的，故第十四条第一款中存在歧义的是“不影响其原定的单价时，不予调整该项目单价”。南沙环保水务局认为该“不予调整该项目的单价”即为合同约定的工程总承包价，虽然结合第十四条第二、三款的约定，将其理解为工程总承包价应当说更符合逻辑，但却会与在《施工合同》中多处出现的“单价”一词存在冲突。在此情况下，结合本案案情，因《3号报告单》与《1、2、4号报告单》均是基于同一原因导致的增加工程量，而该原因是吉林水利工程局在投标时无法预计的，且吉林水利工程局亦是根据南沙环保水务局、广州水务研究院等单位的要求作出的，且工程量、工程价款等亦经过利源公司的核对及河北水利第二研究院、广州水务研究院的确认。因此，一审法院认为，在合同约定存在歧义的情况下，本案应当遵循诚实信用原则进行解释，即对于《3号报告单》的造价应当与《1、2、4号报告单》遵循同一原则确定。综上所述，一审法院认为，《3号报告单》的工程造价除“淤泥外运（运距5km）”外，应当以《复函》附件一为准，对于淤泥外运（运距5km）应以南沙环保水务局确认的139738.12元为准，故《3号报告单》的工程造价应确定为3199364.74元（3768011.22元-708384.6元+139738.12元）。

三、关于《3号报告单》工程价款的利息应当如何计算的问题。依据《施工合同》第一部分“协议书”第十三条的约定，《3号报告单》新增工程价款的最终结算价应当以南沙财局审定的金额为准，故由南沙财局进行审定是工程款支付的必要条件。由于双方就《3号报告单》中所涉工程是否属于新增工程存在争议，已无法对其工程造价按照合同的约定进行结算，在此情况下，吉林水利工程局应当及时提起诉讼，通过司法途径确定工程造价，但吉林水利工程局一直未有行使该权利，直至通过本案诉讼才最终予以确定，故对于该部分工程款的利息应自其提起本案诉讼之日（即2017年12月6日）起开始计算为宜；吉林水利工程局主张利息按照中国人民银行公布的三至五年期同期同类贷款基准利率计算，因一审法院已确定利息从2017年12月6日起计付，故利息应按照中国人民银行公布的同期一年期贷款基准利率计算为宜；鉴于涉案工程的质量保修期已于2014年7月8日届满，故利息应当以上述所确定的《3号报告单》的工程款3199364.74元作为计算基数。

四、关于南沙环保水务局诉请的迟延完工违约金应否支持的问题。依据《施工合同》的约定，涉案工程从2009年9月1日开工，合同工期180天，完工日期应为2010年2月28日，但涉案工程于2013年1月6日才完工，故南沙环保水务局据此主张工期延误1043天。吉林水利工程局则以工程延期并非其原因造成，其已按合同约定向监理单位申请暂停施工，且该主张已经超过诉讼时效的问题。对此，一审法院认为：1.关于吉林水利工程局提出的诉讼时效问题。权利的行使应当及时，当事人不及时行使权利超过诉讼时效的，将丧失请求人民法院通过强制力保护其民事权利的权利。根据《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条第二款的规定，诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。涉案工程于2013年1月6日完工，于2013年3月29日竣工验收，此时，南沙环保水务局应当知道其权利受到损害，亦能够向吉林水利工程局主张权利。但现有证据表明，南沙环保水务局在2018年1月10日提起本案反诉之前，未向吉林水利工程局主张过迟延完工违约金。同时，虽然在建设工程领域中，当事人进行工程结算时才对各自违约行为进行统计并确定违约责任，但迟延完工违约金的权利行使与具体确定违约责任大小系两个层次的问题，故迟延完工违约金的诉讼时效期间从双方工程款结算之日起算亦于法无据。综上，一审法院认为南沙环保水务局主张迟延完工违约金已经超过了法定的诉讼时效，吉林水利工程局的抗辩意见成立，一审法院予以采纳。2.从本案认定的事实来看，涉案工程确实存在因周边村民阻扰施工等原因导致暂停施工的情形，吉林水利工程局据此提交的《延长工期申请表》《复工申请报审表》《暂停施工报审表》，已经得到了监理单位利源公司的确认和同意，且《单位工程验收鉴定书》中亦已载明了迟延完工的事由，一审法院予以采信，并以此确认暂停施工的时间。南沙环保水务局虽不予认可，但其提交的《监理通知》和《回复单》并不足以反驳吉林水利工程局的上述证据。如前所述，吉林水利工程局已按照《施工合同》第二部分“通用条款”第19.3（2）条的约定，向监理单位利源公司提出暂停施工的书面请求，并得到利源公司的确认和同意，故吉林水利工程局的相关抗辩理由成立，一审法院予以采纳。南沙环保水务局提出吉林水利工程局未能按照《施工合同》第二部分“通用条款”第20.2款的约定办理工期延长，应承担工期延误的责任。但该条约定只是对若发生第20.1款所列的因发包人的原因导致工期延误的事件时，承包人要求延长工期的处理。南沙环保水务局以此追究吉林水利工程局工期延误的责任，缺乏理据，一审法院不予支持。

利源公司、广州水务研究院经一审法院合法传唤，无正当理由未到庭应诉，视为其放弃相应的法律权利，依法由其承担相应的不利法律后果。

综上所述，一审法院对吉林水利工程局的诉讼请求部分予以支持，对南沙环保水务局的反诉请求不予支持。一审法院依照《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条，《中华人民共和国合同法》第八条、第一百零七条、第一百二十五条第一款，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、第一百四十四条规定，判决：一、南沙环保水务局于该判决发生法律效力之日起十日内向吉林水利工程局支付《承包[2009]报告003号报告单》的工程款3199364.74元及利息（利息的计算方式为：以工程款3199364.74元为本金，按照中国人民银行公布的同期一年期贷款基准利率计算，从2017年12月6日开始计算至实际付清之日止）；二、驳回吉林水利工程局的其他诉讼请求；三、驳回南沙环保水务局的全部反诉请求。本诉案件受理费44893.72元，由吉林水利工程局负担14730元，南沙环保水务局负担30163.72元；反诉案件受理费6748.40元，鉴定费68956元，由南沙环保水务局负担。

经审查，本院对一审法院查明的事实予以确认。

本院认为，依照《最高人民法院关于适用的解释》第三百二十三条关于第二审人民法院应当围绕当事人的上诉请求进行审理的规定,本院对吉林水利工程局施工完成的涉案工程中的内涌围堰项目是否属于新增工程项目、《3号报告单》（即《承包[2009]报告003号报告单》）项下增加内涌围堰和3号窦口处增加HDPE双壁波纹管导流工程项目的价款是否以司法鉴定意见作为审查依据，及南沙环保水务局主张吉林水利工程局支付迟延完工违约金的请求是否支持的上诉争议问题进行审查。

关于吉林水利工程局施工完成的涉案工程中的内涌围堰项目是否属于新增工程项目的上诉争议问题。吉林水利工程局原设计的内涌围堰项目施工方案是利用内涌侧的原有旧水闸进行封堵后作为施工内涌围堰。该方案考虑了施工现场存在旧水闸可以利用以减少工程造价的实际情况，吉林水利工程局亦是据此报价。南沙环保水务局确定吉林水利工程局中标涉案工程，应视为其认可吉林水利工程局提出的包括内涌围堰项目施工方案在内涉案工程施工方案，且施工过程中出现当地村民阻扰施工的人为现象，并非吉林水利工程局投标时所能够预见及作出充分考虑的施工现场情况，故南沙环保水务局认为吉林水利工程局原内涌围堰项目施工方案存在设计缺陷的主张不能成立，本院不予采纳。在与当地村民协调后，南沙环保水务局同意调整原施工设计方案，设计单位广州水务研究院对施工图纸进行了修改及增加，另行确定了内涌围堰项目的新的施工方案。吉林水利工程局亦按照修改及增加的施工图纸完成了涉案工程。之后，吉林水利工程局提交的《3号报告单》载明了内涌围堰项目系增加工程项目及增加工程造价属于合同外范围，涉案工程的监理单位利源公司、设计单位广州市水务规划勘测设计研究院、项目管理单位河北水利第二研究院均在《3号报告单》上予以确认。因此，综合上述事实，可以认定吉林水利工程局完成的内涌围堰项目属于新增工程项目，应在合同价款外另行计价。一审法院认定吉林水利工程局完成的内涌围堰项目属于新增工程即《3号报告单》记载的工程均为新增工程的审查意见，理据充分，并无不当，本院予以认同。南沙环保水务局认为吉林水利工程局完成的内涌围堰项目不属于新增工程，其价款包含在合同总价内的上诉理由不能成立，本院不予采纳。

关于《3号报告单》项下增加内涌围堰和3号窦口处增加HDPE双壁波纹管导流工程项目的价款是否以司法鉴定意见作为审查依据的上诉争议问题。在涉案工程竣工验收交付使用及质量保修期届满至一审诉讼期间，南沙环保水务局和吉林水利工程局一直未能进行结算及完成财政评审，且双方对《3号报告单》项下工程项目的价款产生争议的情况下，吉林水利工程局申请工程造价司法鉴定，符合法律规定；一审法院确定的鉴定人诚业公司具备工程造价评估资格，就鉴定意见出庭作证的人员系诚业公司指派的工作人员，其言行代表诚业公司，视为鉴定人诚业公司出庭作证；诚业公司根据南沙环保水务局和吉林水利工程局对鉴定意见提出的两次异议，经复核后予以答复并对原鉴定意见先后作出两次调整，并无不当。故鉴定人诚业公司的鉴定行为并无违反法定程序，其作出的鉴定意见可以作为本案证据使用。除对鉴定程序在上诉时提出意见外，南沙环保水务局对包括《工程造价鉴定报告》、《复函》、《调整说明》在内的鉴定意见的实体问题提出的上诉意见，在第一审程序中已经提出，鉴定人诚业公司对此作出的答复有相应依据，其在双方当事人对涉及变更工程计算价款的合同条款理解不一，其又无法判断的情况下根据双方当事人的各自理解提出两种情形的计价方式，交由一审法院审查，并无不当；一审法院对鉴定人诚业公司作出的鉴定意见，及双方当事人就鉴定意见实体问题提出的异议作出的审查意见，阐述详尽，理据充分，对双方当事人争议较大的涉及变更工程计算价款的合同条款的解释符合法律规定及实际情况，本院予以认同，不再赘述。故南沙环保水务局认为司法鉴定意见的结论存在错误的上诉理由不能成立，本院不予采纳。因此，《3号报告单》项下工程的价款应当以司法鉴定意见作为审查依据，一审法院根据司法鉴定意见及查明的相关案件事实，认定《3号报告单》项下工程的造价为3199364.74元，并无不当，本院予以支持。

关于南沙环保水务局主张吉林水利工程局支付迟延完工违约金的请求是否支持的上诉争议问题。涉案工程于2013年3月29日竣工验收时已经逾期完工，此时南沙环保水务局应当知道自己的权利受到损害；即使如南沙环保水务局所述工程结算时才能确定违约责任，涉案施工合同约定的结算完成时间为竣工验收后五个月内，而南沙环保水务局在该期限届满后双方不能完成结算工作的情况下，更加应当知道自己的权利受到损害；南沙环保水务局并无提供证据证明其诉讼时效存在中断、中止的情形。因此，南沙环保水务局反诉请求吉林水利工程局支付迟延完工违约金，已经超过了法定的诉讼时效期间。此外，《3号报告单》、《单位工程验收鉴定书》均反映了影响工期的非吉林水利工程局责任的各种因素，吉林水利工程局在施工过程中也先后提交了请求延长工期的文件并得到监理单位的确认和同意，故吉林水利工程局关于逾期完工非其责任且已经过监理单位同意的诉讼主张成立。因此，一审法院从诉讼时效及吉林水利工程局过错责任两方面审查分析，作出南沙环保水务局的反诉请求不能成立，不予支持的认定及处理，依据充分，本院予以认同。南沙环保水务局提出吉林水利工程局支付迟延完工违约金的上诉意见不能成立，本院不予采纳。

综上所述，南沙环保水务局的上诉请求不能成立，应予驳回；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第一项规定，判决如下：

驳回上诉，维持原判。

二审案件受理费40152元，由广州市南沙区环保水务局负担。

本判决为终审判决。

审判长　　庞智雄

审判员　　李　琦

审判员　　茹艳飞

二〇一九年四月二十八日

书记员　　江亭利

林美欣