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原告上海金山居行建筑工程有限公司，住所地：上海市金山区朱行镇高林路30号1号楼。
法定代表人吴欢明，总经理。
委托代理人韩长照、周飚，上海市华晔律师事务所律师。
被告上海新亚药业金山有限公司，住所地：上海市金山区朱泾镇沈浦泾路200号。
法定代表人吴建文，总经理。
委托代理人张金法，上海市开乐律师事务所律师。
原告上海金山居行建筑工程有限公司诉被告上海新亚药业金山有限公司建设工程施工合同纠纷一案，本院于2004年6月11日受理后，依法组成合议庭，经排期于2004年7月29日公开开庭审理了本案。原告的委托代理人韩长照、周飚，被告的委托代理人张金法到庭参加诉讼。审理期间，本院于2004年8月5日委托上海明方复兴工程造价咨询事务所有限公司对系争工程造价进行司法审计，至2005年2月19日审计结束。本案现已审理终结。
原告诉称，2002年8月20日，原、被告签订《上海新亚药业金山有限公司生产车间、动力房、配电间土建工程补充协议》（下称补充协议书），约定：原告承包施工被告的生产车间调整、4.5米夹层、生产车间地坪、地梁的土建、水电安装工程，工程价款为3,020,183元（人民币，下同），其他约定按主合同执行。在施工过程中出现增减工程项目或变更原工程设计，包括工程改用商品砼、增加压密注浆工程、基础改建、地坪改建等，以签订《技术核定单》和《工程业务联系单》的形式确认工程项目，并同意按实结算工程价款。工程施工完成后，原告向被告提交了相关竣工资料和报告，并于2003年1月28日提交了《施工单位工程质量检查报告》，自评工程质量优良。随后，被告组织工程的勘察、监理、设计单位分别对工程进行竣工验收。原告即向被告提交工程竣工结算书，工程结算价为13,726,031元。施工期间，被告仅支付工程款809万元，余款未付。虽经多次催讨，被告均借故拖延支付，其行为已经违反了双方合同约定，严重侵犯了原告的合法权益。故诉请：判令被告立即支付尚欠工程款5,636,031元。
被告辩称，被告实际付款额为878万元，被告同意按2003年12月12日双方共同委托审价的结论结算工程款，但原告收到审价报告却没有及时办理工程结算，反而诉称被告违约与事实不符。其次，原告施工的工程有严重的质量问题，应扣除质保金、社会审价费、水电费，被告愿意按社会审价结论给付原告尚欠工程款1,018,763元。
经审理查明，原告原名为上海金行建设工程总公司（下称金行公司），金行公司签订的系争工程合同由原告履行和结算。2001年12月20日金行公司与被告签订《建设工程施工合同》，包括协议书、通用条款、专用条款、房屋建筑工程质量保修书。合同专用条款约定，合同文件组成及解释顺序为合同协议书；中标通知书；招标书及附件；合同专用条款；合同通用条款；标准规范及有关技术文件；图纸；工程量清单；工程报告单。其中协议书约定，由金行公司承接被告生产车间、动力房、配电房土建、水电安装工程，开工日期为2001年12月20日，竣工日期为2002年12月25日，总日历天数325天。还约定工程质量标准为优良，合同价款728万元。此外，合同通用条款规定，经发包人确认后按计算合同价款的方法增加合同价款；双方对工程质量有争议，由双方同意的工程质量检测机构鉴定，所需费用及因此造成的损失，由责任方承担。双方均有责任，由双方根据其责任分别承担。专用条款约定工程预付款时间比例为：开工支付100万元，基础完成支付100万，结构完成50％支付150万元，结构完成支付200万元，竣工验收后支付100万元，余款审计后支付，质量保修金为3％，其中土建为一年，屋面为三年。《房屋建筑工程质量保修书》专门对房屋质量的保修期作了约定，即地基基础工程和主体结构工程为设计文件规定的该工程合理使用年限；屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏为三年；装修工程为三年，电气管线、给排水管道、设备安装工程为一年；住宅小区内给排水设施、道路等配套工程为一年；还约定土建工程保修期满后退还保修金，留4万元作为屋面保修金，到期后退还。质量保修期自工程竣工验收合格之日起计算。同时还约定，属于保修范围、内容的项目，承包人不在约定期限内派人保修的，发包人可以委托他人修理。
2002年8月，金行公司与被告签订《补充协议书》，协议承包内容为生产车间调正、4.5米夹层、生产车间地坪、地梁，合同价为3,020,183元，其他按主合同执行。
2002年3月28日，金行公司申请开工，获得工程监理准许。2003年4月金行公司申请竣工结算，并向被告提交竣工结算书。同年6月1日和2日，监理单位和设计单位签署验收证明；7月18日，被告办妥建设工程竣工验收备案手续。同年12月12日，原、被告双方代表人签署《工程结算审价工作会商纪要》，原告同意被告委托上海金益工程造价咨询事务所有限公司（下称金益公司）对系争工程进行审价，结算送审价为13,726,031元。嗣后，金益公司未以自己的名义与原告核实工程量，也未以书面形式通知原告指派专业人员配合审计。原告认为审计不符合规范，遂于2004年初，向上海市金山区人民法院起诉，要求通过诉讼结算工程。因当时尚在审计过程中，故撤诉。2004年3月23日金益公司出具审计报告，审定价为10,256,267元。原告接到审价报告后不久，便向本院提起诉讼，并申请对系争工程进行司法审计。
本院鉴于金益公司审计程序尚欠规范，决定进行司法审计。审定工程造价为12,078,966元。原告对审计结论不持异议，被告认为审计报告缺乏依据，不能作为证据，但未提出具体意见，也未提供否定审计报告结论的证据。
另查明，被告辩称其已付原告工程款合计878万元，原告核查后确认已收到该款额。
上述事实有原、被告提供的如下证据佐证：（一）建设工程施工合同、补充协议书；（二）工程竣工结算书、工程质量合格证明书、工程竣工验收备案表；（三）被告支付工程款878万元凭证及原告收款证明；（四）金益公司审价中的工作会商纪要及审计报告；（五）原、被告往来函件等。
本院认为，依法设立的合同应受法律保护，当事人均应恪守。当事人自愿签订建设工程施工合同、补充协议书，并已实际履行，工程竣工验收完毕，双方对合同效力不持异议，且无违反法律根本上禁止性规定，合同有效，当事人应按合同约定处理双方纠纷。系争合同约定工程竣工以后，按审计结论结算工程款，虽然双方曾达成一致意见，委托金益公司审计，但由于金益公司在审计过程中没有按公正公平的程序，接受双方当事人的质询、核实，该审计结论不能作为本案工程款的结算依据。由本院委托的司法审计报告，经公开质询和核实，且对质询和核实的结果，作出了合理的调整。被告虽然对调整后的审计报告仍然持有异议，但缺乏充足的理由支持异议，本院不予采信。司法审计报告符合法律程序，应作为本案工程结算依据采信。又根据合同约定，土建保修期已届满，保修金可予返还，但屋面保修期尚未届满，则应按约扣除4万元屋面保修金，待期满后返还。综上所述，被告应给付原告工程余款3,258,966元（12,078,966元－8,780,000元－40,000元）。根据《中华人民共和国合同法》第六十条第一款之规定，判决如下：
被告上海新亚药业金山有限公司自本判决生效之日起十日内给付原告上海金山居行建筑工程有限公司工程款3,258,966元。
案件受理费38,190元，由原告上海金山居行建筑工程有限公司负担16,117元，被告上海新亚药业金山有限公司负担22,073元。司法鉴定费20万元，由原告上海金山居行建筑工程有限公司负担10万元，被告上海新亚药业金山有限公司负担10万元。
如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于上海市高级人民法院。
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