重庆市龙图地产发展有限公司与重庆市永川区恒达园林工程有限公司建设工程合同纠纷二审民事判决书

重庆市第一中级人民法院

民 事 判 决 书

（2019）渝01民终10198号

上诉人（原审被告）：重庆市龙图地产发展有限公司，住所地重庆市铜梁区南城街道办事处桐梓社区，统一社会信用代码91500224673381477X。

法定代表人：吴鹏明，执行董事。

委托诉讼代理人：陆俊霖，泰和泰（重庆）律师事务所律师。

委托诉讼代理人：杨鹏飞，泰和泰（重庆）律师事务所律师。

被上诉人（原审原告）：重庆市永川区恒达园林工程有限公司，住所地重庆市永川区汇龙大道473号，统一社会信用代码915001187874997644。

法定代表人：唐仕周，执行董事。

委托诉讼代理人：廖娜，重庆雨禾律师事务所律师。

委托诉讼代理人：林莉，重庆雨禾律师事务所律师。

上诉人重庆市龙图地产发展有限公司（以下简称龙图地产公司）因与被上诉人重庆市永川区恒达园林工程有限公司（恒达园林公司）建设工程合同纠纷一案，不服重庆市铜梁人民法院（2019）渝0151民初1991号民事判决，向本院提起上诉。本院于2019年11月19日立案后，依法组成合议庭，进行了审理。上诉人龙图地产公司的委托诉讼代理人陆俊霖、杨鹏飞，被上诉人恒达园林公司的委托诉讼代理人廖娜、林莉到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。

龙图地产公司上诉请求：1、请求撤销重庆市铜梁人民法院（2019）渝0151民初1991号民事判决，依法改判驳回被上诉人全部诉讼请求；2、案件一审、二审诉讼费、保全费由被上诉人承担。主要事实及理由：1、一审法院未理清本案法律事实，将不同的合同关系合并审理；2、一审法院对于诉讼时效起算点认识错误。

恒达园林公司辩称：三个合同针对的是同一合同内容的不同标段，工程款也是合并支付，无法区分。本案未超过时效，即使合议庭认为时效应从结算起算，本案也存在中断事由，未超过诉讼时效。一审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求二审法院驳回上诉，维持原判。

恒达园林公司向一审法院起诉请求：１.判令龙图地产公司支付恒达园林公司工程款5,018,887元；２.判令龙图地产公司支付恒达园林公司违约金797,588.08元（详见违约金计算清单），最终计算至付清之日止；3.本案诉讼费用由龙图地产公司承担。

一审法院认定事实：恒达园林公司系成立于2006年6月15日的有限责任公司，经营范围为城市园林绿化设计；城市园林绿化工程施工；园林绿地养护；花卉种植、租赁；果树及种苗种植、销售；淡水鱼养殖。龙图地产公司系成立于2008年4月22日有限责任公司，经营范围为房地产开发销售；旅游开发；建筑机械设备租赁；园林绿化、景观设计施工；物业管理（以上经营范围国家法律法规禁止的不得经营，国家法律法规规定应经审批而未获审批前不得经营）。

2012年12月26日，恒达园林公司（承包方,乙方）与龙图地产公司（发包方,甲方）签订《龙温泉合同书》约定：第一条工程概况1、工程名称：龙温泉生态度假区梦湖山庄一期销售部示范区园林景观工程。2、工程地点：重庆市铜梁县南城街道桐梓园社区。第二条工程承包范围及内容1、工程承包范围：龙温泉生态度假区梦湖山庄一期销售部示范区园林景观工程设计施工图范围。2、工程承包内容：（1）园林景观的各种乔木、灌木、草坪的采购、起挖、运输、栽植、养护、包成活养护等；（2）园林景观的绿化用地平场、整治和修整绿化地、种植槽的开挖、种植土和种植肥的外购、运输、种植土改良、回填、造型、整治等；（3）园林景观的给水、排水、电气管线等的采购、运输、安装、调试、及缺陷修复等；各种草坪灯、路灯、庭院灯、景观灯、照明设施等的场内卸货、转运、安装、调试、保管及缺陷修复等；（4）地面、墙面的土建基层和装饰面层施工；景墙基础的土建装饰施工；景观道路基层、面层（沥青面层除外）、路沿石以及人行道基层面层的土建装饰施工等；（5）组织工程交验及竣工资料的整理；（6）与工程主体施工总包单位及其它施工单位的配合和协调工作以及成品保护工作等。第三条合同工期1、合同工期：开工时间暂定为2012年12月1日（实际开工时间以甲方批准的开工报告为准），竣工时间暂定2012年12月30日，总工期30个日历天。……第五条工程价款合同价款：暂定290万元，最终以实际结算金额为准。……第七条工程竣工结算1、工程竣工验收合格后30天内，乙方向甲方提供工程量的详细计算方式和提供经甲方及监理公司审核签章确认的结算报送资料（含甲方签章确认的竣工图及竣工资料原件），甲方按实际施工的并经甲方和监理公司验收合格的实际数量办理结算。……第八条工程款的支付1、预付款的支付：本工程无预付款。2、进度款的支付：乙方于每月25日，向甲方提交月进度表，甲方于次月10日内审核确认，并于次月16日前按审核确认的实际月度完成量的70%支付上月进度款，进度款支付时甲方有权在进度款中扣除合同约定的其他应扣除的费用等。3、工程整体完工验收合格后，壹个月内甲方支付至经审核已完成量的80%进度款。4、工程竣工验收合格办理完结算后三个月内支付工程款总额：A、苗木种植部分达到该部分结算总额的90%，B、环境硬景部分和安装工程部分达到该部分结算总额的95%，余款为预留质保金和苗木包成活养护费，待质保期和苗木包成活养护期满后分别办理结算无息支付。5、预留质保金和苗木包成活养护费待在本合同第十二条相关约定的工程质保期和苗木包成活养护期满后，整体工程若全无乙方质量责任和违约责任，并经甲方组织相关部门（在10日内）验收合格后，办理预留质保金结算，多余部分甲方在7日内一次性退还乙方（不计息），不足部分乙方在7日内补足甲方，甲方对此保留追诉权。6、本合同工程变更调整的合同价款及其他条款中约定的追加的合同价款与工程季度款同期结算。7、本合同在履行过程中所发生的违约金在当期予以结算了解，本合同履行过程中所产生的争议问题，待工程竣工结算时统一处理。8、履约保证金的缴纳与返还：乙方向甲方交纳履约保证金伍万元整，在甲方支付乙方的第一笔进度款中抵扣，甲方在本工程彻底完工验收合格后15日内退还乙方（保证金不计息）……第十二条……6.工程质量保修期和苗木包成活期：双方根据《建设工程质量管理条例》《房屋建筑工程质量保修办法》《城市园林绿化养护管理标准》及有关规定，土建及安装工程保修期和苗木包成活养护期为贰年……第十四条……14、因甲方原因不能按时支付工程进度款，对未支付部分超过合同约定支付实现30天的，甲方按银行同期贷款利息支付给乙方。双方在合同尾部盖章签字确认。

合同签订后，恒达园林公司按约组织施工，工程完工后，双方结算形成《龙温泉生态度假区梦湖山庄一期销售部示范区园林景观工程结算审核表》载明：建设单位：重庆市龙图地产发展有限公司，施工单位：重庆市永川区恒达园林工程有限公司，建设单位审核金额：5105911.00元，施工单位申报金额：5723153.00元，审减金额：617242.00元，施工单位负责人：黄某2015年4月10日，建设单位审核人：逯苏2015.4.14。双方在该审核表签章确认。

2013年7月22日，恒达园林公司（承包方,乙方）与龙图地产公司（发包方,甲方）签订《玄天湖合同书》约定：第一条：工程概况1、工程名称：玄天湖环湖道路标准段园林绿化景观工程。2、工程地点：铜梁县南城街道桐梓园社区。第二条：承包范围玄天湖环湖道路标准段园林绿化工程的苗木栽植及养护工程，具体详见施工图及本合同附件中所列苗木品种、规格及数量。第三条：工作内容种植场地平整、整治、种植部分的施工前准备（含种植材料和播种材料）、种植前土壤处理、种植穴或槽的挖掘；苗木运输、苗木种植前的修建、树移植；乔木、灌木、草坪的栽植修建、栽植后的场地清理，绿化养护等全部工作内容。第四条:工期要求开工日期以甲方开工通知为准，工程竣工时间定为2013年10月30日前。栽植工期为日历天，开工日期为2013年月日（以甲方书面通知为准），工程竣工定于2013年10月30日止，由于甲方原因，工期可顺延。……第七条：工程价款及结算方式1、本合同暂定每公里标准段总价款为68万元人民币。2、本工程栽种苗木在设计基础上有变动的，增减需征得甲方书面同意，在结算时方有效。如乙方未按照工程设计施工图纸、设计变更单以及本合同附件中约定的苗木的规格、大小、品种等进行栽种，则收方结算时甲方有权对该部分苗木不计价或者单方认价。4、结算方式：（1）苗木价格按本合同附件中综合包干价执行，苗木结算数量待竣工验收后按实际栽种并成活苗木收方计算。……第八条：工程款的支付。1、本工程无预付款项。2、完成全部种植，经甲方验收合格后，付总价款40%。3、取得甲方绿化验收意见书后，付至总价款的70%。4、提交合格的竣工资料、结算书、综合验收合格并办理结完结算后付至结算款的95%，余款5%作为质保金，一年质保期满存活率达到100%后无息支付给乙方。5、甲方付款时，乙方应先提供足额的合规发票。……第十条：违约责任1、甲方超过30天不按约定支付工程款，则按应付而未付工程款的万分之一每天向乙方支付违约金。……双方在合同尾部盖章签字确认。

合同签订后，恒达园林公司按约组织施工，工程完工后，双方于2014年11月6日结算形成《玄天湖环湖道路标准段园林绿化景观工程结算审核表》载明：建设单位：重庆市龙图地产发展有限公司，施工单位：重庆市永川区恒达园林工程有限公司，建设单位审核金额：4,259,820.00元，施工单位申报金额：4,677,015.00元，审减金额：417,195.00元，建设单位审核人：逯苏。双方在该审核表签章确认。

恒达园林公司（承包方，乙方）与龙图地产公司（发包方，甲方）签订《梦湖山庄合同书》约定：第一条：工程概况1、工程名称：梦湖山庄一期一标段园林绿化景观工程。2、工程地点：铜梁县南城街道桐梓园社区。第二条：承包范围梦湖山庄一期一标段园林绿化工程的苗木栽植及养护工程，具体详见施工图及本合同附件2中所列苗木品种、规格及数量。第三条：工作内容种植场地平整、整治、种植部分的施工前准备（含种植材料和播种材料）、种植前土壤处理、种植土的回填、种植穴或槽的挖掘；苗木运输、苗木种植前的修建、树移植；乔木、灌木、草坪的栽植、修建、栽植后的场地清理，绿化养护及一年后施肥一次等全部工作内容和甲方临时增加的任务等。第四条:工期要求开工日期以甲方开工通知为准，工程竣工时间定为2013年5月30日前。栽植工期为日历天，开工日期为2013年月日（以甲方书面通知为准），工程竣工定于2013年5月30日止，由于甲方原因，工期可顺延。……第五条：工程质量要求与验收……7、工程完工后，乙方提交验收申请，甲方应在15天内进行内部验收，如超过15天不组织验收，视为乙方已通过内部验收。第六条：工程价款及结算方式1、本合同暂定总价款为450万元人民币。2、本工程栽种苗木在设计基础上有变动的，增减需征得甲方书面同意，在结算时方有效。如乙方未按照工程设计施工图纸、设计变更单以及本合同附件中2约定的苗木的规格、大小、品种等进行栽种，则收方结算时甲方有权对该部分苗木不计价或者单方认价。4、结算方式：（1）苗木价格按本合同附件2中单价执行，苗木结算数量待竣工验收后按实际栽种苗木收方计算。……第七条：工程款的支付。1、本工程无预付款项。2、完成全部植物种植，经甲方验收合格后，付暂定合同总价款的40%。3、取得绿化验收意见书后，付暂定合同总价款的70%。4、提交合格的竣工资料、结算书、综合验收合格并办理结完结算后付至结算款的95%，余款5%作为质保金，二年质保期满存活率达到100%后无息支付给乙方。5、甲方付款时，乙方应先提供足额的合规发票。……第九条：违约责任1、甲方超过30天不按约定支付工程款，则按应付而未付工程款的万分之一每天向乙方支付违约金。……双方在合同尾部盖章签字确认。

合同签订后，恒达园林公司按约组织施工，工程完工后，双方结算形成《梦湖山庄一期一标段园林绿化景观工程结算审核表》载明：建设单位：重庆市龙图地产发展有限公司，施工单位：重庆市永川区恒达园林工程有限公司，建设单位审核金额：5,599,432.00元，施工单位申报金额：5,842,323.00元，审减金额：242,891.00元，建设单位审核人：逯苏2014.11.21。双方在该审核表签章确认。

2015年6月30日，重庆市淮阳房地产有限公司（甲方）与龙图地产公司（乙方）、恒达园林公司（丙方）签订《工程款冲抵购房款协议》约定：甲乙丙三方本着公平、公正的原则，经友好协商，就乙方应付丙方工程款冲抵丙方购买的甲方淮远古镇·锦天水岸项目住宅购房事宜达成如下协议：一、甲方同意以“淮远古镇·锦天水岸”项目住宅1套冲抵乙方应付丙方的工程款，计人民币2,084,378元，该款由乙方支付给甲方。该房屋已由丙方自行选择，甲方同意丙方按本协议第二条约定为其指定的购房人张莉办理相关购房手续。二、房屋的购买人、位置与价格的约定：房号：32-1，购买人姓名：张莉，建筑面积（㎡）：214.18，成交价（元/㎡）9731.90，总价（元）：2,084,378，抵款总额：2,084,378。备注：以上房屋购房总款2,084,378元用作冲抵工程款，该房屋除购房款以外应由购房人支付的其他款项，皆由购房者据实支付。三、款项的支付方式1、丙方推荐自然人购买本协议第二条表中所述房屋时，需向甲方提出书面申请，甲方销售中心收到该申请并经甲方批准后，由该购房人到“淮远古镇·锦天水岸”项目销售中心按照上表约定成交单价与购房人签订《重庆市商品房买卖合同》，购房人以现金或支票形式结清房款及相关费用，同时由丙方向甲方支付该房屋总房款的3%的配合费，并配合购房人完善相关购房手续（购房人可选择一次性或按揭付款方式购房）。2、为达到上述售房款专项专用于乙方向丙方支付工程款的目的，甲方拟将上述售房款以借款方式提供给乙方，专门用于乙方向丙方支付部分工程款，甲乙双方之间的借款关系与丙方无关。乙方同意于收到上述借款后七日内将2,084,378元支付至丙方账户，用于支付部分工程款，并将该款项打入丙方公司指定账户。四、丙方应在本协议签字生效之日起十日内安排购买人与甲方签订该房屋的《重庆市商品房买卖合同》，逾期未办理的本协议自动作废失效，甲方有权对该房屋另行出售。五、本协议自双方签定之日起生效，一式四份，甲方两份，乙、丙方各一份。三方在合同尾部签章签字确认。2015年8月4日，恒达园林公司向龙图地产公司开具了金额为2,084,378元的发票，结算项目为梦湖山庄一期销售示范区园林景观工程。

2015年7月22日，重庆市淮阳房地产有限公司（甲方）与龙图地产公司（乙方）、恒达园林公司（丙方）签订《工程款冲抵购房款协议》约定：甲乙丙三方本着公平、公正的原则，经友好协商，就乙方应付丙方工程款冲抵丙方购买的甲方淮远古镇·锦天水岸项目商业购房款事宜达成如下协议：一、甲方同意以“淮远古镇·锦天水岸”项目商业3套冲抵丙方的工程款，计人民币3,331,898元，该房屋已由丙方自行选择，甲方同意丙方按本协议第二条约定为其指定的购房人办理相关购房手续。二、房屋的购买人、位置与价格的约定：房号：19，购买人姓名：刘代容，建筑面积（㎡）：71.05，成交价（元/㎡）:16,038，总价（元）：1,139,500元，抵款总额（元）：1,139,500。房号：21，购买人姓名：刘代容，建筑面积（㎡）：66.82，成交价（元/㎡）:15,717.24，总价（元）：1,050,226元，抵款总额（元）：1,050,226。房号：23，购买人姓名：刘代容，建筑面积（㎡）：72.67，成交价（元/㎡）:15,717.24，总价（元）：1,142,172元，抵款总额（元）：1,142,172。总计：3,331,898。备注：以上购房总款为3,331,898元用作冲抵工程款；甲方与购房人履行《重庆市商品房买卖合同》的各项税、费，按照国家规定由购房人自行承担，与乙方、丙方无关。三、款项的支付方式1、丙方推荐自然人购买本协议第二条表中所述房屋时，需向甲方提出书面申请，甲方销售中心收到该申请并经甲方批准后，由该购房人到“淮远古镇·锦天水岸”项目销售中心按照上表约定成交单价与购房人签订《重庆市商品房买卖合同》，购房人以现金或支票形式结清房款及相关费用，同时由丙方向甲方支付该房屋总房款的3%的配合费，并配合购房人完善相关购房手续（购房人可选择一次性或按揭付款方式购房）。2、为达到上述售房款专项专用于乙方向丙方支付工程款的目的，甲方拟将上述售房款以借款方式提供给乙方，专门用于乙方向丙方支付部分工程款，甲乙双方之间的借款关系与丙方无关。乙方同意于收到上述借款后七日内将3,331,898元支付至丙方，用于支付部分工程款，并将该款项打入丙方公司指定账户。四、丙方应在本协议签字生效之日起十日内安排购买人与甲方签订该房屋的《重庆市商品房买卖合同》，逾期未办理的本协议自动作废失效，甲方有权对该房屋另行出售。五、本协议自双方签定之日起生效，一式四份，甲方两份，乙丙方各一份。三方在合同尾部签章签字确认。恒达园林公司向龙图地产公司开具了金额为3,331,898元的发票，结算项目为梦湖山庄一期一标段园林景观工程。

2015年8月26日，龙图地产公司向恒达园林公司支付工程款3万元。

恒达园林公司向龙图地产公司开具发票的部分情况为：2013年5月2日，恒达园林公司向龙图地产公司开具了金额为150万元的发票，结算项目为：梦湖山庄一期销售示范区园林景观工程。2013年12月12日，恒达园林公司向龙图地产公司开具了金额为100万元的发票，结算项目为：梦湖山庄一期销售示范区园林景观工程。2014年6月6日，恒达园林公司向龙图地产公司开具了金额为100万元的发票，结算项目为：梦湖山庄一期销售示范区园林景观工程。恒达园林公司于2019年9月17日向龙图地产公司当庭交付发票51张，总金额为4,998,887元。其中，2019年9月5日，恒达园林公司向龙图地产公司开具了工程名称为梦湖山庄一期一标段园林绿化景观工程的发票2张，金额分别为100,000元和83,156元；同日，恒达园林公司向龙图地产公司开具了工程名称为龙温泉生态度假区梦湖山庄一期销售示范区园林景观工程的发票6张，有5张金额均为100,000元，另1张金额为75,911元；2019年8月30日和9月5日，恒达园林公司向龙图地产公司开具了工程名称为玄天湖环湖道路标准段园林绿化景观工程的发票43张，有42张金额均为100,000元，另一张金额为39,820元。龙图地产公司代理人以没有权限为由拒收，且认为交付发票也不代表付款条件成就。

为证明恒达园林公司一直在要求龙图地产公司履行支付工程款义务，恒达园林公司举示了渝Ｃ×××××号轿车2016年2月3日沙坪坝到铜梁的收费票据一张、梦湖酒店住宿费发票一张、铜梁县好渔郎食府餐饮费发票一张、以及2016年2月6日浙商集团公司向恒达园林公司支付2万元入账回单一张以及证人证言；还举示了渝Ｃ×××××号轿车2017年1月23日永川至铜梁的收费票据一张、2017年1月24日唐九河向恒达园林公司付款10万元的客户收付款入账通知一张、金额共计699370元名称为龙温泉生态度假区梦湖山庄一期销售部示范区园林景观工程的发票7张以及证人证言。恒达园林公司自认2016年2月6日浙商集团公司支付的2万元以及2017年1月24日唐九河支付的10万元均为支付的案涉工程款。其余工程款催收未果，遂起诉至一审法院。

龙图地产公司为证明其向恒达园林公司支付工程款是区分三个工程进行支付的，向一审法院举示了2015年1月15日、2015年8月16日通过中国建设银行向恒达园林公司汇款10万元、3万元的电汇凭证两张，电汇凭证附加信息均为“工程款”。

一审法院认为，本案的争议焦点为：一、本案是否应当拆分为三个案件进行审理？二、本案是否已经超过诉讼时效？根据前述审理查明的情况，对争议焦点和恒达园林公司的各项诉讼请求分别评述如下：

一、本案是否应当拆分为三个案件进行审理？恒达园林公司认为，本案涉及三个不同的合同，是三个不同的法律关系，三个工程的结算时间、付款时间不一致，所以应当拆分为三个案件进行审理。一审法院认为，首先，从合同的签订情况来看，本案虽然包含三个建设工程合同，但是三份合同除工程内容及承包范围等有所区别外，其余合同基本条款大致相同，三份合同的主体均为本案恒达园林公司和龙图地产公司，工程所在地均为重庆市铜梁区南城街道桐梓园社区，工程内容均为园林景观工程，诉讼请求均为要求支付工程款，且三份合同显示，案涉三项工程具有一定的关联性，是一系列工程中的三个景观工程。其次，从合同的履行来看，龙图地产公司未举示证据证明工程款的支付是严格按照三份合同分别支付的，且龙图地产公司在庭审中举示的2张中国建设银行电汇凭证附加信息均为“工程款”，并未明确载明系支付的哪一笔工程款。所以，恒达园林公司有权将案涉三份合同项下的工程款合并起诉，合并审理可以减少当事人诉累，且不会影响各方当事人的权利，因此，一审法院确认本案不需要拆分为三个案件进行审理。

二、本案是否已经超过诉讼时效。龙图地产公司认为，龙图地产公司最后一次支付工程款的时间为2015年9月30日，所以本案已经超过诉讼时效。一审法院认为，《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。”根据前述审理查明的情况，《龙温泉合同书》约定的付款条件为结算后三个月内支付至95%，两年质保期满后支付余款5%，属于分期付款的约定，根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第五条的规定，当事人约定同意债务分期履行的，诉讼时效从最后一期履行期限届满之日起计算。双方于2015年4月14日进行结算，两年质保期满为2017年4月13日，即最后一期履行期限届满之日为2017年4月13日，恒达园林公司于2019年4月2日向一审法院提起诉讼，并未超过上述法律规定的三年诉讼时效。《梦湖酒店合同书》和《玄天湖合同书》约定的工程款支付条件为恒达园林公司要先提供足额合规发票，根据前述审理查明的情形，恒达园林公司于2019年9月17日才向龙图地产公司交付发票，虽然龙图地产公司代理人以没有代理权限为由拒绝接收，但视为发票已经交付，工程款的支付条件成就，故该两份合同的诉讼时效也没有超过。龙图地产公司关于诉讼时效已过的抗辩理由不成立。

关于恒达园林公司要求龙图地产公司支付工程款4,998,887元的诉讼请求。恒达园林公司与龙图地产公司签订的《龙温泉合同书》《梦湖酒店合同书》《玄天湖合同书》系双方当事人真实意思表示，不违反法律、法规的强制性规定，合法有效，双方均应当按照合同的约定履行各自的义务。案涉三个工程经结算后，金额共计14,965,163元（4,259,820元+5,599,432元+5,105,911元），已经支付的工程款的事实应当由龙图地产公司举证，龙图地产公司未举示证据证明工程款除了恒达园林公司主张的还有其他支付情况，应当承担举证不能的责任。恒达园林公司主张龙图地产公司已经支付的工程款为9,966,276元，尚欠4,998,887元工程款未支付，虽然龙图地产公司不认可2015年9月30日之后的款项支付为龙图地产公司所为，但是恒达园林公司自认2015年9月30日之后支付的款项为龙图地产公司支付的工程款，根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十二条的规定，一方当事人在法庭审理中，或者在起诉状、答辩状、代理词等书面材料中，对于己不利的事实明确表示承认的，另一方当事人无需举证证明。故一审法院确认龙图地产公司尚欠恒达园林公司的工程款金额为4,998,887元。根据前述审理查明的情形，《龙温泉合同书》《梦湖酒店合同书》《玄天湖合同书》的工程款支付条件均已成就，故恒达园林公司要求龙图地产公司支付4,998,887元工程款的诉讼请求，一审法院予以支持。

关于恒达园林公司要求龙图地产公司支付575,911元为基数，从2015年8月15日起按中国人民银行同期同类贷款利率计算至工程款付清之日止的违约金的诉讼请求。恒达园林公司明确，违约金的计算基数575,911元系《龙温泉合同书》的工程款未支付部分。一审法院认为，恒达园林公司将《龙温泉合同书》《梦湖酒店合同书》《玄天湖合同书》三个合同合并提起诉讼，恒达园林公司与龙图地产公司并未就每一个合同尚欠的工程款进行单独结算，也没有举示每一个合同所涉工程款的具体支付情况，恒达园林公司主张《龙温泉合同书》尚欠的工程款金额为575,911元，没有法律及事实依据，恒达园林公司要求以575,911元为基数计算违约金的诉讼请求，一审法院不予支持。

综上，根据《中华人民共和国合同法》第八条、第六十条、第一百零七条、第二百六十九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条、第九十二条，《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第五条之规定，判决：一、重庆市龙图地产发展有限公司于本判决生效之日起五日内支付重庆市永川区恒达园林工程有限公司工程款4,998,887元；二、驳回重庆市永川区恒达园林工程有限公司的其他诉讼请求。如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。案件受理费减半收取23,395.50元，保全费5000元，共计28,395.50元，由重庆市龙图地产发展有限公司负担。

本院二审查明其余事实与一审判决一致。

本院认为，关于是否应当分案审理，一审判决已经详述，本院对一审判决理由予以赞同，不再赘述。关于诉讼时效。《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条、第一百九十五条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算；权利人向义务人提出履行请求或义务人同意履行义务，诉讼时效中断，从中断终结时起，诉讼时效期间重新计算”。根据本案查明事实，《玄天湖环湖道路标准段园林绿化施工合同》约定办理结算后付至结算款的95%，余款5%作为质保金，一年质保期满达到存活率100%后支付；该工程结算时间为2014年11月8日，故该工程的工程款的95%部分诉讼时效起算时间应为2014年11月8日，5%部分起算时间不晚于2015年11月8日；《梦湖山庄一期一标段园林绿化施工合同书》约定办理完结算后付至结算款的95%，余款5%作为质保金，二年质保期满且存活率100%后支付；该工程结算时间为2014年11月22日，则工程款95%部分诉讼时效起算时间应为2014年11月22日；《龙温泉生态度假区梦湖山庄一期销售部示范区园林景观工程施工合同书》约定工程竣工验收合格办完结算后三个月内支付工程款苗木种植部分达到该部分结算额90%，环境硬景部分和安装工程部分达到该部分结算额95%，余款作为质保金质保期满后支付。该工程结算时间为2015年4月14日，则该工程中除质保金外部分的工程结算款的诉讼时效起算时间应为2015年7月14日。因龙图地产公司认可最后一次支付恒达园林公司工程款的时间是2015年9月30日，而其支付工程款并未明确是针对哪一个工程的付款，故对三个案涉工程均发生诉讼时效中断的法律效果。恒达园林公司提出其在2016年、2017年均对工程款进行了催收，并申请证人黄某、唐某到庭作证，黄某、唐某证实2016年、2017年均作为恒达园林公司的员工前往上诉人处对工程款进行催收，结合2016年2月6日浙商集团对被上诉人付款2万元、2017年1月24日唐九河向被上诉人付款10万元以及当日被上诉人向上诉人开具了7张增值税普通发票的事实；虽然过路费发票、住宿费发票、餐饮费发票不能证实与本案的关联性不宜采信作为定案证据，但可辅助证实黄某、唐某陈述的从永川前往铜梁催收工程款的过程。故本院认为被上诉人在一审举示的证据能够证实其向上诉人进行了催收的事实，已发生诉讼时效中断的法律效力，诉讼时效期间应从2017年1月24日起重新计算。故恒达园林公司于2019年4月2日提起本案诉讼未超过三年的诉讼时效期间。上诉人的该项上诉理由不能成立，本院不予支持。

综上所述，重庆市龙图地产发展有限公司的上诉请求不能成立。一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十条第一款第（一）项规定，判决如下：

驳回上诉，维持原判。

二审案件受理费46790元，由上诉人重庆市龙图地产发展有限公司负担。

本判决为终审判决。

审 判 长　陈孟琼

审 判 员　赖生友

审 判 员　刘润荔

二〇二〇年二月十二日

法官助理　王睿杰

书 记 员　程译莹