四川昌信房地产开发有限公司南充分公司与四川省裕锦建设工程有限公司、四川省裕锦建设工程有限公司青羊分公司建设工程施工合同纠纷一审民事判决书

四川省南充市嘉陵区人民法院

民 事 判 决 书

（2020）川1304民初2183号

原告：四川昌信房地产开发有限公司南充分公司。住所地四川省南充市嘉陵区滨江南路一段13号地中海蓝30幢2单元2层2-1号。统一社会信用代码91511304MA6667L84X。

负责人：覃雄。

委托诉讼代理人：朱勇林，四川惠博律师事务所律师。

委托诉讼代理人：冯斌，四川惠博律师事务所律师

被告：四川省裕锦建设工程有限公司。住所地四川省成都市金牛区一环路北三段1号1幢4单元31层3101-3103号。统一社会信用代码91510000633132230W。

法定代表人：王娟，该公司经理。

委托诉讼代理人：毛星明，该公司员工。

被告：四川省裕锦建设工程有限公司青羊分公司。住所地四川省成都市青羊区玉泉街24号1幢1号。统一社会信用代码91510105562025461U。

负责人：任永明。

委托诉讼代理人：徐海川，四川高鼎律师事务所律师。

原告四川昌信房地产开发有限公司南充分公司（以下简称昌信公司南充分公司）诉被告四川省裕锦建设工程有限公司（以下简称裕锦公司）、四川省裕锦建设工程有限公司青羊分公司（以下简称裕锦公司青羊分公司）建设工程施工合同纠纷一案，本院于2019年12月23日作出（2019）川1304民初1449号民事判决。当事人均不服该判决，向四川省南充市中级人民法院提起上诉。四川省南充市中级人民法院于2020年6月10日作出（2020）川13民终1327号民事裁定，发回重审。本院于2020年7月2日立案后，依法另行组成合议庭，并于2020年11月12日公开开庭进行了审理。原告昌信公司南充分公司的委托诉讼代理人朱勇林、冯斌，被告裕锦公司青羊分公司的委托诉讼代理人徐海川到庭参加诉讼。被告裕锦公司经本院传票传唤，无正当理由拒不到庭参加诉讼，本院依法缺席审理。本案现已审理终结。

原告昌信公司南充分公司向本院提出诉讼请求：1、判令二被告向原告返还超付工程款2639266.00元，并支付利息（自2018年10月10日起，按年利率6%计算，至付清之日止）；2、判令二被告向原告支付违约金600000.00元；3、判令二被告向原告交付900000.00元的增值税专用发票；4、本案诉讼费用由二被告承担。事实与理由：2017年9月30日，原告因开发位于南充市嘉陵区××道的“昌信·白马·汇悦台”项目，与被告裕锦公司青羊分公司签订的《地基处理工程合同》，将该项目的基础处理工程发包给被告施工。合同约定：1、承包方式为固定总价包干，合同包干总价为6000000.00元，工程量增减总价均不得调整（第四条）；2、合同工期为60天，从2017年10月22日开工，至同年12月23日完工（第五条）；3、如被告的施工进度或者工程质量不能达标，原告有权将本合同所涉及工程内容另行发包，并相应扣减工程价款，且被告须承担违约责任（第七条之“乙方权利和义务”第12项）；4、被告未能按期完工，每拖欠一天扣除工程款5000.00元，其极限为合同价款的10%（第九条第2款）；5、被告应在每次收款时提供增值税专用发票（第九条第1款）。因被告一再拖延工期，严重影响原告的项目开发进度，经协商，原、被告于2018年10月9日达成解除协议，解除了双方签订的《地基处理工程合同》，并约定按照被告已完成的合格工程量据实结算工程价款。同日，双方书面确认；计划桩数量2751根、总桩长36188米；被告实际完成数量1104根、总桩长12366米。按照合同约定的计价结算方式，被告已完成工程量对应工程价款为2050292.00元【其计算方式为：12366米＊（600万／36188米）】。因被告桩基施工不合格等原因，需扣除344738.00元。被告应领取的工程价款为1705554.00元。而实际上，原告已经支付的工程款合计4251500.00元。据此，原告超付工程款2639266.00元，被告应予返还。同时，由于被告严重延误工期，根据合同约定，被告应按照合同价款的10%支付违约金（即600000.00元）。尽管双方已经协议解除合同，但并不免除被告的违约责任。另外，被告直接领取工程款2000000.00元，应提供相应金额的增值税是专用发票，但仅提供了1100000.00元的发票，被告还应提供900000.00元的增值税专用发票。被告裕锦公司青羊分公司系裕锦公司设立的分公司，根据《公司法》第十四条“分公司不具有法人资格，其民商事责任由公司承担”的规定，被告裕锦公司应当对本案债务承担责任。鉴于上述事实和理由，为了维护自身合法权益，原告特具状贵院，望判如所请。

被告裕锦公司在原一审中辩称，地基处理项目属于必须招标的工程项目，但原告公司未进行招标，双方签订的《地基处理工程合同》无效；二是进行两次地基处理的责任在原告，不在被告裕锦公司青羊分公司；三是原告要求返还偿付工程款没有事实依据。四是原告要求被告承担工期延误违约金600,000.00元缺乏事实和法律依据。五是即使按照包干总价结算，合同签订后水泥砂石等材料大幅涨价，也理应调整工程价款。六是被告为该地基处理工程支付人工费、机械费、材料费等6,500,000.00多元，已经严重亏损，原告应该本着公平原则，补足被告工程款。

被告裕锦公司青羊分公司在原一审中辩称，原告支付了四百余万元的工程款，也取得了四百多万元的发票，原告要求退还工程款，严重违反诚信原则。我司直接向原告提供2,305,000.00元的发票（含欠付的1,205,000.00元发票）；我司委托原告支付的材料款，由收款的材料商向原告开具发票，实际上材料商也向原告提供了180多万元的材料款发票，因此被告直接提供的发票加上委托材料商提供的发票共计四百多万元，已经足额覆盖昌信公司支付的工程款。从原告要求发票的行为来看，原告是认可了四百多万元的工程款，也将四百万工程款计入了开发成本。原告要求退还已支付工程款200余万元，是严重违反诚信原则，不应支持。2、工期延长主要原因是进行第2次地基处理施工及施工期间原告未按照勘察报告提供降水处理导致施工无法正常进行。原告提供地质勘察报告也要求基础施工时场内需采取降水处理措施，降水处理属于原告委托专业公司进行的工程，但原告一直未委托任何单位进行降水处理，导致施工现场积水严重，我方提供施工的现场照片，其显示工程机械及施工现场均被水浸泡，严重制约了被告的施工进度，此外因积水对泥土的浸泡，大大降低了桩间土的物理性力学性，也对我司施工的桩基施工质量造成了极大的影响。因此，工期的延长责任应当由原告承担。3、由于进行二次地基处理导致工程量大幅增加以及材料价格大幅上涨，我司支付款项达6,386,200.00元，其中仅材料费用就支付了3,330,000.00元（我司支付材料款1,780,000.00元，委托原告支付材料款1,850,000.00元，其他费用：螺旋钻引孔费：983,044.80元，旋喷费853,696.80元，装载机挖机费用945,240.00元，泵车费用16800元，零星人工费用78,440.00元，管理人员工资180,000.00元。原告本工程仅支付400余万元，减去材料费仅有40余万元，完全不能支付人工费用机械费用等，导致被告在该项目严重亏损，被告要求原告补足本工程已经产生的200余万元差额。4、2018年10月9日，我司与原告签订了《解除协议书》，签订解除协议双方说的是各管各的事，即我司撤场后，原告另行委托施工单位施工，被告自行负责解决债务，双方互不找对方要求经济支付。其原因也是因为解除协议时原告知晓工期延长、工程款增加系地勘数据有误造成，故并未主张工期延长被告承担违约责任，也未主张存在超付工程款的情况。被告原意自行承担已产生的亏损，不再追究原告责任，如解除协议签订时原告提出该主张，我司可以申请鉴定，同时对施工现场的施工条件进行证据保全并向原告索赔。被告离场半年多之后，地基工程均已被后续工程覆盖，无法再对第一次地基工程质量原因进行鉴定的情况下，原告提出工期延误违约金、返还超付工程款，原告系恶意起诉，严重违背双方签订《解除协议》时的真实意思表示，也严重违背了诚实信用原则。请求法院驳回原告的诉请。

在本案中补充以下意见：1、针对原告诉请第一项，双方解除案涉施工合同后，原、被告双方对工程价款一直未进行结算。原告主张超付工程款无事实和法律依据，该请求依法不能成立。对其主张利息6%计算不符合现行法律规定。由于案涉工程应当经过公开的招投标，而本案原被告双方签定的案涉工程合同未经过招投标，违反了国家强制性规定，合同无效，因此，原告主张被告承担违约金不成立。对于发票，被告愿意开具。

当事人围绕诉讼请求依法提交了证据，本院组织当事人进行了证据交换和质证。对当事人无异议的证据，本院予以确认并在卷佐证。根据当事人的陈述和经审查确认的证据，并结合当事人在原一审中无争议的事实及证据，本院认定事实如下：

2017年9月30日，原告昌信公司南充分公司（发包方、甲方）与被告裕锦公司青羊分公司（承包方、乙方）签订了《地基处理工程合同》，约定将原告昌信公司南充分公司开发的《昌信·白马·汇悦台》项目基础处理（高压旋喷注浆施工）及优化设计工程发包给被告裕锦公司青羊分公司施工。双方在合同中载明：“……第三条：工程承包范围及方式：1、承包范围：由四川高地工程设计咨询有限公司设计的昌信·白马·汇悦台工程施工图中的基础处理施工及基础二次优化设计并优化图审察合格的所有内容，根据设计要求，处理后复合地基的基床系数￡spk≧600kpa,复合地基的压缩模量Esp（27层以上不下于26MPa，多层、地下室、16层不下于20MPa）处理后复合地基承载力特征值（27层以上的=600kpa，多层、地下室、16层=350kpa），根据本项目的实际情况，拟采用高压旋喷桩复合地基。2、承包方式：本合同工程的乙方承包方式为固定总价包干，即在承包范围内，乙方包工、包料、包质量、包安全、包文明施工，如不涉及四川高地工程设计咨询有限公司设计变更或甲方要求增加工作内容的，本合同价款已包括甲方提供的图纸范围内工程内容和本合同约定的工作内容的一切费用。对本工程的全部图纸、技术说明、文件、合同条件、本工程所在范围环境、地质情况、回填状况、交通情况、承包范围、质量标准、工期等情况均已详细研究明了，施工现场停水、停电、二次搬运、施工场地不足、成品保护等所需措施的一切费用和工期，及各种可能因素影响施工增加的费用。并在投标报价中已充分考虑上述因素，乙方根据自身企业价值实际情况进行报价。保证投标报价准确无误，若有错漏概由乙方负责；本合同固定综合总价已充分考虑人工、材料、机械、施工措施费、施工设备、管理费、包装运输、施工技术、成品保护、工程质量及材料检验试验、验收、样品、采保费、利润、税金、劳保、税费、政策性文件规定、建筑垃圾清理、排污费、噪音费、施工场地硬化、施工及安全等各项因素责任等各种费用，所有根据合同或其他原因由乙方支付的税金和其他应交纳的费用都包干在合同固定综合总价内，包干使用，不论工程内容发生增减，均不调整。按国家及地方规定由乙方缴纳的各种税费已包含在本合同价款内，由乙方向税务等部门缴纳。第四条：合同包干固定综合总价陆佰万元整（小写：6,000,000.00元），总价款包含图纸工程量、答疑、补遗、变更签证文件，工程量增减总价均不得调整。第五条：工期本工程自2017年10月5日开始打桩试桩开始，在2017年10月22日正式开工打桩至2017年12月23日完工，合同工期总日历天数为60天，乙方应按甲方要求逐栋施工，前两栋工期不超过25天。（若开工日期发生变化，则以发包人书面通知为准，竣工日期按合同工期总日历天数顺延）。工期延误因以下原因在施工关键线路（按乙方提交并经甲方、监理单位确认的施工网络计划中的关键线路）上造成延期，经甲方确认，工期相应顺延：1、设计变更或修改导致增加的工程量累计超过工程总价的15%；2、因甲方其余工种影响（如检测、基坑开挖造成），不可抗力；3、甲方同意工期顺延的其他情况。乙方在上述条款情况发生后7天内，应就工期以书面形式向甲方提出报告。甲方在收到报告后14天内予以确认，逾期不予确认也不提出修改意见，视为同意顺延工期。如乙方未在上述时间内提出申请，视为工期不受影响。……第六条质量及资料要求……5、如乙方的工程质量未达到约定的质量标准的，乙方必须按甲方和监理单位要求的期限内进行返工或拆除和重新施工直到符合质量标准。若乙方未在甲方和监理单位要求的期限内完成返工或重新施工并符合约定标准的，甲方有权解除合同，并不预给乙方进行结算。乙方必须在收到甲方退场指令后7天内完成退场，而乙方不得提出异议，由此造成一切损失由乙方负责，并且由乙方承担违约责任，向甲方支付合同总价10%的违约金。……7、工程质量达不到约定标准的部分，乙方应按甲方和监理单位的要求的期限内进行返工或重新施工符合约定标准，由乙方承担返工或拆除和重新施工的费用，工期不予顺延。第七条双方责任甲方权利和义务1.在施工过程中，有根据有关施工规范及验收标准随时检查乙方施工质量的权利。2.向乙方提供工程地质报告、总平面图、建筑物基础平面图，施工设计范围内隐蔽工程情况及承载力等与地基处理有关的一切技术资料。3.协助乙方协调工地周边的单位与群众工作，及时排除对施工干扰的外来因素使工程顺利进展。若施工时出现扰民现象，乙方应采取必要有效的防范措施。4.甲方负责现场三通一平及设备施工平台，为高喷设备提供内转运具，提供平整场地施工条件。公共道路已开通，从公共道路接至施工现场及场内施工道路费用由乙方自行承担解决，以满足施工要求，场地弃土由甲方负责。……乙方权利义务……5、由于基础处理质量不合格而造成的基础重新加固和基础调整所增加的一切费用由乙方负责。……12、如果乙方的施工进度或工程质量不能满足甲方要求，导致本合同包含的部分工程项目须另外发包的，则甲方有权安排其他队伍进场，并直接从本合同中划除相应工程范围并从本合同中扣除相应的工程价款及乙方须承担违约责任，同时书面知会乙方，但并不需要经过乙方同意，乙方必须无偿负责管理和配合……20、甲方有权对设计图纸进行变更、对工程量进行调增、调减，这均属于合同范围，乙方应及时按变更进行施工，不得以任何理由拒绝。设计单位提出的设计变更，必须经甲方批准并加盖甲方公章后，乙方才能按图进行施工。21、因乙方施工质量问题或施工安排不当导致设计变更而发生的费用，均由乙方承担，工期不予顺延。22.现场签证单统一使用甲方规定的格式，此单由施工单位填写，甲方及监理单位审核并加盖甲方、乙方、监理单位的公章。……第九条：工程款（进度款）支付及结算方法第一次：双方签订合同并在乙方试桩检测合格后支付乙方合同总价款15%，即玖拾万元整（小写：900,000.00元）作为乙方备料款，此款不能挪作他用；第二次：乙方完成两栋主楼（地上十六及以上）后并经监理初步验收合格，甲方按该完成量的50%向乙方支付工程款；第三次：桩基工程全部施工完毕，甲方向乙方支付至完成工作量80%的工程款；第四次：剩余工程款待桩基检测合格并向甲方提供报告及完整的桩基竣工资料后15日内甲方向乙方支付至已完成工程量总额的95%；第五次：剩余5%的工程款作为乙方的工程质量保证金，在主体工程竣工验收一年后，由甲方按双方书面认可的结算价格在14天内支付余款给乙方，乙方应在甲方支付每次款项时提供增值税专用发票。2、如甲方逾期付款，甲方按应付未付部分千分之一向乙方支付逾期付款违约金，且工期顺延。非甲方原因乙方未按工期完工，每拖延一天扣除工程款5,000.00元，延误工期时间从规定日期起直到全部工程的移交竣工报告的批准日期之间的天数（不足一天按一天计算），其极限为合同价格的10%。此支付并不能解除乙方应完成工程的责任或合同规定的其他责任。当延误工期赔偿费超过规定的极限时，甲方可考虑终止合同，乙方承担甲方因此造成的一切损失。……5.因图纸变更及其他甲方原因造成的工期延误，甲方给予乙方相应工期顺延。第十条：其他条款1、甲方、乙方双方同意：乙方已充分考虑市场价格变动的风险因素，其合同固定综合总价在整个施工期内均不调整。2、乙方未按合同约定时间开工，每逾期一日，乙方须向甲方支付合同价款0.5%的违约金，逾期超过五个工作日的，甲方有权单方解除本合同，乙方须向甲方支付合同价款10%的违约金。逾期开工的情况下继续履行本合同，工期不顺延，乙方若未按期竣工按逾期竣工承担责任。……5、乙方在签订合同之前，已进行现场考察，应认为已经查的以方面：a、现场地形、地貌和特征;b、进场道路和水、电、食宿供应条件；c、乙方取得对工程施工有影响或起作用的风险、意外等必要的资料。6、合同变更和解除6.1如有以下情况之一发生，甲方有权书面通知解除合同，通知至送达乙方或现场项目经理部后生效：（1）乙方在施工过程中擅自停工、窝工或因其他乙方之原因致使合同约定的工期根本无法达到的。（2）乙方在施工过程中的主要部分施工质量明显无法达到合格要求，经监理工程师要求整改却无正当理由拒绝整改的。（3）乙方未经甲方同意擅自分包或非法转包的。6.2合同解除后，已完成的工程量不预结算；6.3合同解除后，乙方应于借到甲方通知后7日内无条件退出工程现场。6.4合同解除并不解除乙方对已施工部分的工程质量责任和保修责任及合同履行过程中的违约责任。……8、尽管甲方提供了相关现场、地质、地形等工程参考资料，但乙方必须通过现场实地考察及必要的技术分析，对其进一步做出独自的判断和结论，甲方对其参考资料的准确性不负任何责任。……10.1按承包人的注册资本对该工程承担质量、安全担保责任。10.2工程经第三方检测达不到试桩试验值，视为乙方违约；未按合同约定的内容完成视为违约，由违约方承担合同总金额10%的违约金。”在该合同上，双方的法定代表人及负责人均签名并加盖了公章。

合同签订后，原告昌信公司南充分公司向被告裕锦公司青羊分公司提供了其委托的深圳市工勘岩土集团有限公司于2017年9月18日提交的《岩土工程勘察报告（详细勘察）》，其中7.3基坑降水载明：“场地处于丘陵地区缓丘地带，地势较低处易形成汇水地带，基坑开挖需采取降水措施，建议采用集水坑和明沟排水方案。基坑降水应根据基坑开挖深度、地下水渗透系数、影响半径等作专项设计。基坑降水设计所需参数可采用前述章节3.5.2的建议值，并宜在施工前进行抽水试验或压水试验以取得准确的水文地质参数”。后被告裕锦公司青羊分公司进场施工。

2017年11月25日原告昌信公司南充分公司发出变更通知，要求被告裕锦公司青羊分公司取消5#商住楼西侧局部12根桩的施工，改用设计图中另行加固方案。2018年1月23日，原、被告签署了一份“临时方量统计表”，确认被告裕锦公司青羊分公司施工完成1200根桩，（其中4#楼商铺76根、5#楼商铺366根、2#楼及车库502根、3#楼及车库256根）。

2018年1月、2月期间，受原告昌信公司南充分公司委托，南充市公信检测有限公司分别对被告裕锦青羊分公司完成施工的桩进行了检测并出具检测报告，结论为：“根据检测结果，该工程高压旋喷桩处理基础单桩承载力及复合地基承载力均不满足设计要求”。被告裕锦青羊分公司委托大卫公司重新设计，并对所完成的桩进行加固处理。南充市公信检测有限公司于2018年4月29日对加固后的桩进行了检测，检测结果：“该工程所检测3根高压旋喷单桩承载力大于750KN，3根高压旋喷复合地基承载力大于600KPa，均满足设计要求”。

在施工过程中，原告昌信公司南充分公司于2018年4月16日向被告裕锦公司青羊分公司施工发出一份《工程质量问题整改通知书》，其中载明“喷浆前孔内有积水达两米以上未抽干，要求限时整改”。后因工期延误等原因，原、被告双方于2018年10月9日签订一份《解除协议书》，内容为：“甲乙双方于2017年9月30日签订白马汇悦台项目基础处理（高压旋喷注浆施工）工程《地基处理工程合同》，因乙方已严重超期至今未完工且拖延了甲方项目开发进度，现经双方友好协商，在自愿、平等的基础上达成解除协议如下：一、自本协议签订之日起，双方2017年9月30日所签订的地基处理工程合同解除；二、乙方应当于本协议签订后2日内完成施工资料的移交及工地离场（包括人员、物资、设施、设备等），甲方应于乙方完成本条义务后5个工作日内按照乙方申报已完成的合格工程量据实核算乙方工程款。三、若乙方无故拖延离场或移交施工资料，甲方有权单方处理工地内的乙方遗留物资，相关费用由乙方承担；四、本协议与《地基处理工程合同》不一致之处按本协议处理，本协议未涉及之处按《地基处理工程合同》执行；五、本协议经甲乙双方签字或盖章后立即生效，本协议一式两份，双方各持一份，具有同等法律效力”。协议尾部，昌信公司南充分公司在甲方处盖章，覃雄在代表人处签名，裕锦公司青羊分公司在乙方处盖章，任永明在代表人处签名。

同日，原告昌信公司南充分公司与被告裕锦公司青羊分公司双方就已完成的高压旋喷桩进行了统计，统计表载明：计划桩数量为2751根，计划总桩长36188米，被告裕锦公司青羊分公司实际完成桩1104根，完成总桩长12366米，未完成桩数量1648根，未完成数量合计23822米，下方注明另增加塔机基础15根，合计喷浆138米，空桩有88米，原告昌信公司南充分公司的王家林在统计表下方签名，并载明时间为2018年10月9日；被告裕锦公司青羊分公司任永明在统计表下方载明“四川裕锦建设青羊公司，工程量属实，2018年10月9日”。

2019年4月8日，原告昌信公司南充分公司出具了一份《关于裕锦公司青羊分公司高压旋喷桩扣款情况说明》，认为根据双方在施工过程中签署的五份工程签证单，应当从工程款中扣除：1、5#楼未做的12根桩共计22562.06元；2、3#楼换填C15混凝土88110.00元、5#商楼桩静载试压桩帽的人工、处理费用13440.00元，共计101550.00元；3、未施工桩1246根多用的电费44856.00元；4、后期施工产生的机械及建渣购买费用77325.00元、未施工的3#楼5根地下室承台桩13945.00元。以上共计260238.06元。

在原一审及本案审理过程中，原、被告双方均未提交四川高地工程设计咨询有限公司设计的昌信·白马·汇悦台工程施工图中的基础处理施工及基础二次优化设计的证据。

根据被告裕锦公司青羊分公司提供的证据证实，四川金信勘察基础工程有限公司于2017年11月作出了案涉项目基础处理的设计图纸，被告裕锦公司青羊分公司施工后，又经四川省大卫建筑设计有限公司于2018年3月进行二次设计，被告裕锦公司青羊分公司重新进行了施工。

根据原告昌信公司南充分公司提供的证据证实，2018年3月1日，被告裕锦公司青羊分公司向原告昌信公司南充分公司及监理单位报送了施工组织设计，原告昌信公司南充分公司及监理单位在报审表上签字的时间为2018年3月4日。

在原一审过程中，原、被告于2019年8月6日进行了对账，对原告已付被告4251500.00元（含代付材料款），尚欠原告发票1,205,000.00元，双方均无异议。2019年7月30日，被告裕锦公司青羊分公司申请对案涉工程进行复勘鉴定，本院组织双方对鉴定机构进行了抽签，2019年11月11日，我院收到四川省绵阳市西北地质工程勘察有限责任公司关于《四川省南充市嘉陵区人民法院鉴定委托书的回复》，回复载明：发生纠纷的施工项目现已完成房屋主体工程的修建工作，无法在原位置进行复勘鉴定。

本案审理过程中，被告裕锦公司青羊分公司申请对其完成的工程造价以及施工期间水泥、砂石、商混建材的差价进行鉴定，但未提供鉴定所需相应的资料。原告昌信公司南充分公司明确表示不同意进行鉴定。

本院认为，本案的争议焦点为：一、关于合同效力的问题。被告裕锦公司青羊分公司作为有资质承建高压旋喷注浆施工工程的公司，与原告昌信公司南充分公司签订的《地基处理工程合同》是双方真实意思的表示，且不违反法律法规强制性规定，合法有效。对被告裕锦公司提出的本案《地基处理工程合同》所涉工程属于必须招标的工程，但原告未进行招标，合同无效”的辩解主张，无法律依据，本院不予支持。

二、关于工期延长的原因问题。

被告裕锦公司青羊分公司对案涉项目的地基进行了高压旋喷注浆施工并进行二次加固的事实，以及由于被告裕锦公司青羊分公司未在《地基处理工程合同》约定的工期60天内完成桩施工，双方协商解除了合同中途退场的事实，双方均无争议，本院予以确认。但在本案及原一审中，双方既未举出对设计、施工图纸进行会审的证据，也未举出被告未按图施工等证据，不能证明第一次施工不合格是属于设计还是施工方面的原因。

三、关于责任问题。根据原告昌信公司南充分公司提交的施工组织设计报审表显示，被告裕锦公司青羊分公司2018年3月1日才向原告昌信公司南充分公司及监理单位报送了施工组织设计方案，说明此前的施工双方并未严格按照工程建设的相关规范进行。另外，根据深圳市工勘岩土集团有限公司于作出的《岩土工程勘察报告》，提出了基坑降水应作专项设计的建议，但原告昌信公司南充分公司并未提交对基坑降水设计或者委托被告裕锦公司青羊分公司进行降水设计的证据。经审理查明，案涉工地存在一定的积水的情形，客观上会对施工造成一定的影响，被告裕锦公司青羊分公司也提出案涉工程施工环境恶劣导致施工难度增加工期延误，但被告裕锦公司青羊分公司作为施工单位，在降水等条件未达到施工条件的情况下仍旧进行施工，对损失也应承担一定的责任。综上，在第一次施工不合格的原因无法确定的情况下，本院无法确定双方各自应当承担的责任大小，故对原告昌信公司南充分公司要求被告支付违约金600,000.00元的诉讼请求，本院不予支持。

四、关于工程量的认定问题。原告昌信公司南充分公司要求被告裕锦公司青羊分公司返还超付工程款2,639,266.00元，前提应当是双方对工程款进行了结算或者对工程款无异议。双方在《解除协议书》第二条约定：“乙方应当于本协议签订后2日内完成施工资料的移交及工地离场（包括人员、物资、设施、设备等），甲方应于乙方完成本条义务后5个工作日内按照乙方申报已完成的合格工程量据实核算乙方工程款”。但至双方至今未就工程款进行结算。因在案涉的地基处理施工过程中，存在工程变更、预付工程进度款、代付材料款等多种情形，并且案涉的地基处理工程现已成为隐蔽工程，无法通过鉴定方式来确定工程量，同时双方在本案中所提交的证据也不能计算出被告裕锦公司青羊分公司已完成的合格工程量，故原告昌信公司南充分公司提起本案诉讼要求返还超付工程款，证据不足，本院不予支持。因工程款无法确定，相应的被告裕锦公司青羊分公司应当开具的发票金额亦无法确定，故对原告昌信公司南充分公司要求开具900,000.00元的增值税专用发票的诉讼请求，本院不予支持。

综上所述，为平等保护当事人的合法权益，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。”及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第九十条“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果”之规定，判决如下：

驳回原告四川昌信房地产开发有限公司南充分公司的全部诉讼请求。

案件受理费38,274.00元，由原告四川昌信房地产开发有限公司南充分公司负担。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于四川省南充市中级人民法院。

审　判　长　　钟向阳

人民陪审员　　王远飞

人民陪审员　　弋明明

二〇二一年一月十一日

书　记　员　　谭　谈